В последние десятилетия испанского владычества Чако полностью входило в состав вице-королевства Ла-Плата и было гипотетически разделено между интендансияими Чаркас (Чако-Бореаль) и Сантьяго (Чако-Ориенталь). Граница проходила по реке Беремехо. Она сохранилась и после обретения независимости. До 1865 года изоляционистская политика Асуньсьона и политическая нестабильность к югу от Беремехо и на Альтиплано давали возможность Парагваю владеть Чако де-факто. Этому способствовало близость его экономических центров к этой области. Большую часть XIX века южная граница страны проходила по реке Беремехо (на 250 километров южнее нынешней границы). Впервые вопрос о принадлежности Чако возник во время войны Тройственного Альянса. Конвенция от 1 мая 1865 года, предусматривала полный раздел Парагвая между Аргентиной и Бразилией по рекам Парана и Парагвай. В этом же соглашении признавались права Боливии на порт на правом берегу Парагвая. Данная клаузула удовлетворила притязания президента Мельгарехо, который не допустил снабжения войск маршала Ф.С. Лопеса через территорию своей страны.
Однако, вследствие противоречий между победителями, Парагвай смог сохранить свою независимость. К 1876 году он выполнил обязательства по мирному договору, что привело к выводу оккупационных войск. Это не остановило соседей. Молодой и амбициозный аргентинский президент Авельянеда предъявил претензии на территорию Чако Бореаль, расположенную между Рио-Беремехо и Рио-Верде. Опираясь на поддержку Бразильской Империи, парагвайский представитель Мачайн предложил пригласить представителя США в качестве арбитра. Эта почётная роль выпала вице-президенту США Р.Б.Хейесу (произносится как Айес). Не ожидая негативного решения, аргентинский дипломатический представитель Иригойен согласился на это. Р.Б. Хейес разделил спорную территорию примерно поровну, и с 3 февраля 1876 года аргентино-парагвайская граница прошла по реке Пилькомайо. Боливия попыталась вмешаться в процесс раздела и защитить свои интересы, но ее политический демарш был проигнорирован всеми участниками арбитража.
Первые переговоры между Асуньсьоном и Ла-Пасом по Чако состоялись 15 октября 1879 года, когда министр иностранных дел Парагвая Х.С. Декуд подписал с полномочным послом Боливии А. Кихаро договор о разделе спорной территории. В нем признавались права Боливии на территорию к северу от линии, соединяющей исток реки Пилькомайо и устье реки Апа, впадающей в Парагвай. Переговоры шли в условиях нестабильного внешнеполитического положения. Парагвай был слабо населён и еще не оправился от последствий войны с Тройственным Альянсом, а Боливия конфликтовала вс Чили. Через месяц (16 ноября) армия Боливии потерпела поражение у Сан-Франсиско. Это событие заставило президента Кандидо Барейро повременить с ратификацией договора. Правда, неудача чилийцев у Тарапаки 27 ноября 1879 года временно восстановила авторитет союзников, но политический момент, благоприятный для ратификации договора Декуда-Кихаро, был потерян. Победа чилийцев над союзными перуано-боливийскими войсками при Такне 26 мая 1880 года вывели Боливию из войны и убедили К.Барейро и стоявшего за ним генерала Б.Кабальеро в слабости северного соседа. Следствием этого стало освоение парагвайцами правобережья реки Парагвай, географически относящимися к Чако. Правительство Б, Кабальеро стало распродавать по бросовой цене большие участков прибрежных пастбищ. Значительная их часть попала в руки испанского эмигранта Карлоса Касадо дель Алисаль, поселившегося в Аргентине. К 1886 году он скупил 5625000 гектаров земли по цене 1500 за легву или 75 центов за гектар. Его земельные владения протянулись на 208 километров вдоль правого берега реки Парагвай. В центре своих владений дон Карлос основал в Пуэрто-Касадо первую фабрику по производству танина – экстракта, добываемого из смолы квебрахо. В 1904 году его наследники перепродали 16875 кв. километров нескольким аргентинским производителям, занимавшимися производством танина: Михановичу (Пуэрто-Састре), Пинаско, синдикату Пуэрто Гуарани. Их заинтересованность в сохранении своих позиций во многом повлияла на благожелательное отношение Буэнос-Айреса к своему северному соседу.
Поражение в Тихоокеанской войне и потеря Атакамы – выхода к Тихому Океану, заставило правительство Боливии искать доступ к реке Парагвай, объявленной свободной для судоходства с середины века. Несмотря на недавнюю катастрофу, страна была настроена достаточно агрессивно по отношению к своему южному соседу. Дабы унять страсти боливийской общественности, парагвайский президент Б.Кабальеро, связанную с распродажей земель в Чако, предоставил боливийцу М.С. Аранье концессию в Баия Негра. Концессией разрешалось строительство порта на реке Парагвай и железной дороги от него до боливийского города Санта-Крус. В 1885 году Аранья заложил порт Пуэрто-Пачеко и начал прокладывать колесный путь на север. Узнав об этом, парагвайские либералы, оппозиционные генералу, расценили строительство в Баия Негре, как «покушение на права республики в Чако». В 1886 году компания Араньи обанкротилась, и боливийское правительство национализировало ее собственность. В Пуэрто-Пачеко был поднят флаг Боливии. Стремясь закрепить свои позиции в верховьях Парагвая, боливийское правительство предприняло новую дипломатическую акцию с целью определить границу со своим южным соседом. 16 февраля 1887 года министр иностранных дел Парагвая Б.Асеваль и чрезвычайный посол Боливии И.Тамайо заключили договор, который был чрезвычайно невыгоден для Асуньсьона. Согласно нему, территория вдоль верхнего течения Пилькомайо, являвшаяся собственностью Парагвая по договору Декуда-Кихаро отходила к Боливии, взамен чего территория от параллели Фуэрте-Олимпо до устья Апы объявлялась спорной и подлежала арбитражу Леопольда II, короля Бельгии.
Быстро ратифицированный боливийским парламентом, договор вызвал отрицательную реакцию со стороны парагвайских политиков, оппозиционных партии ставленнику Б.Кабальеро генералу П.Эскобару, и столичной общественности. 10 июля 1887 года они объединились в партию Демократического Центра, которая повела наступление на правительство П.Эскобара. 11 сентября Б.Кабальеро образовал партию Колорадо, в которую вошли сторонники правительства. Они оказались в меньшинстве. Страсти вокруг договора Асеваля-Тамайо накалялись, президента обвиняли в предательстве национальных интересов. Старому сподвижнику маршала Ф.С. Лопеса ничего не оставалось делать, как послать канонерку Пипаро в верховья Парагвая. 13 сентября 1888 года Пуэрто Пачеко было занято войсками, флаг Боливии спущен, а её чиновники арестованы и доставлены в Асуньсьон. По решению парагвайского парламента Пуэрто Пачеко получил свое прежнее название – Баия Негра. Это был первый эпизод в серии военных столкновений между Боливией и Парагваем, приведшим к широкомасштабной войне. Боливия протестовала против этого акта, но слабость вооруженных сил, отсутствие денег и удалённость театра военных действий помешали подкрепить слова силой.
После событий в Пуэрто-Пачеко боливийское правительство наконец осознало, что Парагвай никогда не ратифицирует соглашения ни 1879, ни 1887 годов. Захват парагвайцами Пуэрто-Пачеко ознаменовал начало длительного противостояния Боливии и Парагвая в вопросе разграничения Чако. Боливийские дипломаты основывались на принципе uti possidetis 1810 года, используя колониальные архивы и карты, определявшие границы аудиенсии Чаркас. Юго-восточная граница этого колониального предшественника Боливии проходила по рекам Беремехо и Парагвай. Парагвайская сторона настаивала на том, что именно ее граждане эффективно хозяйствуют на территории Чако, в то время как боливийская администрация удалена от этих мест на многие сотни километров. Сложность определения границ определялась еще и тем, что в документах колониальных времен границы аудиенсии Чаркас и провинции Парагвай проходили по неисследованным местам и зачастую описывались приблизительно. Обе республики не рассчитывали на появление третьего претендента, поскольку их границы с Аргентиной и Бразилией были полностью демаркированы. Таким образом, дипломатическая борьба вокруг Чако, пока там не обнаружились следы нефти, была больше вопросом политического престижа обеих стран.
