Сентября 13-го 1821 года за отличную службу пожалован он капитан-командором и назначен в Морской кадетский корпус, где, сверх его должности по корпусу, занимался он переводом с английского языка истории кораблекрушений, сочинение г. Дункена, которую на счет казны и издал с своими замечаниями и пояснениями, присовокупив к оной четвертую часть, содержащую описание крушений российских кораблей. Сочинение сие признано было морским начальством столь полезным и необходимым для мореплавателей, что книга Головнина включена в число штатных книг, на военные суда российского флота отпускаемых, а ему выдано половинное число экземпляров и сверх того пожалованы столовые деньги по 1200 рублей в год. В то же время он привел в порядок замечания, сделанные им в прежние его путешествия, кои намерен был издать под названием: «Воспоминания о моих путешествиях», но, встретив препятствия в цензурном комитете, отложил до времени более благоприятного. В бытность же его в корпусе сочинил он «Тактику военных флотов, составленную по новой системе и примерам лучших европейских флотов» и «Искусство описывать приморские берега и моря с изъяснением употребления всех новейших способов и инструментов, при сей описи употребляемых». Недостаток сочинений сего рода в Морском кадетском корпусе заставил его предпринять сей труд, но когда готовился он к начатию печатания сих сочинений, то в то самое время по высочайшему повелению, апреля 25[-го] дня 1823 года, назначен управляющим Государственной Адмиралтейств-коллегии Исполнительною экспедициею с званием генерал-интенданта и с состоянием по флоту.
Сия новая должность, обширнейшая и труднейшая из всех к Морскому ведомству принадлежащих должностей, отняла у Головнина весь досуг и все время, которое мог бы он употребить на другие занятия, ибо экспедиции Адмиралтейской коллегии управляются одним лицом, которое за все дела, в оных производящиеся, и ответствует, а из них Исполнительная экспедиция заведывает всем корабельным строением и береговыми зданиями, адмиралтейскому ведомству принадлежащими, по всей России от Риги до Камчатки, кроме черноморских портов.
В управление Головнина интендантскою частью по флоту случилось то ужасное наводнение (7 ноября 1824 года), которое причинило в Петербурге и вообще по берегам Финского залива страшный вред и в некоторых местах даже совершенное опустошение. Адмиралтейства, по положению своему, более всех других ведомств потерпели и, хотя морское начальство не получило от правительства никакого пособия ни деньгами, ни материалами, ни людьми, а напротив того – по требованию оных, исполняя высочайшую волю, само оказывало им помощь[11], однако ж при всем том, употребив всевозможные усилия и деятельность, генерал-интендант успел все разрушенные части исправить и к весне следующего года (1826) привести поврежденные суда и здания в надлежащий порядок[12].
В бытность Головнина генерал-интендантом построено и спущено на воду первое судно из-под крытого сарая[13], построено первое судно с круглою кормою[14], построен первый корабль[15] по системе Сепингса, устроены паровые мельницы на Охте в 1824 и в Кронштадте в 1825 году, сделаны сараи для строения в них линейных кораблей[16] и в Главном Адмиралтействе два сарая для хранения дубовых лесов. По настоянию генерал-интенданта Головнина и по Исполнительной экспедиции последовали некоторые немаловажные перемены к облегчению ее в многочисленных и многосложных делах оной, а именно: 1) в 1823 году учреждено временное отделение на два года (1824 и [18]25) для окончания старых дел; 2) в 1825 году положен и назначен управляющий бухгалтериею с жалованьем против начальника отделения; 3) тогда ж положен и назначен начальник Служительского стола с жалованьем против столоначальника и помощник ему с жалованьем по 750 рублей в год.
В 1825 году Головнин, можно сказать, имел тяжбу с Комитетом министров и выиграл свой процесс со славою и честью. Дело вот в чем состояло: в изданном от Комитета министров в 1824 году высочайше утвержденном расписании, сколько кому лошадей должно выдавать подорожные, капитан-командоры были поставлены в V классе наравне с статскими советниками и назначено им по 8 лошадей. По сему поводу Головнин подал по команде на высочайшее имя прошение, в котором, приведя на вид законы, по коим капитан-командоры во всем сравнены с генерал-майорами, считал себя обиженным и просил о возвращении им права по новому расписанию на 10 лошадей в сравнении с IV классом. Прошение его своим порядком дошло до Комитета министров, который во избежание стыда, что не знает законов, растолковал, что «капитан-командоры не могут считать себя обиженными», ибо им против расписания 1722 года одна лошадь еще прибавлена, но о том, что тогда они были в V классе, а ныне в IV, вовсе умолчал. Однако же сия уловка, достойная земского суда, не пособила, и государь император был столько справедлив, что (15 марта 1825 года) высочайше утвердить соизволил новое расписание о подводах, в котором капитан-командоров поместили в принадлежащий им IV класс.
В августе 1825 года избран он членом Совета Российско-Американской компании, а в сентябре удостоился получить орден Св. Владимира 2-й степени большого креста. В высочайшей грамоте сказано: «Во внимание к отлично-усердной службе вашей и особенным трудам по должности флота генерал-интенданта, всемилостивейше жалуем вас кавалером ордена Св. Владимира 2-й степени». Ныне царствующий государь император Николай Павлович, по восшествии своем на престол, обратил особенное внимание на состояние флота и вообще на морскую службу. По возвращении из Москвы после коронования в 1826 году его величество с неусыпною деятельностью и примерными трудами изволил заняться приведением флота в комплект, вооружением оного во всей исправности и искоренением многих злоупотреблений по разным частям управления морского существовавших, которые и по сему ведомству в значительной степени вкрались, хотя, может быть, гораздо в меньшей, нежели по другим. Государь лично над всем надзирал и по многим предметам сам делал распоряжения. Для следствий употреблялись лица других ведомств. Множество злоупотреблений открыто, доказано и истреблено и виновные наказаны; но из всех произведенных следствий ни по одному не оказалось, чтобы генерал-интендант Головнин в каком бы то ни было отношении был причастен к злоупотреблениям.
При восшествии на престол государя Ник[олая] Павловича мы почти, можно сказать, не имели флота, не имели ни мастеровых, ни материалов и с большою нуждою могли содержать в порядке незначительную эскадру. Но с 1826 года началась необыкновенная деятельность на всех адмиралтействах: линейные корабли строились не более как в один год, в Петербурге по три, а в Архангельске по два, сверх того – много фрегатов и мелких военных судов.
Быстрое построение кораблей и разного звания других военных судов и соразмерное тому заготовление для вооружения их припасов требовали величайшей деятельности и беспрерывных занятий генерал-интенданта. Многотрудную обязанность свою, сопряженную с ответственностью и частыми огорчениями, коих избежать не было возможности, Головнин переносил с твердостью и терпением, употребляя все усилия, чтоб заслужить доверенность и благоволение монарха, и стараясь при том, не щадя ни здоровья своего, ни оправдать себя во мнении его величества, которого несколько раз люди, неблагонамеренные к нему, о коих, впрочем, здесь не упоминается, ибо они известны не только флоту, но отчасти и публике, покушались направить с невыгодной стороны, некоторые с намерением свои непохвальные действия приписать генерал-интенданту, другие по зависти, что младшему генералу была вверена столь обширная и важная часть, а третьи говорили то, что сами не понимали. Люди сии, конечно, успели бы достичь своей цели, если бы были хотя немного умнее и если бы государь император сам не надзирал за порядком и строением в адмиралтействах, ибо при посещениях работ нередко изволил он давать генерал-интенданту приказания лично и выслушивать его донесения и объяснения.