Около 441 года Евдокия была заподозрена мужем в любовной связи с Павлином, другом детства Феодосия II. Павлина сослали в Каппадокию, где в 444 году его казнили.

После этих событий Евдокия упросила царя отпустить её в Иерусалим для молитвы. Феодосий легко согласился на это, так как уже не чувствовал к Евдокии ничего, кроме ненависти, подозрительности и злобы, разжигаемыми его свитой.

После того, как Евдокия удалилась в Иерусалим, Пульхерия попыталась захватить всю её собственность. Согласно хронисту VII века Иоанну из Никну стороннику монофизитов, Пульхерия подготовила указ о переходе дворца и прочего имущества императрицы в её собственное владение. Когда Феодосий собрался подписать документ, он заметил дополнение: «Императрица Евдокия становится моей [Пульхерии] рабыней». Разгневанный император отослал сестру и перестал следовать её желаниям.

В 443 году Евдокия переехала в Иерусалим. Первое время она жила в нём как императрица, окружённая свитой, где выделялись священник Север и диакон Иоанн, которых она привезла вместе с собой из Константинополя. Правитель Иерусалима Сатурнин донёс об этом Феодосию и тот, всё ещё подозревая в гневе Евдокию в супружеской неверности, «дал повеление отрубить им головы». Евдокия отомстила доносчику за эту обиду, Сатурнин пал от рук убийц, возможно подкупленных или просто направляемых опальной императрицей.

После этого в жизни Евдокии начался новый период: Феодосий отозвал из Иерусалима всех составляющих её свиту императорских чиновников и, таким образом, лишил её преимуществ императорского звания. Она начала жить как частное лицо, но благодаря оставшимся у неё богатствам прославилась как щедрая благотворительница и устроительница церквей, монастырей и больниц. Рядом с базиликой Гроба Господня был построен великолепный дворец для иерусалимских епископов, она восстановила разрушенные более столетия назад стены Иерусалима, считая, что именно к ней относятся строки 50-го псалма: «Ублажи, Господи, благоволением (по гречески – Евдокия) Твоим, Сион, и пусть воздвигнутся стены Иерусалимские». Бурная строительная деятельность Евдокии была схожа с деятельностью императрицы Елены, в результате чего в легендах произошло их отождествление. Так коптское предание об обретении Животворящего Креста приписывает его находку Евдокии.

Христианство, став государственной религией Римской империи, в V веке ещё только формировало свою идеологию, разделяясь периодически на разные течения в попытках трактовать сущность Бога. Общепризнанные теологические взгляды, часто при поддержке власти, канонизировались на соборах, а отклоняющиеся от господствующей линии объявлялись ересями. Хотя ереси преследовались (но без истребления десятков тысяч отступников, как в более поздние века), в целом императорская власть относилась терпимо к инакомыслию, и особенно авторы этой эпохи хвалили за это императора Феодосия II.

Евдокия окружила себя в Иерусалиме аскетами и монахами, начала интересоваться вопросами христианского богословия, симпатизировать монофизитам и их лидеру Диоскору Александрийскому, одержавшему на Эфесском разбойничьем соборе в 449 году победу над православной партией. В 451 году учение монофизитов было осуждено Халкидонским собором, но Евдокия всё равно оставалась ему верна. Согласно Хронографии Феофана «монах Феодосий, муж погибельный, тотчас после Халкидонского собора отправился в Иерусалим, и узнавши, что царица Евдокия расположена к Диоскору низложенному собором, начал громко кричать против собора, обвиняя его в ниспровержении православной веры, чем привлёк на свою сторону царицу и монахов». То, что Евдокия так легко приняла проповедь Феодосия против Халкидонского собора, исследователи объясняют тем, что она считала этот собор – собором Пульхерии и поэтому была против него. В результате к моменту возвращения иерусалимского патриарха Ювеналия (на Эфесском соборе он поддержал Диоскора, а на Халкидонском отрёкся от монофизитов, был оправдан и возвращён на иерусалимскую кафедру) в городе был подготовлен бунт.

Не теряя времени, Евдокия наняла войско, вооружила монахов, поставила стражу на возведённые ею Иерусалимские стены и, когда Ювеналий, гордясь достигнутым званием патриарха, вступил в Иерусалим, его окружила толпа, настойчиво требовавшая, чтобы он проклял собор и отказался от своей подписи. Патриарх не согласился, и тогда мятежная толпа рассеялась по городу, отворила двери тюрьмы, предала избиению приверженцев Ювеналия и наконец ринулась в базилику гробницы Господней, где провозгласила Феодосия Иерусалимским патриархом.

Феодосий стал рукополагать новых епископов, пользуясь поддержкой палестинского монашества. Византийский император Маркиан направил в Палестину войска, которые 16 января 452 года взяли в осаду церковь Гефсимании, куда на праздник собрались отступники. В 453 году после 20 месяцев отсутствия патриарх Ювеналий вернулся на свою кафедру. Феодосий бежал в Синайский монастырь, а Евдокия, невзирая на увещевания дочери Евдоксии, зятя Валентиниана и папы римского Льва Великого, оставалась сторонницей монофизитов. Евдокия раскаялась в своей поддержке учения монофизитов после жизненных неприятностей, которые она посчитала Божьей карой: её зять римский император Валентиниан был убит заговорщиками, а её дочь насильно взял в жены организатор заговора. Вандалы в 455 году разграбили Рим и увели дочь Евдоксию и внучек Евдокии в плен.

Евдокия отправила посланника в Антиохию к Симеону Столпнику спросить, чем ей умилостивить этот «небесный гнев». Симеон ответил: «Я же весьма удивляюсь тому, что, имея источник вблизи, пренебрегаешь им, и тщилась почерпнуть той же воды издалёка: ты имеешь там богоносного Евфимия, следуй его учению, – и спасёшься». Евдокия обратилась к проживавшему в Палестинской пустыне Евфимию Великому, известному подвижнику своего времени. Он «утешил Евдокию, убедил её в её заблуждениях и возвратил к православию». По примеру Евдокии многие из палестинских сторонников монофизитов примирились с патриархом Ювеналием.

Во искупление вины за длительную поддержку ереси Евдокия построила на месте смерти первомученика Стефана базилику в его честь – более обширную и богатую, чем храм Гроба Господня. Рядом с ней она подготовила себе гробницу.

Скончалась Евдокия 20 октября 460 года, пережив своего мужа Феодосия († 450 г.) и соперницу в борьбе за влияние на императора Пульхерию († 453 г.). По свидетельству хронистов, «умирая же, она исповедовалась, что не сознается о наговорах <против себя> о Павлине». Её погребение совершил иерусалимский патриарх Анастасий при участии Евфимия Великого и монахов его лавры.

Позднее рядом с императрицей Евдокией была погребена её внучка, бежавшая от вандалов и носившая тоже имя Евдокия. Их гробницы были разрушены вместе с базиликой святого Стефана при нашествии персов в 614 году.

Точная дата канонизации Евдокии, как и её супруга, неизвестна. Икона X века с изображением императрицы свидетельствует о том, что к этому времени её уже почитали святой. Евдокия является местночтимой святой Константинопольской церкви и относится к числу святых, чьи имена взяты из синаксаря греческих богослужебных миней.

Жизнь Евдокии не осталась незамеченной в искусстве.

Итальянский композитор Вивальди написал в 1728 году оперу «Афинаида» («L'Atenaide») по мотивам жизни императрицы Евдокии.

Франческо Арайи написал оперу по либретто Джузеппе Бонекки «Венчанная Евдокия, или Феодосий II», поставлена в 1751 году в Санкт-Петербурге.

Брэдшоу, Джиллиан. Роман о ткачихе и её семье, соприкоснувшейся с заговором, приведшим к опале императрицы Евдокии (на русский язык не переведён).

Малер, Элен А. Роман о жизни императрицы Евдокии-Афинаиды (на русский язык не переведён).

Ефимов, Игорь. Невеста Императора (другое название Пелагий Британец; журнальный вариант: Не мир, но меч. Хроника времён заката).

Александрова, Татьяна. Евдокия Августа. Исторический роман. – М.: Изд-во Олега Пахмутова, 2016.

Родилась Феодора в 501 году на Кипре в семье простолюдина, оттуда семья перебралась в Константинополь, где отец Феодоры получил место сторожа при зверинце на ипподроме. Около 511 года отец умер, и семья осталась совершенно без средств. Вдова сошлась с помощником сторожа в надежде, что ему дадут должность умершего мужа, что со временем и произошло, а малолетние дочери начали выступать в цирке.