Он глубоко печалился от этого, но утешался тем, что люди, которые его знали и были едины в общем деле служения Церкви, его горячо любили. Принимая в августе 1912 года по завершении пастырско–миссионерских курсов в дар Албазинскую икону Божией Матери, он сказал: «Святыня эта будет знаком нашего духовного с вами общения. Ведомо вам и то, что мне приходится идти часто над зияющей бездной ненависти человеческой. Страшно заглядывать в нее, и нередко сердце сжимается от боли и естественных страхований. В эти минуты ваш святой дар будет у меня перед глазами — укреплением и утешением. Он мне будет говорить о том, что на пути моем встречал я не одних врагов, но встречал и друзей, не одну ненависть, но и любовь».
Указом Святейшего Синода от 16 февраля 1908 года отец Иоанн Восторгов был назначен членом Особого Совещания при Святейшем Синоде о миссионерском деле для разработки мер к наилучшему устроению внутренней и внешней миссий и к оживлению их деятельности.
1909 год прошел для отца Иоанна, как и предшествующий, в напряженных делах и многотрудных поездках. Митрополит Московский Владимир утверждает его 4 января в звании Товарища Председателя Братства Воскресения Христова в Москве.
В конце 1909 года Государь Николай Александрович поручает ему совершить поездку по восьми переселенческим епархиям (включая Владивостокскую) для определения порядка открытия в них новых приходов и школ, построения церквей и школьных зданий. Святейший Синод сделал эту поездку еще более насыщенной, поручив отцу Иоанну: 1) обозрение состояния и дел Пекинской духовной миссии в Китае; 2) рассмотрение на месте вопроса о епархиальном управлении церквами Северной Манчжурии в связи с возникшими разногласиями между Пекинским и Владивостокским епархиальными начальствами; 3) обозрение духовных семинарий, духовных мужских и женских епархиальных училищ в восьми епархиях Зауралья. Кроме того, Совет Православного Миссионерского общества поручил ему ознакомиться с состоянием миссионерского дела в Японии и Корее с обозрением местных миссионерских учреждений.
В течение многих месяцев он совершал путешествие по обширным просторам Сибири, Китая, Кореи, Манчжурии и Японии. Исполнение такого множества поручений было под силу лишь недюжинному по своим духовным и физическим силам человеку. Дневниковые записи, сделанные отцом Иоанном в этой поездке, свидетельствуют о его высоком чувстве долга и самоотверженности ради блага святой Церкви и своего отечества. К примеру, такая запись: «Проехал Китай и Японию, посетил Сеул, Чемульно, а оттуда прорезал всю Корею к северу с большими неудобствами и лишениями через реку Ялу и горы Манчжурии, мимо знаменитого Тюринчена. Посетил всюду могилы русских воинов, совершил везде панихиды».
Понаблюдав за жизнью переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке и очень хорошо поняв их духовные нужды, отец Иоанн пришел к мысли организовать в Москве пастырско–миссионерские курсы по подготовке священников и учителей для создаваемых в переселенческих районах приходов и школ. Он издал пособие «Народно–Миссионерские и Катехизаторские курсы» с подробными программами занятий, с указанием учебников и руководящими статьями по этому вопросу.
Московские курсы, проходившие с 15 октября 1909 по 15 февраля 1910 года, менее всего походили на просветительский лекторий. Они оживотворялись участием слушателей в пастырской практике: слушатели четыре раза в неделю посещали богослужения, произносили проповеди, вели в различных местах Москвы миссионерские беседы с сектантами и раскольниками, проводили совместные собрания с церковнопросветительскими обществами (Миссионерским обществом, Православным Палестинским обществом, Братством Петра–митрополита и др.), совершали паломнические поездки в Тоице–Сергиеву Лавру, в Ново–Иерусалимский монастырь и др. Работа курсов оказалась успешной: 105 слушателей было рукоположено для переселенческих приходов в Сибири и на Дальнем Востоке.
«Этот человек незаурядного ума и огромной энергии, — писал об отце Иоанне протопресвитер Михаил Польский, — отлично справился с этой трудной задачей, избирая в священники способных псаломщиков и сельских учителей и подготовляя их на специальных курсах. Особенно поразительны были результаты обучения проповедничеству. В год по его методе ученики совершенно овладевали церковным ораторским искусством. Коллективно разработанные его учениками проповеди печатались и раздавались после произнесения их по церквам». Сам отец Иоанн писал: «Я могу сказать собратьям — пастырям одно: попробуйте только раз завести народно–катехизические или народно–миссионерские курсы, возьмите хоть несколько человек для обучения, проведите чрез 4—6 месяцев правильного обучения — ручаюсь, что потом от этого святого дела и радостного труда сами уже не отойдете. Вы увидите преданных прихожан, отличных и осведомленных сотрудников по миссии, воистину чад духовных, любовью преданных Церкви и пастырю. Вкусите и видите, прииди и виждь — вот единственно путь к тому, чтобы убедиться в пользе курсов. Надо собирать чад Церкви, скреплять их, единить пасомых, вооружать духовным оружием, и тогда мы будем пастырями, а не требоисполнителями, не формальными лекторами–проповедниками с церковной кафедры, а будем стоять в центре живого дела, окруженные живыми людьми, близкими нам, верующими и ревностными, — и тогда посрамится всякое сектантство. Тогда будет успешна борьба с тем, что, может быть, опаснее открытого сектантства: с сектантствующим настроением, с сомнениями и недоумениями, которые часто долго живут среди членов Церкви, постепенно охлаждая их преданность православию».
Отец Иоанн широко создавал народно–миссионерские курсы на уровне приходов. «Такие курсы теперь ведутся во многих местах Москвы… и имеют до 8 тысяч слушателей, которые объединяются в «Братстве Воскресения», имеют свою газету «Церковность», — писал он.
В 1910 году отец Иоанн предпринял еще одну поездку для изучения духовных нужд переселенцев. На этот раз он объехал Туркестан от персидской границы до северных пределов Сырдарьинской области, посетил Семиреченскую и Семипалатинскую области. В этом же году он участвовал в работе Общесибирского Миссионерского съезда, проходившего в Иркутске с 24 июля по 5 августа 1910 года. Общим собранием съезда отец Иоанн был избран Товарищем Председателя.
К мысли о проведении такого съезда отец Иоанн пришел еще в 1908 году во время поездки по Сибири в качестве синодального проповедника–миссионера. Предложение это было поддержано Иркутским епархиальным начальством и одобрено Святейшим Синодом.
Отцу Иоанну было поручено сделать при открытии съезда доклад, в котором он, в частности, сказал: «Собрались здесь миссионеры под небесным благодатным покровом у раки святого миссионера святителя Иннокентия, жизнь которого, от земных утеснений и скорбей до небесной славы, есть как бы символ пути всякого миссионерского делания… Здесь пройдут пред нами, как ободрение и живое поучение миссионерам, величавые образы двух современных апостолов: одного — архиепископа Николая, полстолетия подвизавшегося в Японии и создавшего там из ничего Церковь из язычников, его представитель здесь — преосвященный Киотский Сергий; другой, среди нас находящийся, апостол Алтая архиепископ Макарий. Каждый из них полстолетия горит на свещнице Церкви, каждый перейдет в историю, каждый примером своей жизни и деятельности показывает нам, как много может сделать ревность, молитва и благочестие в святом апостольском деле».
По возвращении в Москву неутомимый синодальный миссионер участвует в организации Высших Богословских женских курсов в Москве. Митрополит Владимир назначает его 5 октября 1910 года руководителем курсов. Через два дня он возлагает на отца Иоанна еще одну обязанность — Председателя Совета по управлению Московским епархиальным домом.
С 15 ноября по 15 декабря 1910 года отец Иоанн руководит первыми Московскими епархиальными миссионерскими курсами. В январе 1911 года по благословению Святейшего Синода отец Иоанн посетил Рим и город Бари, где приобрел земельный участок для строительства православного храма и странноприимного дома для паломников, приезжающих из России поклониться мощам святителя и чудотворца Николая. В августе 1911 года с соизволения Государя Николая Александровича он становится членом комитета по строительству в городе Бари храма и странноприимного дома.
