Потом родились у царя царевна Евдокия (26 февраля 1556 г.), царевич Феодор (11 мая 1557 г.). Царевна Евдокия крещена была в Чудове монастыре, в храме архистратига Михаила; восприемником ее от купели был митрополит Макарий. Но она скончалась на третьем году (в июне 1558 года) и погребена была в самый день смерти в Вознесенском монастыре; сыновья же (Иоанн и Феодор) достигли совершенного возраста. Сохранением своего здоровья и жизни они обязаны были молитвам и заступлению того же угодника Божия, преподобного Никиты. Однажды, когда царевич Иоанн был уже по второму году, царица по обыкновению отдыхала, а царевич сидел у кормилицы на коленях. Вдруг кормилица слышит позади себя на лавке воду, клокочущую в оловянном сосуде. В испуге она вскочила с царевичем, думая, что сосуд проутлился (протек); а в сосуде сохранялась вода, взятая из кладезя св. Никиты. Тут была приставница – мама царевича, Фотинья. Она тотчас приняла к себе царевича на руки, взяла потом сосуд, и «паки возгрем вода в сосуде» в руке Фотиньи, так что сама собою даже открылась крышка, и кипящая вода потекла из сосуда, исходя двумя источниками (быть может, намек на двух сыновей царя). Благоразумная Фотинья, разумея, что это благодать Божия, принимала рукою кипящую воду и возливала ее на главу и на лицо, и на все тело царевича, приговаривая: «Буди сие Божие милосердие на многолетнее здравие и радость благородным твоим родителям и тебе государю и всему вашему царству». Проснулась и сама царица. Рассказали ей все, как было. Взяла она сосуд в свои руки, и «паки воскипе вода и возливашеся на руце ее». Царица благодатную ту воду возлила на свое лицо и на перси. Умывались тою водою и все живущие во дворце: видеша благодать Божию, дивляхуся, славяща Бога и великого в чудесах Никиту. Возвещено же бысть чудо сие и великому государю». Подтверждением этого сказания может служить то обстоятельство, что спустя два года по рождении царевича Иоанна, 1 сентября 1556 года, царь с царицею и с сыном, предприняв обычный богомольный поход к Троице, проехал оттуда в Переяславль к Никите Чудотворцу и «повелел игумену общину соделати и велий монастырь соградиша». Затем известно, что в XVII столетии в числе домовых, сенных храмов и престолов на царицыной половине дворца существовал и придел Никиты Переяславского, устроенный, по всему вероятию, еще при Иоанне Грозном, в особенное уважение к покровительству святого угодника Никиты. Он находился в храме Святого Лазаря, в нижнем этаже сенной царицыной церкви Рождества Богородицы. В 1547 году, 18 сентября, приговорил государь женить брата своего, князя Юрия Васильевича; и ходил государь с ним к Макарию митрополиту, чтобы благословил женить князя Юрия, и велел боярам и князьям привести на свой царский двор дочерей-девиц. Выбор пал на княжну Иулианию, дочь князя Дмитрия Федоровича Палецкого.

Как сильно ни любил Иоанн свою юную супругу, но, не привыкнув до сих пор сдерживать себя, он не мог тотчас поддаться ее умиротворяющему влиянию, и нельзя было поэтому ожидать в нем быстрой перемены.

Всем заправляли родные его – Глинские; повсюду сидели их наместники; не было нигде правосудия, везде происходили насилия и грабежи. Управы на новых правителей искать было негде. Сам царь не терпел, чтобы его беспокоили просьбами или жалобами. Особенно Михаил Глинский наделал много зла, дозволяя своим холопам грабить народ. «В те поры Глинские у государя в приближении и в жаловании были, а от людей их черным людем насильство и грабеж: они же их от того не унимаху».

12 апреля 1547 года вспыхнул сильный пожар в Москве: погорели лавки со многими товарами и казенные гостиные дворы. А у Москвы-реки в стрельнице вспыхнуло пушечное зелие: разорвало стрельницу и разметало кирпичи по берегу реки и в реку. 20-го числа снова случился пожар за Яузой: погорели гончары и кожевники, горело на Яузе до самого ее устья. 3 июня семьдесят псковских людей прибыли в Москву жаловаться на своего наместника, князя Турунтая-Пронского, угодника Глинских. Они явились к царю в его сельце Островке. Иоанн, не выслушав челобитчиков, закипел гневом, велел раздеть их и положить на земле, поливать их горячим вином и палить им свечами волосы и бороды. Несчастные ждали смерти… Во время этого вдруг пришла неожиданная весть, что в Москве, когда в одной церкви начали благовестить к вечерне, с колокольни упал колокол-благовестник. Иоанн бросил свои жертвы и поспешил в Москву.

Падение колокола считалось предвестием бедствия. А тут к этому предвестию присоединилось еще другое предзнаменование уже ожидаемой беды. В это время жил в Москве юродивый Василий Блаженный. Народ чтил его как угодника Божия. И в зимнюю стужу, и в летний зной он ходил обнаженный, «как Адам первозданный». 20 июня, в полдень, Василия Блаженного увидали близ церкви Воздвижения на Арбате: он глядел на церковь и горько плакал. «Это не к добру: чует он беду!» – говорили в народе. Все в страхе ожидали неведомого несчастия.

На другой день, 21 июня, в этой самой церкви вспыхнул пожар, с чрезвычайною быстротою распространившийся по деревянным зданиям города, чему способствовал сильный ветер. Такого страшного пожара еще никогда не бывало в Москве: он и известен под именем великого пожара. Огонь потек, как молния, и в продолжение часа обратил в пепел все Занеглинье и Чертолье (нынешняя Пречистенка). Потом буря понесла пламя на Кремль, где загорелся верх Успенского собора, потом занялись деревянные кровли на царских службах (палатах), причем сгорели: оружничая палата, постельная палата с домашнею казною, царская конюшня и разрядные избы, где велось делопроизводство о всяких назначениях по службе; огонь проник даже в погреба под палатами. Пострадала придворная златоверхняя церковь Благовещения: в ней погибли невозвратно Деисус письма знаменитого русского иконописца Андрея Рублева, обложенный золотом, и все иконы греческого письма, древних великих князей, собранные «от многих лет» и украшенные также золотом и бисером многоценным. По каменным церквам сгорели иконостасы и людское добро, которое продолжали и в это время прятать по церквам. Успенский собор и митрополичий двор остались целы. В Успенском соборе уцелел иконостас и все сосуды церковные. Митрополит Макарий едва не задохся от дыма в соборе: он вышел из него, неся образ Богородицы, написанный митрополитом Петром; за ним шел протопоп и нес церковные правила. Макарий ушел было сначала на городскую стену, на тайник (подземный ход), проведенный к Москве-реке, но не мог долго оставаться здесь от дыма. Его стали спускать с тайника на канате на взрубь к реке, канат оборвался, и митрополит сильно расшибся, так что едва мог прийти в себя. Его отвезли в Новоспасский монастырь. Кремлевские монастыри – Чудов и Вознесенский – сгорели. Пожар сделался еще ужаснее, когда дошел до пороха, хранившегося в стенах Кремля, и произошли взрывы. Огонь распространился по Китай-городу, и эта часть города сгорела вся, исключая две церкви и десять лавок. Пожар охватил большой посад вплоть до Воронцовского сада на Яузе. Народу сгорело, говорят, 1700 взрослых человек и несчетное множество детей. Царь с супругою и с приближенными своими не был в Москве во время пожара: он уехал в село Воробьево. На другой день он поехал с боярами в Новоспасский монастырь навестить митрополита.

Между тем большая часть москвичей находилась в ужасном положении – без хлеба, без крова. Многие не могли отыскать своих близких, родных, пропавших без вести. Народом овладело отчаяние. В те времена всегда готовы были приписать общественное бедствие лихим людям и колдовству. Разнеслась молва, что лихие люди, чародеи вражьим наветом вынимали из человеческих трупов сердца, мочили их в воде и этою водою кропили московские улицы, отчего и сгорела Москва. Донесли об этом царю, который велел боярам своим сделать розыск. Тогда знатные люди, ненавидевшие Глинских, воспользовались случаем погубить их. Эти враги Глинских были: дядя царицы Анастасии – Григорий, царский духовник, благовещенский протопоп Федор Бармин, боярин князь Федор Скопин-Шуйский, Иван Петрович Челяднин, князь Юрий Темкин, Федор Нагой и другие.