Евреев Николай II считал одними из главных носителей либеральных и революционных идей. Поэтому введение новых ограничений для евреев продолжилось и в его царствие.

В 1896 г. был издан закон, запрещавший евреям-солдатам оставаться за пределами черты оседлости во время отпуска.

В 1895-1898 гг. министр финансов С. Витте ввёл в стране винную монополию, т.е. казённую торговлю винными напитками. Десятки тысяч евреев, арендовавших у помещиков винокурни, остались без работы. С 1894 г. по 1898 г. число нуждающихся еврейских семей в черте оседлости возросло на треть; к 1897 г. около половины евреев в черте оседлости были безработными.

В обстановке роста антисемитских настроений в России в 1890-х годах возобновились погромы.

Так, в сентябре 1891 г. произошёл погром в местечке Стародуб Черниговской губернии, основными участниками которого были местные торговцы-староверы, вынужденные конкурировать с евреями.

В 1897 г. в местечке Шпола Киевской губернии и в апреле в местечке Кантакузенка Херсонской губернии местное население разгромило лавки и дома евреев. 19-21 апреля 1899 г. во время православной Пасхи произошёл трёхдневный погром в г. Николаеве Херсонской губернии.

В 1902 г. поляки пытались устроить еврейский погром в городе Ченстохове, но попытка была подавлена русскими войсками.

Евреев снова стали обвинять в ритуальных убийствах. Так, в марте 1900 г. в Вильно был арестован аптекарь Д. Блондес, обвинённый в нанесении крестьянке Грудзинской, работавшей у него прислугой, ножевых ран. Доказательств вины Блондеса не было обнаружено, однако в городе началась антиеврейская истерия, подогреваемая некоторыми газетами и провокаторами, распространявшими слухи о попытке ритуального убийства.

Блондеса защищали известные адвокаты: поляк В. Спасович (не лучший друг евреев - см. выше), считавший это дело "скандалом для поляков", православный П. Миров и еврей О. Грузенберг. Суд присяжных, в котором преобладали католики и не было ни одного еврея, отказался оправдать подсудимого, несмотря на ходатайство защиты. Однако после подачи апелляции 1 февраля 1902 г. Блондес был признан невиновным.

6-7 апреля 1903 г., во время еврейской Пасхи, в Кишинёве произошёл еврейский погром. Погрому предшествовала мощная антиеврейская пропаганда, лившаяся со страниц газеты "Бессарабец", которая написала о ритуальных убийствах, совершённых евреями в г. Дубоссары. Современники однозначно указывали на вице-губернатора В. Устругова и начальника местного охранного отделения барона Л. Левендаля, покровительствовавших крупному помещику и издателю газеты П. Крушевану, организатору погрома.

С начала погрома войска были выведены на улицы Кишинёва, но они не только не останавливали погромщиков, но и пресекали всякие попытки евреев оказать сопротивление и защищать себя. Погром был прекращён по команде из столицы только на третий день. Последствия погрома были беспрецедентными: 49 человек было убито, 586 ранено, а также были зафиксированы многочисленные случаи изнасилования евреек и жестоких пыток.

Новый губернатор Бессарабии князь С. Урусов после окончания расследования писал, что одна рота в руках дельного человека уже в первые часы могла остановить и потушить погромный пожар. Вместо этого, отмечал С. Урусов, весь кишинёвский гарнизон два дня подтверждал своим бездействием "справедливость легенды о разрешённом царём трёхдневном грабеже".

В России и во всём мире кишинёвский погром вызвал волну возмущения и негодования. Чтобы как-то успокоить общественность, Комитет министров принял Положение, разрешающее евреям проживать в 101 селении в черте оседлости; 10 мая 1903 г. оно было утверждено Николаем II. Эти селения фактически стали местечками.

В ноябре 1903 г. В. Плеве внёс на рассмотрение Комитета министров список, состоявший из 58 населённых пунктов, в которых разрешалось бы проживать евреям, но этот список был отклонён. Не помогли и настойчивые уверения В. Плеве о том, что такие меры необходимы для предотвращения взрыва недовольства среди евреев, который может угрожать общественному спокойствию. Министры не поняли коллегу.

Тем временем Николай II, обеспокоенный ростом еврейского землевладения (на самом деле евреи в начале 1900-х годов владели не более чем 1% земель), подписал законопроект о запрещении евреям приобретать недвижимость а сельской местности внутренних губерний. Министр финансов С. Витте, министр юстиции Н. Муравьёв и министр земледелия А. Ермолов не согласились с императором. Однако министры под давлением императора вынуждены были согласиться с законом.

7 июня 1904 г. Николай II утвердил решение Государственного совета "Об отмене ограничительных законов о праве жительства евреев в пятидесятивёрстной полосе от западной границы", узаконившее более чем двухвековое проживание евреев в этих районах. В. Плеве представил в это же время законопроект о смягчении ограничений для определённых групп еврейского населения. В сопроводительном письме он писал, что "нужно давать больше льгот богатым и образованным евреям, то есть тому слою, который имеет больше общего с остальным населением империи, чем с невежественной еврейской массой". Ошибался хитрый министр, всё нужно было делать наоборот. Но догадаться до этого простого решения В. Плеве не успел - 15 июня 1904 г. он был убит социалистом-революционером. Через 9 дней после его смерти законопроект был одобрен Комитетом министров и в августе утверждён императором.

Новый закон позволял проживать вне городов и местечек черты оседлости купцам первой гильдии, всем евреям с высшим образованием, а также евреям-ремесленникам. Жёны и дети евреев с высшим образованием получали право повсеместного проживания отдельно от главы семьи. Это право получали также советники коммерции и мануфактур, "беспорочно служившие в действующих войсках" участники русско-японской войны и члены их семей. Купцам первой гильдии облегчалось проживание за пределами черты оседлости, в частности, было отменено требование, согласно которому они должны были состоять в первой гильдии в течение 10 лет.

В августе-сентябре 1904 г. по стране опять прокатилась волна еврейских погромов. Их "авторами" были толпы мобилизованных в армию. К этому времени евреи "проснулись" и впервые за всю историю проживания в России потребовали у правительства равных прав. В сравнительно умеренной петиции правительству 32 еврейских общин высказывался призыв "полного раскрепощения и отмены всех ограничительных законов". В новой петиции 26 еврейских общин, поддержанной радикальными элементами в остальных общинах, уже выдвигалось требование национально-культурной автономии для евреев: "Как культурная нация мы требуем тех прав, которые должны быть предоставлены всем народам, входящим в состав русского государства". "Жид стал об себе шибко много понимать", - сказал давным-давно мой сосед по этому поводу. Кровавая заря поднималась над Россией.

9 января 1905 г. в Петербурге была расстреляна рабочая демонстрация. Случилось Кровавое воскресенье, положившее начало революции 1905-1907 гг. В обстановке общественного подъёма, характерного для первых месяцев революции, 25-27 марта 1905 г. в Вильно состоялось совещание еврейских общественных деятелей. Всего в совещании участвовало 67 человек, представлявших 32 города России. Инициатива созыва исходила от Бюро защиты евреев - созданной в 1901 г. организации, состоявшей из юристов и общественных деятелей, осуществлявших юридическую защиту евреев и разоблачение антиеврейской политики царского правительства. Еврейские группы и движения, представленные на совещании, приняли решение об организации "Союза полноправия еврейского народа в России". Главной целью Союза было осуществление в полной мере гражданских, политических и национальных прав еврейского народа России. Национальные права были определены как "свобода национально-культурного самоопределения во всех его проявлениях, в широкой автономии общин, свободе языка и школьного обучения". Образованные и умные деятели не понимали, что пока русский народ не станет по-настоящему свободен и не будет подвергаться безжалостной эксплуатации со стороны русских помещиков и капиталистов, ни один народ империи свободным (в том смысле, в котором мыслили просвещённые евреи) быть не может.