Караитско-монгольский союз оказался сильнее своих противников: в 1202 году Чингис разгромил татар, Ван-хан победил меркитов, а затем союзники общими силами нанесли удар по найманам. Во время этого похода Ван-хан попал в окружение: Чингис выручил его из беды, но, шантажируя своего былого благодетеля, заставил того в награду за помощь "усыновить" его и объявить своим наследником. Ван-хан вынужден был принять это условие.
Однако родной сын Ван-хана Нилха (Илия) не желал смириться с тем, что престол караитского ханства переходит к какому-то чужаку. Через год Нилха поднял восстание против воцарения Чингисхана. Вероятно, поднимаясь против язычника - "моала", караиты руководствовались и религиозными лозунгами; в "Сокровенном сказании монголов" одному из сторонников Нилхи приписаны слова: "Все мы моления и курения приносим, Абай-Бабай ("Авва Отче") твердим, вознося молитвы". Ван-хан, поколебавшись, примкнул к родному сыну. Чингисхан восстание подавил, и Илия-Нилха, и Ван-хан были убиты.
Два несторианских ханства, кераиты и найманы соперничали за право возглавления степных народов. В итоге выиграла третья сила. Во главе объединенной Великой Степи оказались язычники-монголы Чингисхана.
В степной междоусобице побежденные не унижались и не порабощались, а присоединялись к победителям. Добровольно признала над собой власть Чингиса богатая Уйгурия, финансировавшая его походы. Мощный монголо-тюркский союз во главе с Чингисханом выступил против общего врага: китайских агрессоров. Началось падение империи Цзинь; в 1215 году монголы взяли Пекин. Окончательное покорение ими Китая было отсрочено только потому, что Чингисхан повернул свои войска на запад, желая предварительно подчинить себе всю Центральную Азию.
В Семиречье слабело государство кара-киданей, уже утратившее свои владения в Маверроунахре, - там власть захватил Хорезм. После победы Чингисхана над Найманским ханством к кара-киданям бежал наследный принц найманов, царевич Кучлук (Георгий). Кара-киданьский гурхан Чжулху (также Георгий, в несколько ином произношении) принял беглеца с почестями и выдал за него свою дочь. Ведь кара-кидани и найманы принадлежали к одному народу - киданям, разделившимся лишь по религиозным и политическим причинам. Но Кучлук оказался человеком неблагодарным, темным авантюристом. Вскоре он устроил заговор, лишил престола своего тестя-гурхана и провозгласил себя главой государства.
Отплатив злом за сделанное ему добро, Кучлук затем изменил и своей вере. Влюбившись в местную красавицу шаманку, он прогнал от себя законную жену, дочь низложенного гурхана, и вступил в новый "брак". До того Кучлук, как все найманы, придерживался несторианства, но жена-шаманка вовлекла его в какой-то демонический культ. Вместе с женой он начал заниматься магическими опытами: по мнению найманов, "Кучлук обладал такой властью над дивами и пэри, что выдаивал их молоко и изготовлял из него кумыс". Сирийский автор Бар Гебрей пишет о нем: "Он покинул веру отцов и стал поклоняться странным богам". Правитель-вероотступник и бесопоклонник вызывал возмущение своих подданных-несториан. Кучлук, враждовавший с мусульманами Маверроунахра в своих владениях объявил Ислам вне закона и начал гонения на мусульман семиреченских. Ненависть народа к самозванному гурхану стала почти всеобщей.
К этому времени хорезмшах Алаэддин Мухаммед II, опираясь на гузскую (туркменскую) гвардию, подчинил себе весь Маверроунахр, Маргиану, Западный Иран, Афганистан, начал претендовать на главенство во всей мусульманской Азии. Чтобы приобрести популярность, хорезмшах объявил себя "опорой Ислама" и вел свои войны под религиозными лозунгами, - однако тот же Мухаммед II затеял вражду с духовным главой мусульман, халифом Насиром. По поручению халифа несторианский католикос, считая Кучлука своим единоверцем, снарядил к нему посольство с просьбой выступить против Мухаммеда II. Кучлук, уже отступивший от несторианства, послов не принял. Однако и без просьб халифа и католикоса война между гурханом и хорезмшахом сделалась неизбежной. Оба правителя претендовали на Маверроунахр, прежде бывший данником гурхана, а затем покоренный хорезмшахом. Оба правителя были нелюбимы своими подданными, оба желали закрепить свою власть военными победами.
Несмотря на декларируемую Мухаммедом II приверженность к Исламу, установленный им режим военной диктатуры был для мусульман Туркменистана и Мавераннахра очень тягостен. Хорезмийские наместники позволяли себе всяческие насилия по отношению к мирному населению. В ответ вспыхивали восстания. Ожесточение доходило до того, что изрубленные на куски тела хорезмийских чиновников повстанцы выставляли на всеобщее обозрение.
В самом Хорезме, уже подорванном политическими потрясениями во времена манихейско-иудейского заговора, милитаризация жизни при Мухаммеде II отозвалась огрублением и одичанием нравов. В 1335 году побывавший здесь латинский монах Паскаль хотя и отмечал почитание могилы святого Патриарха Иова в Гургандже, но называл всех вообще хорезмийцев "людьми без религии".
Мухаммеду II удалось одержать победу над кара-киданями, но в Семиречье он не пошел, ограничившись утверждением своего владычества над Маверроунахром. Кучлук же продолжил гонения на семиреченских мусульман, прибегнув к "вывернутому наизнанку" приему арабов: он размещал в мусульманских домах воинов-язычников, которые не позволяли мусульманам совершать намаз.
Весть о том, что какой-то правитель на Востоке воюет с мусульманами, достигла Европы и дала пищу разрастанию слухов о "папе Иоанне". Теперь уже Кучлука, этого вероотступника, объявили "царем-первосвященником Иоанном", а в придачу ещё и "царем Давидом". В западных хрониках писали: "Во всем христианском мире ходили слухи, что индийский царь Давид, называемый священником Иоанном, приближается с большим войском, покорил Персию, Медию (имелся в виду Маверроунахр) и много других сарацинских земель и известил халифа Багдадского Балдаха (?), верховного папу сарацин, что хочет идти войной на него и на все язычество (?), если тот не перейдет в христианскую веру. А христианскому войску в стране Иерусалимской (то есть папским "крестоносцам") он обещал прийти на помощь".
Однако подданные Кучлука гораздо лучше, чем легковерные европейцы, знали, что на самом деле представляет из себя их правитель. При первом же известии о приближении монголов и несториане, и мусульмане Семиречья восстали против своего гурхана. Кучлук бежал на Памир, там был настигнут монгольским отрядом и убит. Семиречье приветствовало монголов, как освободителей. Армия кара-киданей влилась в войска Чингисхана. Завоевание прошло совершенно мирно, ни один город Семиречья не пострадал. Монголы вообще никогда не совершали насилий в краях, подчинившихся им без сопротивления.
Иначе развивались события во владениях Хорезма. Чингисхан поначалу вовсе не собирался воевать с Мухаммедом II; между монголами и хорезмийцами завязались мирные торговые отношения. Надменный хорезмшах сам спровоцировал монгольское нашествие, - сначала одобрил разграбление монгольского купеческого каравана, а затем казнил послов, прибывших для разъяснения случившегося. Убийство послов, по законам монгольской "Великой Ясы", считалось самым страшным преступлением, - город, где произошло такое, должен был быть стерт с лица земли. Чингисхан бросил все имевшиеся у него силы в карательную экспедицию на владения хорезмшаха.
Народы, становившиеся жертвой монгольского нашествия, вряд ли понимали, какого рода сила на них обрушивается и по каким правилам действует эта сила. Орда Чингисхана щадила только тех, кто сдавался на милость победителей: покорившихся присоединяли к себе, и так увеличивали ордынское могущество. Но с оказавшими сопротивление расправлялись беспощадно. Приверженец "черной веры", Чингисхан сделал девизом своих походов свирепое заявление: "Милосердие не приносит ничего, кроме вреда". В отношении нарушителей "Ясы" (ничего о "Ясе" не ведавших) монголы применяли тот самый жуткий способ ведения войны, который прежде пытался применить к ним Китай: "заклание", геноцид.