Для осуществления проекта был вызван в Петербург выпускник Мюнхенского университета М. Лилиенталь, который с 1839 г. возглавлял еврейское училище в Риге и превратил его в образцовое.

В феврале 1841 г. М. Лилиенталь приехал в Петербург и согласился принять на себя выполнение поставленной перед ним задачи - осуществить проект коренного переустройства еврейских школ. Осенью 1841 г. М. Лилиенталь совершил поездку в Вильно и Минск для привлечения еврейского населения к новому правительственному проекту. В Вильно он столкнулся со скептическим отношением евреев к школьной реформе. В своих воспоминаниях он писал, что "Старцы сидели, погружённые в раздумья. Наконец, главарь их задал многозначительный вопрос: "Знакомы ли вы, доктор, также с понуждениями нашего правительства? Меры, принимаемые против не принадлежащих к греко-христианскому вероисповеданию, ясно показывают, что правительство желает иметь в государстве только одну церковь, заботится только о своей мощи и величии, а не о нашем благосостоянии в будущем. С сожалением должны мы признаться, что очень мало доверяем предложенным новым мерам Совета министров и глядим на будущее с тревожным предчувствием". Старцы выразили мнение большинства евреев. Планы правительства, содержание которых разъяснил евреям Лилиенталь и сторонники Гаскалы, ещё более холодно были встречены в Минске. Представители еврейской общины говорили ему: "Пока государство не предоставит еврею гражданских прав, образование будет для него только несчастьем. Простой и необразованный еврей не гнушается унизительными занятиями фактора или мелкого торговца; черпая утешение и радость в своей религии, он мирится со свой жалкой долей. Еврея же образованного, просвещённого, но не имеющего возможности занять почётное положение в государстве, чувство неудовольствия повлечёт к отречению от религии". Лилиенталь и представители Гаскалы предложили Уварову проводить реформу ненасильственными методами, что, однако, не встретило поддержки министра.

В июне 1842 г. было опубликовано высочайшее повеление, вводившее надзор со стороны Министерства народного просвещения за всеми еврейскими заведениями и объявлялось о созыве в Петербурге Комиссии для образования евреев в России и "для содействия видам правительства в проведении школьной реформы".

В мае 1843 г. в Петербурге начались заседания Комиссии, в которой принимали участие видные еврейские религиозные деятели, а правительство представлял Лилиенталь. Не имея возможности открыто выступать против предложенных Уваровым реформ, религиозные деятели добились от него уступок в ряде пунктов. Так, возраст поступающих в казённые еврейские училища был повышен с шести до восьми лет (т.е. дети дольше получали традиционное еврейское образование). На еврейские предметы было отведено больше учебных часов, чем планировало министерство просвещения, причём эти предметы должны были преподавать на основе первоисточников, а не по катехизисам, как первоначально предполагалось. Входящим в Комиссию религиозным деятелям удалось добиться отмены планов реформирования традиционных хедеров, а также отклонить над ними контроль министерства просвещения.

13 ноября 1844 г. был издан указ императора "Об образовании еврейского юношества", который сопровождался секретной инструкцией. В указе говорилось о создании казённых еврейских училищ двух типов: первого разряда с двухгодичным курсом начального образования (соответствовало православным приходским училищам) и второго разряда с реальным направлением (соответствовало общим православным уездным училищам). Училища подчинялись министерству народного просвещения; смотрителями (вопреки первоначальным рекомендациям) и преподавателями общеобразовательных предметов назначались исключительно христиане. Только еврейские предметы разрешалось преподавать учителям-евреям, которых должны были готовить два раввинских училища, открытые в 1847 г. в Вильно и в Житомире. Предполагалось, что обучение будет бесплатным, но на содержание училищ должны были идти средства евреев-налогоплательщиков, а также пошлин от ввозимых в Россию еврейских книг и средств, полученных от откупа с двух разрешённых в империи еврейских типографий.

В секретной инструкции говорилось, что "цель образования евреев состоит в сближении их с христианским населением и в искоренении предрассудков, внушаемых учением Талмуда".

Первые казённые еврейские училища открылись в 1847 г. В связи с этим событием во многих еврейских общинах был объявлен пост. Еврейские общины посылали туда сирот, бедные семьи посылали в училища детей только за определённое вознаграждение. В широких слоях еврейского населения считалось, что школьная повинность мало чем отличается от рекрутчины.

В 1855 г. в 79 еврейских училищах первого разряда обучалось, примерно, 2 тысячи детей. В то же время в общих учебных заведениях, как средних, так и высших, появились первые учащиеся-евреи, в основном выходцы из богатых семей (в 1841 г. - 13 студентов-евреев и 101 гимназист).

Для осуществления правительственной программы "слияния" евреев с прочим населением, в 1844 г. кагалы были упразднены, а их функции переданы городским управлениям и ратушам. За исключением Риги и Курляндской губернии, где кагалы просуществовали до 1893 г., еврейское население перешло в ведение общих органов управления (городских дум, ратуш и магистратов), в которых было ограничено число еврейских представителей. Еврейские общества были сохранены с тем, чтобы облегчить властям набор рекрутов и сбор податей.

В апреле 1843 г. был опубликован императорский указ, согласно которому нужно было "всех евреев, живущих в пятидесятивёрстной полосе вдоль границы с Пруссией и Австрией, вывести внутрь губерний" в двухгодичный срок "без всяких отговорок". Этот указ затрагивал большое число евреев и вызвал среди них панику, поскольку города и местечки черты оседлости были, как уже говорилось, перенаселены. Власти согласились отложить изгнание ещё на два года, но и после этого 19 еврейских общин отказались выезжать, пока их не выселят силой.

Указ этот вызвал волну возмущения в Европе; в некоторых английских и французских газетах Россию стали называть "новой Испанией". Но выполнить предписание указа не удалось из-за фактической невозможности проживания дополнительного количества людей в черте оседлости.

В 1844 г. Николай I запретил принимать евреев на гражданскую службу, "доколе они остаются в еврейском законе", что противоречило Положению 1835 г. Правительство также объявило войну ношению еврейской одежды, утверждая, что она отталкивает их ("народ презренный") от "всякого сообщения с христианами". Выполнение постановления было отложено до тех пор, пока не будут реализованы остальные меры, предусмотренные реформой быта евреев. Однако в 1844 г. за ношение ермолки взимался особый сбор в размере от трёх до пяти рублей (а иногда и больше). В 1848 г. этот налог был подтверждён

В мае 1850 г. последовал запрет на ношение еврейской одежды: после 1 января 1851 г. только старым евреям разрешалось донашивать её при условии уплаты соответствующего налога.

В апреле 1851 г. еврейским женщинам было запрещено брить голову (это - хасидская традиция).

В 1852 г. появилось новое постановление:

" 1) всякое различие в еврейской одежде с коренным населением должно быть уничтожено";

" 2) ношение пейсиков строго воспрещается";

" 3) употребление талов, твалимов (предметы, используемые религиозными евреями при совершении молитвы) и ермолок дозволить только при богомолении в синагогах и молитвенных домах";

" 4) предписать, чтобы раввины носили одинаковое (платье) с коренными жителями..."