Заняв ответственную должность в Наркомате просвещения РСФСР, Костицын рьяно отстаивал ведомственные интересы, о чем свидетельствует, например, его письмо от 11 декабря 1926 г. Вернадскому, который ходатайствовал о подчинении Радиевого института непосредственно Академии наук СССР. Категорически отвергая ее претензии на «руководящую роль», обвиняя Академию в архаичности, «старческом эгоизме», «вымогательстве» и заинтересованности в «удушении» опасных московских «конкурентов», Костицын напоминал, что «во Франции государство ревниво оберегает свои права контроля над высшей школой и научными учреждениями», и это тем более необходимо в СССР: «К сожалению, если за нашими учреждениями и работниками не досмотрят, они в состоянии, даже без особенной нужды, перервать друг другу глотку. Поэтому не ругайте бюрократию, а скажите спасибо, что она существует».[36] Казалось, ничто не предвещало закат его административной карьеры, но, как не без желчи писал Стратонов о Костицыне, «иной раз он поднимался в советской иерархии довольно высоко, а потом снова терял значение».[37]

7 октября 1926 г. комиссия по научным загранкомандировкам при Наркомпросе согласилась на поездку Костицына в Германию, Францию и Италию для ознакомления с постановкой дела в геофизических учреждениях и новыми методами горной разведки, вследствие чего 3 ноября математическая предметная комиссия 1-го МГУ постановила: «Считать возможным без ущерба для учебной работы отпустить В. А. Костицына с конца марта 1927 г.»;[38] аналогичные разрешения выдали предметная комиссия по кафедре геофизики и правление университета.[39] Это была уже не первая зарубежная командировка профессора: осенний триместр 1923–24 учебного года он провел во Франции[40] (в частности, 18 декабря прочитал лекцию об исследованиях Курской магнитной аномалии в парижском Союзе русских инженеров), а летом 1924 г. участвовал в 7-м Международном математическом конгрессе в Торонто, где 16 августа выступил с докладом «Опыт математической теории гистерезиса».

Костицын уехал во Францию в трехмесячную командировку 7 мая 1927 г., теперь уже в качестве директора Геофизического института, и присутствовал 23 мая на заседании Парижской академии наук, в отчетах которой было опубликовано его сообщение «О решении сингулярных интегральных уравнений Вольтерра», представленное известным математиком Жаком Адамаром.[41] Костицын хотел продлить командировку, но Главнаука отказала ему. Тем не менее в срок он не вернулся, поэтому президиум коллегии Наркомпроса 29 сентября освободил его от занимаемой должности.[42] Через неделю, оставив жену в Париже (начинающий биолог, Юлия Ивановна стажировалась в Сорбонне), профессор вернулся в Москву, но оправдываться перед начальством не стал, ограничившись 10 октября коротким заявлением: «Я считаю своей обязанностью напомнить Президиуму, что подобные постановления должны выноситься хотя бы после поверхностной проверки обвинительного материала и, во всяком случае, после затребования объяснений у обвиняемого. В данном случае приходится констатировать полное отсутствие этих элементарных гарантий».[43] За профессора вступился начальник Главнауки партиец Ф. Н. Петров, который в своем заключении написал, что решение президиума коллегии Наркомпроса «не основано на каком-либо обвинительном материале, а вынесено вследствие фактического отсутствия т. Костицына в течение более месяца после окончания срока его командировки». Но поскольку «одной из причин задержки» Костицына явилась «потеря его паспорта при визировании в иностранном министерстве иностранных дел», по его мнению было бы целесообразно пойти навстречу профессору, который просит «изменить редакцию постановления» в том смысле, что он освобождается от должности по собственному желанию. Считая «полезным использовать накопившийся у т. Костицына опыт», Петров ратовал за оставление его в составе коллегии Главнауки.[44]

В итоге 25 октября руководство Наркомпроса решило: «Принимая во внимание объяснение проф. Костицына, признать возможным изменить редакцию постановления Президиума от 29/IX с.г. и считать освобожденным его от должности зав. Научным отделом Главнауки согласно его просьбе».[45] Относительно предложения об оставлении Костицына в составе коллегии в постановлении не говорилось ни слова; сам он, комментируя 19 ноября свое увольнение в письме Вернадскому, скупо пояснял: «Вернувшись не так давно из-за границы, я нашел себя уволенным из Главнауки по формальному поводу – за опоздание из командировки. Дело, конечно, не в этом. Во всяком случае, я не огорчен, так как теперь я буду иметь больше времени для научной работы и для приведения в порядок кафедры геофизики в 1 МГУ». А по поводу учебы жены Костицын писал: «Юлия Ивановна все еще в Париже и вероятно пробудет там несколько месяцев. В прошлом году она работала в качестве лаборантки в лаборатории экспериментальной морфологии проф. В. М. Данчаковой и настолько увлеклась своей работой, что мы с ней решили оставить ее на некоторое время в Париже для приобретения общей биологической подготовки. Вы спросите, почему не в Москве. Этому много причин и прежде всего – ненормальные условия приема, когда дело решается не по признаку подготовки. Все преподавание на младших курсах рассчитано на плохо подготовленного современного студента, а Ю[лия] И[вановна] уже имеет законченное высшее образование. Французская система гораздо гибче нашей и дает возможность каждому выбрать то, что ему надо. Внимание при этом не разбивается на десяток отрывков разных наук. Затем условия жизни в Москве не благоприятствуют никакой работе. Конечно, скучно: за восемь лет мы никогда не расставались на продолжительный срок. Но, когда я испытываю здесь какую-либо гадость (а их бывает немало), я радуюсь, что Ю[лия] И[вановна] в Париже».[46]

Несмотря на увольнение из Главнауки, Костицын не изменил себе и уже 9 ноября выступил на заседании учебного совета физико-математического факультета 1-го МГУ с предложением ставить на его обсуждение «некоторые важнейшие вопросы факультета, стоящие перед деканатом» и был избран в делегацию, которой поручалось обратиться в коллегию Наркомпроса и, в случае надобности, к председателю Совнаркома А. И. Рыкову с сообщением о «ненормальном финансовом положении факультета».[47]

Впрочем, профессор все еще оставался в фаворе у своих недавних соратников по большевистскому подполью, и в постановлении Комиссии по выборам в Академию наук СССР, утвержденном Политбюро ЦК ВКП(б) 23 марта 1928 г., предлагалось «выяснить возможность включения в список <…> Костицына»![48] Но в характеристике за подписью помощника начальника Секретного отдела ОГПУ И. Ф. Решетова, направленной 3 апреля в Отдел научных учреждений Совнаркома СССР, говорилось: «Костицын Владимир Александрович – проф. 1 МГУ, бывший большевик, участник Пресненского восстания в 1905 г., после которого эмигрировал. В 1916 г. возвратился в Россию по “патриотическим побуждениям” для отбывания военной службы. В период особенно острой борьбы за советизацию ВУЗов был одним из активнейших участников профессорских забастовок и контрреволюционного движения среди профессуры. Один из главных руководителей февральской забастовки в 1922 г. В 1922 г. предполагалась высылка проф. Костицына за границу. С 1923 г. утратил политическую активность, прекратив всякие выступления в ВУЗах. С 1925 г. стал заметно эволюционировать влево и в настоящее время считается если не левым, то, во всяком случае, вполне лояльным по отношению к Советской власти профессором. Один из крупнейших математиков».[49]