Однако, несмотря на вышеуказанные обстоятельства, Комиссия в целом, её работа приняла благожелательное к евреям направление. Так, в журнале комиссии было записано, что существует лишь один путь решения рассмотренной проблемы - это "путь освободительный и объединяющий еврейское население под сенью общих законов". Большинство членов Комиссии осудили систему "репрессивных и исключительных мер". Отдавая дань веяниям времени, они утверждали, что, хотя еврей находится в особом положении из-за ограничительных законов и поэтому не выполняет государственных обязанностей в равной мере с другими (вот это - "дань времени" - П.П.), его всё же нельзя лишать "тех основ, на которых зиждется его бытие, его равноправие как подданного, его свобода как гражданина".
Наряду с либеральным большинством, в Комиссии было представлено и консервативное меньшинство, настаивающее на усилении ограничительных мер, таких, как, например, полный запрет всем категориям евреев жить за пределами черты оседлости.
В результате напряжённой борьбы внутри Комиссии и сильного давления со стороны правительства, комиссия сочла, что при проведении "освободительных и уравнительных Законов нужно проявлять "величайшую осторожность и постепенность". Комиссия рекомендовала отмену Временных правил 1882 г. Большинством в один голос было принято решение о разрешении евреям-купцам первой гильдии жить за пределами черты оседлости. В то же время предложение о предоставлении на основании Военного устава 1847 г. права повсеместного жительства лицам, служившим в армии, было отклонено.
В мае 1888 г. окончательный доклад Комиссии "был представлен императору, распорядившемуся о её роспуске и передаче всех накопленных материалов созданному тогда же Совещанию под председательством товарища министра внутренних дел В. Плеве.
Единственным предложением Комиссии Палена, утверждённым Александром III, стала отмена старого, практически не соблюдающегося, закона о запрещении евреям держать в услужении христиан.
Русская консервативная печать подвергла резкой критике предложение большинства членов Комиссии Палена.
Совещание под председательством В. Плеве, полностью состоящее из сотрудников Министерства внутренних дел, разработало новую программу, направленную на введение дальнейших антиеврейских ограничений.
В 1890 г. программа, состоящая из 44 пунктов, была представлена на утверждение Государственного совета. Предлагалось Временные правила сделать постоянным законом, выселить из деревень и сёл черты оседлости всех евреев, достигших совершеннолетия, после издания нового закона. После окончания срока аренды жилья евреи подлежали выселению. Евреи, выехавшие ненадолго из сельской местности, не могли туда вернуться. Ремесленники теряли право жительства во внутренних губерниях и изгонялись оттуда. Пояснительная записка к проекту Плеве была составлена в крайне резком тоне и обвиняла евреев в эксплуатации крестьян. Проект новых еврейских ограничений император не утвердил, опасаясь, что это отрицательно скажется на финансовом положении страны. Министр финансов И. Вышнеградский объявил Александру III, что в случае принятия такого закона банкирский дом Ротшильдов постарается сорвать размещение российских ценных бумаг на парижской бирже. Но ненависть к евреям взяла верх над экономическими интересами.
В 1888 г. по инициативе председателя Совета присяжных поверенных В. Спасовича был составлен отчёт, в котором впервые указывались данные о вероисповедании столичных адвокатов.
В 1889 г. министр юстиции Н. Манасеин провёл в качестве временной меры в обход Государственного совета постановление, приостанавливающее принятие в число присяжных поверенных "лиц нехристианских вероисповеданий до издания особого Закона" (на практике это относилось исключительно к евреям). Необходимость такой меры обосновывалась низкими моральными качествами евреев.
Усиление реакции и контрреформы во многом сводили "на нет" реформы 1860-х - 1870-х годов.
Положение о земских учреждениях 1890 г., заменившее Положение 1864 г., ограничивало права земств и поставило их под контроль губернаторов, во главе земских учреждений были поставлены предводители дворянства. Земских служащих теперь должен был утверждать губернатор, и с 1890 г. евреев практически не брали на такую работу.
В июне 1892 г. было утверждено новое Городское уложение, позволяющее полностью ограничить участие евреев в выборах в органы городского самоуправления во внутренних губерниях и резко сократить их участие в городском самоуправлении в черте оседлости: власти могли назначать из списка предложенных им еврейских кандидатов в гласные городской думы не более 10% от общего числа гласных (т.е. членов думы, избираемых от купечества). Однако назначенные властью гласные не пользовались авторитетом ни у евреев, ни у христиан. Этого власти и добивались.
Министр внутренних дел И. Дурново, обосновывая вредное влияние еврейского элемента на ход городского самоуправления, писал, что "евреи обычно преследуют на почве общественной исключительно свои выгоды", забывая объяснить, чьи выгоды защищают их коллеги-христиане.
Полное устранение евреев из органов городского самоуправления отрицательно сказалось на развитии городского хозяйства и благоустройства. Также ухудшилось положение еврейской части городского населения, поскольку городские думы в черте оседлости стали перекладывать на него большую часть муниципальных налогов.
В конце 1880-х - начале 1890-х гг. власти стали "очищать" от евреев области Войска Донского (1887 г.), разрешая там проживать евреям с высшим образованием, или находившимся на государственной службе, которые, как правило, были выкрестами.
В 1891 г. на смену князю В. Долгорукому, обвинявшемуся в покровительстве евреям, на пост московского генерал-губернатора был назначен брат Александра III, великий князь Сергей Александрович, фанатичный ненавистник евреев, заявлявший, что его целью было "оградить Москву от евреев". Заступив на этот пост, он добился "удаления" из Москвы и Московской губернии всех евреев, в том числе и отставных чинов рекрутских наборов и членов их семей. Число изгнанных составило 20 тыс. человек.
В 1899 г. было опубликовано повеление императора, согласно которому в Кубанской и Терской губерниях могут жить только евреи с высшим образованием. Через год из черты оседлости была исключена Ялта, как место отдыха царской семьи. В городе остались и получили возможность селиться только евреи, имевшие право повсеместного проживания. Численность таких евреев была мизерной. В этом же году "жёнам евреев с высшим образованием" было запрещено приезжать на отдых в Ялту без мужей. В Москве полиция стала выселять этих жён, если их мужья выезжали на короткое время по делам из Москвы.
14 января 1893 г. министерство внутренних дел отменило циркуляр от 1880 г., согласно которому евреи, не имевшие права проживать во внутренних губерниях, но поселившиеся там, могли в них оставаться до пересмотра всех законов о евреях; евреи должны были покинуть насиженные места в шестимесячный срок. Таких несчастных набралось около 70 тыс. человек.
15. ЕВРЕИ ПОД ВЛАСТЬЮ РОССИЙСКОГО ИМПЕРАТОРА НИКОЛАЯ II
В 1894 г. российским императором стал сын Александра III Николай II. Послушный воспитанник обер-прокурора Синода К. Победоносцева, по свидетельству близко знавших его людей, человек плохо образованный и безвольный, откровенно тяготившийся короной, но искренне уверенный в спасительности для России неограниченного самодержавия, новый император продолжил политику отца, направленную на борьбу с любыми проявлениями либерализма.