В 1918-1921 гг. при Наркомпросе работала еврейская историческая секция, которую возглавил З. Гринберг, известный еврейский журналист и историк, а Б.Ц. Кац руководил в ней отделом древнегреческой литературы.

В 1918 г. при Еврейском историко-этнографическом обществе была создана Комиссия по исследованию еврейских погромов в России под руководством учёных С. Дубнова и Г. Адмони-Красного.

В феврале 1919 г. в Петрограде был открыт Петроградский еврейский народный университет, ректором которого стал специалист по истории евреев Западной Европы С. Лозинский, ученым секретарём - историк еврейской литературы И. Цинберг.

В 1919 г. при Украинской академии наук была создана историко-этнографическая комиссия, занимавшаяся изучением истории и культуры украинских евреев.

В 1918-1920 гг. в Киеве действовал Еврейский народный университет с преподаванием на идише. В эти же годы и в Москве работал Еврейский народный университет, а с 1921 г. - Коммунистический университет национальных меньшинств Запада, в котором был еврейский сектор.

Интенсивное развитие культурной жизни евреев раздражало большевистскую власть. ЕК резко критиковали в партийной печати за то, что он не ведет активную борьбу с сионизмом и, якобы, пытается проводить политику еврейской автономизации. Поэтому многие сферы культурной деятельности (точнее - самостоятельности) евреев переходили под управление Наркомпроса (т.е. государства). Начиналась эта кампания, что вполне можно было предвидеть, с Украины. Более других усердствовали её руководящие деятели. Так, Г. Пятаков, председатель Временного рабоче-крестьянского правительства Украины, заявил в 1919 г., что ЕК является воплощением "буржуазной фантазии о национальной автономии". В. Затонский, комиссар Украины по делам культуры, утверждал, что на Украине, в отличие от России, не должно быть ЕК, так как в России межнациональные отношения не так обострены.

В январе 1919 г. на Украине все местные ЕК были переименованы в еврейские отделы при губернских комитетах.

В начале 1920 г. российский ЕК стал отделом Наркомнаца. Таким образом, всё руководство еврейской жизнью сосредоточилось в руках государства.

С подачи ЕК в феврале 1920 г. по инициативе А. Луначарского и его приспешников было принято решение, согласно которому еврейский театр "Габима" лишился государственной поддержки. ЕК при поддержке советских властей "протащил" решение Наркомпроса, согласно которому иврит был объявлен "языком реакции и контрреволюции". Преподавание иврита было решительно запрещено во всех учебных заведениях. Вскоре вне закона было поставлено еврейское просветительское общество "Тарбут", а его учебные заведения закрыты.

Преследование еврейской культуры усилилось, причём основную роль в этом сыграл ЕК. Председатель Центрального бюро Евсекции С. Дименштейн направил в Президиум ВЦИК письмо, в котором утверждал: "... согласно постановлению последней конференции еврейской коммунистической секции и комиссариатов, утвержденному ЦК РКП(б), буржуазные сионистские организации подлежат ликвидации". Большевики не могли идейно конкурировать с сионистами (не хватало "грамотёжки") и поэтому они прибегли к сомнительным методам. Ими было принято решение не выдвигать лозунга борьбы с сионистами, однако арестовывать руководителей, подвергать движение административным репрессиям и финансовому давлению.

1 июля 1920 г. начальник секретного отдела ВЧК Я. Лацис направил "вниз" циркуляр, который предписывал активизировать борьбу с "еврейскими буржуазными националистами, состоящими на службе Антанты", и чётко объяснял почему с сионизмом нужно вести непримиримую борьбу: "Сионизм, охватывающий почти всю еврейскую интеллигенцию, если бы ему суждено осуществиться, немедленно лишил бы нас громаднейших кадров, необходимых для воссоздания нашего народного хозяйства". Оказывается, большевикам требовались "полезные евреи". Для их "сохранения" был арестован ряд руководителей сионистского движения, но быстро освобожден из-под ареста под давлением международных организаций. На всякий случай задержанные дали подписку воздерживаться от антисоветской деятельности. Большевики набирались опыта борьбы с инакомыслием.

Власти, и в первую очередь Евсекции, активизировали наступление на иудаизм. Руководитель Наркомпроса в одном из своих выступлений (июль 1919 г.) заявил: "Мы предпочитаем, чтобы еврейские дети лучше бегали по улицам и кидали камни в окна, нежели посещали эти гнойники духа - хедеры и старые школы". В декабре 1920 г. Еврейский отдел Наркомпроса принял декрет против хедеров и иешив. В декрете говорилось: "... дети должны быть освобождены от ужасной тюрьмы, от полной умственной деградации и физического вырождения". По всем районам бывшей черты оседлости прошло несколько судебных процессов над иудаистами (Витебск, 12-18 января 1921 г.; Киев, 1921 г.; Ростов-на-Дону, 1921 г. и др.).

К началу 1922 г. ранее возникшие и функционировавшие легальные еврейские общественные организации фактически прекратили свое существование. Но возросло влияние и возросла численность российской сионистской организации Ге-Халуца. После долгих дискуссий их участники провозгласили свою надпартийность, но не отказались от роспуска военизированных формирований.

В начале 1920 г. действовало 120 групп Ге-Халуца. Но окружающая их обстановка стимулировала их эмиграцию в Палестину.

Другая часть Халуции стала наниматься на работу к крестьянам еврейских колоний в Херсонском округе. В 1922 г. в Саратове работал крупный центр обучения евреев сельскохозяйственным профессиям.

Члены Ге-Халуца положили начало третьей волны эмиграции евреев в Палестину. 44,5% всех прибывших в Палестину с третьей волной эмиграции были выходцы из России, а большая доля остальных - из стран, бывших частями Российской Империи.

С третьей волной уехал из России и её герой И. Трумпельдор. Остановившись по дороге в Стамбуле, он организовал там для переселенцев учебную ферму и справочное бюро. В феврале 1920 г. Трумпельдор прибыл в Палестину и погиб в том же году, возглавляя оборону поселения Тель-Хай от арабских террористов.

Остающиеся в России евреи разделились на два лагеря. Первый из них пытался поддержать в Гражданской войне антибольшевистское движение, а второй, более многочисленный, горячо поддержал большевиков.

Сторонники антибольшевистского движения включились в ряды белогвардейцев, в том числе оставаясь в подполье на территориях, занятых красными.

Например, в руководимом Борисом Савинковым "Союзе защиты родины и свободы" начальником кавалерийских отрядов был назначен уже упоминавшийся ротмистр Виленкин, еврей.

В поднятом Союзом восстании в Муроме 8-10 июля 1918 г. в составе его руководителей были евреи Г. Перкус (расстрелян после подавления восстания) и А. Эпельбаум. В рядах повстанцев воевали члены Муромского союза сионистской молодёжи. Многие из них погибли в боях и были расстреляны большевиками.

В Союз возрождения России, созданный народными социалистами, эсерами и меньшевиками, входили также и евреи. Так, И. Фундаминский был одним из учредителей этого Союза. В. Левицкий (Цедербаум) - брат лидера меньшевиков Л. Мартова, М. Вишняк, А. Гоц - один из создателей военной организации Союза, занимавшийся формированием вооружённых групп и последующей переброской из-за Волги для борьбы с Советской властью.

Юнкер Л. Каннегиссер в числе создателей и руководителей военной организации Союза осуществлявший связь с офицерскими группами, 30 августа 1918 г. застрелил палача петроградцев - председателя петроградской ЧК Моисея Урицкого, а Фаня Каплан, покушаясь на Ленина, тяжело его ранила.

Евреи воевали также с большевиками в составе первых казачьих партизанских отрядов на Дону. Например, А. Альперин возглавлял отдел пропаганды крупного казачьего партизанского отряда генерала И. Семилетова.