V век в истории христианства ознаменовался напряженными христологическими спорами, вызванными ересью Нестория, архиепископа Константинопольского. В своем учении Несторий опирался на христологическую доктрину Феодора Мопсуестийского (ок. 350–428), который ввел резкое разделение между Божественной и человеческой природами в Иисусе Христе: он говорил, в частности, о том, что Бог Слово «воспринял» человека Иисуса; безначальное Слово Божие «вселилось» в рожденного от Девы человека Иисуса; Слово жило во Христе, как в храме; Оно облеклось в человеческое естество, как в одежду; человек Иисус благодаря Своему искупительному подвигу и крестной смерти соединился со Словом и воспринял Божественное достоинство. Феодор, по сути, говорил о Боге Слове и человеке Иисусе как о двух субъектах, чье соединение в одном Лице воплощенного Сына Божия является не столько онтологическим, сущностным, сколько условным, существующим в нашем восприятии: поклоняясь Христу, мы объединяем два естества и исповедуем не «двух сынов», но одного Христа – Бога и человека.

Именно это учение легло в основу христологической доктрины Нестория, посвященного на Константинопольскую кафедру в 428 году. Вскоре после посвящения Несторий начал в проповедях оспаривать термин «Богородица», к тому времени прочно вошедший в употребление, на том основании, что Мария родила не Бога, а только человека, с которым соединилось Слово Божие, превечно рожденное от Отца; человек Иисус, рожденный от Марии, был только обителью Божества и орудием нашего спасения; этот человек, через наитие Духа Святого, стал Христом, то есть помазанником, и Слово Божие пребывало с ним в особом нравственном или относительном соединении. Несторий предлагал заменить термин «Богородица» на термин «Христородица». Против этого учения выступил святитель Кирилл Александрийский. Последний в своей полемике с несторианством настаивал на единстве Ипостаси Бога Слова: безначальное Слово есть то же самое Лицо, что и Иисус, родившийся от Девы; поэтому нельзя говорить о Слове и Иисусе как двух разных субъектах.

Христология Кирилла была подтверждена III Вселенским Собором, который был созван в Ефесе в 431 году. Собор сопровождался бурными спорами и прошел в отсутствии группы епископов из Антиохии, которые, прибыв на Собор с большим опозданием, не присоединились к состоявшемуся на нем осуждению Нестория. В 433 году состоялось примирение антиохийских епископов с Кириллом Александрийским и была подписана догматическая формула, ставшая богословским итогом Ефесского Собора: в ней говорилось об Иисусе Христе как «совершенном Боге и совершенном человеке», Который «рожден прежде веков от Отца по Божеству, а в последние дни ради нас и спасения нашего – от Марии Девы по человечеству». Дева Мария названа в этом тексте Богородицей на основании «неслитного соединения» двух естеств в Иисусе Христе.

Осужденный Ефесским Собором Несторий был отправлен в ссылку в Египет, где и умер. Однако его учение, а точнее, христологическое учение Феодора Мопсуестийского, получило распространение за пределами Византийской империи – в персидской империи Сасанидов, где крупнейшая Христианская Церковь отказалась признать решения Ефесского Собора. Эту Церковь, именовавшуюся Церковью Востока, стали впоследствии называть несторианской, хотя Несторий не был ее основателем и не имел к ней прямого отношения. Церковь Востока сохранилась до наших дней: ее официальное название – Ассирийская Церковь Востока, численность ее членов составляет около 400 тысяч.

В 40-х годах V века распространилась новая христологическая ересь, получившая название монофизитстеа. Ее родоначальником был константинопольский архимандрит Евтихий, или Евтих, учивший, что в Иисусе Христе человеческая природа была полностью поглощена Божественной. В 448 году это учение было осуждено на Константинопольском Соборе во главе с архиепископом Константинопольским Флавианом, однако Евтихия поддержал александрийский архиепископ Диоскор, который добился созыва в Ефесе в 449 году нового Собора. Ефесский Собор 449 года, созванный иператором Феодосием II (401–450) в качестве Вселенского, восстановил Евтихия в священстве и оправдал его учение. Ведущую роль на Соборе играл Диоскор Александрийский: его противники, в том числе Флавиан Константинопольский, были низложены. Акты Собора были утверждены императором, что, казалось бы, означало полную победу Диоскора. Однако легаты Римского Папы, присутствовавшие на Соборе, заняли сторону Флавиана Константинопольского и по возвращении в Рим донесли Папе Льву о состоявшемся оправдании Евтихия. Созванный в Риме Собор объявил постановления Ефесского Собора лишенными силы.

В 451 году в Халкидоне был созван новый Собор, вошедший в историю под именем IV Вселенского. Этот Собор признал Ефесский Собор 449 года «разбойничьим» и, вслед за Римским Собором, отменил все его решения, подтвердив осуждение Евтихия и низложив Диоскора. Халкидонский Собор, в котором участвовало 630 епископов, принял вероопределение, гласившее:

Выражения «неслитно, неизменно» в данном определении направлены против евтихианского монофизитства, а «нераздельно, неразлучно» – против несторианства. Однако некоторые Церкви усмотрели в халкидонском догмате шаг назад в сторону несторианства и отказались принять решения Халкидонского Собора. Особенно сильной была оппозиция Собору на окраинах Римской империи: в Египте, Сирии и Армении, а также за пределами империи, в частности в Персии. В Египте и Сирии наряду с епископами, признавшими Халкидон, образовались группы епископов, не признавших его. В Александрии противников Халкидонского Собора возглавил Тимофей Элур († 477), в Антиохии – Петр Гнафевс (ф488). Армянская Церковь также не признала Халкидонский Собор и в 506 году официально отвергла его. Так оформился первый великий раскол в истории христианства, сохранившийся до наших дней. В VI веке в Египте образовались две параллельные иерархические ветви, обе во главе с «Патриархом Александрийским и всея Африки»: одна признавала Халкидонский Собор, другая его отвергала. В грекоязычной Сирии христианство также разделилось на две ветви, каждую из которых возглавил свой «Патриарх Антиохийский и всего Востока». В Армении Церковь сохранила единство, но осталась на антихалкидонских позициях. В настоящий момент дохалкидонское христианство представлено несколькими Церквами на территории Армении, Египта, Эфиопии, Эритреи, Сирии, Айвана, Индии и в рассеянии. Совокупная численность членов этих Церквей – около 50 миллионов человек.

Хотя основная оппозиция Халкидонскому Собору сосредоточилась на окраинах Восточной Римской империи, в самом Константинополе отношение к Собору оставалось неоднозначным. Если императоры Маркиан (450–457) и Лев I (457–474) его поддерживали, то Зенон (474–475; 476–491) занял более осторожную позицию: пытаясь примирить монофизитов с диофизитами, он в 482 году издал «Энотикон» – общее изложение веры, в котором о Халкидонском Соборе умалчивалось. «Энотикон» был поддержан Константинопольским Патриархом Акакием († 488), однако Папа Римский Феликс III потребовал от Акакия ясного принятия Халкидонского Собора. Не добившись этого, он в 484 году на Римском Соборе низложил Акакия и отлучил его от Церкви. Так началась первая схизма между Константинополем и Римом, длившаяся 35 лет. Схизма продолжалась при императоре Анастасии I (491–518) и завершилась в 519 году, при императоре Юстине I (518–527), когда Константинопольский Патриарх Иоанн и легаты Римского Папы Гормизды совместно осудили всех отвергавших Халкидонский Собор. В 525 году Константинополь посетил Папа Римский Иоанн I, направленный в столицу империи королем остготов Теодорихом (ок. 454–526), который в то время владел Римом.