13 июля 1926 года владыку вызвали на Лубянку. В полдень он вернулся на Влахернское подворье и сказал: «Требуют выезда из Москвы. Предложили Новгород, я попросил Дивеев. Получил назначение выехать на шесть месяцев в Дивеев или Саров. Сказали:«Будем организовывать Синод, а вы помешаете»».
Приехали в Дивеево в канун дня преподобного Сергия, 17 июля 1926 года. В течение долгого времени Дивеевская игумения Александра не разрешала ссыльному владыке служить в храме. После его упорных просьб наконец согласилась — очистили подвальный храм во имя иконы Божией Матери «Утоли моя печали» под Тихвинской церковью. Здесь епископ Серафим стал служить раннюю литургию. Обычно он старался успеть закончить ее прежде, чем начнется служба наверху, для чего начинал литургию в четыре часа утра. После литургии шел на «канавку», обходя ее по завету преподобного Серафима, читая полтораста «Богородице Дево, радуйся». Заходил в келейку преподобного Серафима, перевезенную в Дивеево из ближней пустыньки в Саровском лесу. Потом молился у алтаря Преображенской церкви.
1 августа 1926 года, в день прославления преподобного Серафима, епископ Серафим вместе с епископом Зиновием ездил на праздник в Саров. Народу было множество. При выносе мощей злоумышленники пытались опрокинуть гроб преподобного, но Господь не допустил. В день Успения Пресвятой Богородицы, на престольный праздник, владыка вновь, уже один, молился в Сарове. Это было последнее торжество в Сарове и последнее архиерейское служение епископа Серафима. Когда он вернулся в Дивеево, приехал представитель нижегородского НКВД и объявил: в Дивееве служение разрешается, в Саров въезд запрещен.
Эту зиму епископ Серафим жил в комнатах Елены Ивановны Мотовиловой, в корпусе за «канавкой». 14 февраля 1927 года, после всенощной под Сретение, которую совершали дома в келии, он вдруг бросился к окну, к одному, к другому, с молитвенными восклицаниями: «Пречистая Дева Богородица идет по канавке. Не могу зреть пречудной Ее красоты и неизреченной милости!»
Бывало, владыка делился своими скорбями с блаженной Марией Ивановной. Сетовал, что брат Михаил все собирается принять священство, но это ему не удается. «Так дьячком и помрет», — заметила блаженная. Беспокоило владыку и то, что нет у них с игуменией Александрой надлежащего духовного общения. «На одной лошади из Дивеева вывезут», — ответила блаженная Мария Ивановна.
В Дивееве стал владыка свидетелем того, как из Сарова 30 марта 1927 года увезли мощи преподобного Серафима.
Осенью 1927 года приехали представители власти и объявили о закрытии Дивеевской обители. Пришли к владыке. «Куда хотите выехать?» — спрашивали. «На место своего служения — в Дмитров. И больше никуда». Незваные гости зачастили. Святыни пришлось убрать, поделили частички от келии, от лычка, от вещей преподобного. Мать игумения дала епископу часть мощей от главы преподобного Серафима.
Рождество Пресвятой Богородицы, престольный праздник обители, прошел благополучно. В ночь под 22 сентября были арестованы епископы Серафим и Зиновий, игумения Александра, старшие сестры и духовенство. Владыка выехал из Дивеева в одном с игуменией тарантасе, за кучера — владыка Зиновий и милиционер. Всех заключили в Арзамасскую тюрьму.
26 сентября, вечером под Воздвижение, когда во всех храмах выносили Животворящий Крест Христов для поклонения, заключенных этапом отправили в Нижний Новгород. Вскоре из Нижегородской тюрьмы пришли известия, что у владыки Серафима опять начались приступы каменной болезни. 8 октября 1927 года епископов Серафима и Зиновия, игумению Александру освободили, но 17 октября 1927 года епископов неожиданно вызвали в Москву. В Москве они искали пристанища, и владыка сказал: «Легче упокоиться навеки, чем так скитаться». На другой день отправились в главное управление ОГПУ. Их пригласил Тучков, принял вежливо. Предложил:
— Кого будем вам посылать для посвящения — посвящайте. Вот Вы, епископ Зиновий, и Вы, епископ Серафим, поезжайте, управляйте епархиями. Побывайте у митрополита Сергия, приходите, договоримся и поедете.
— Я морально не могу, — отвечал владыка Зиновий.
— Я монах, при посвящении во епископы давал обет управлять по каноническим правилам, — сказал епископ Серафим.
— Тогда в 24 часа выезжайте из Москвы подальше.
— Я — в Муром, — решил епископ Зиновий.
— А я — в Меленки, — сказал владыка Серафим.
— Ну что же, езжайте, только живите тихо, — предостерег Тучков.
Епископ Серафим подал митрополиту Сергию прошение об увольнении за штат. Такое же прошение подал и епископ Зиновий.
В город Меленки Владимирской губернии перебрались к концу октября. Дмитровцы, узнав новое местопребывание епископа, навестили его. Приезжало духовенство, дмитровское и московское, монашествующие и миряне. Извозчики, выезжая за архиерейскими гостями, сами указывали его место жительства. Шли пешком странники, богомольцы к владыке Серафиму, и «никтоже тощ и неутешен от него отыде». Владыке говорили, что начальству не нравятся частые посетители, как бы не забрали. «Пусть поездят, все равно ведь заберут», — отвечал владыка. На первой неделе поста он просил никого не приезжать. Уединялся в келии, с домашними до пятницы не говорил, ничего не вкушал, даже Святые Тайны не запивал теплотой. Ночью ежедневно в два часа служил полунощницу. Иногда случалось так: среди ночи, когда он читал правило, дверь келии отворялась от ветра. Послушницы подходили, полагая, что он отворил дверь сам, приглашая войти. Заглянув в нее, видели владыку, в молитве лежащим ниц на полу, повергшегося перед иконами, крестообразно раскинув руки…
Размеренно текла жизнь в Меленках около пяти лет. Все пять лет владыка за ворота не выходил.
В декабре 1931 года нагрянули с обыском сотрудники ОГПУ. Дочь хозяйки дома, где жил владыка, Марию Лаврентьевну в полночь увезли в Иваново, и вернулась она лишь через два месяца. В разговорах она намекала, что всех ждет тюрьма.
Наступила Лазарева суббота. После всенощной, когда ужинали, раздался стук и вошли трое. Во время придирчивого обыска взяли паспорта, а ранним утром 11 апреля, в Вербное воскресенье 1932 года, послушниц повели в ОГПУ. Бледный от болезни владыка просил следователя, когда уводили послушниц: «Не обижайте их, и вас Господь помилует. Не забудьте моей о них к вам просьбы, а я вас не забуду». Из раскрытого окна он благословил арестованных девушек.
«Не надейтесь на своего Бога, — говорили тюремщики. — Он вас не освободит, из наших рук никто не освободит вас». Но… из Москвы пришло распоряжение об освобождении.
После ареста послушниц епископа Серафима оставили под домашним арестом. В тюрьму его взяли 23 апреля во время приступа желчной болезни. 25 апреля владыку отконвоировали в Москву на Лубянку и поместили во внутреннем изоляторе, где уже находился епископ Арсений (Жадановский); его вскоре отпустили, а епископ Серафим остался в заключении. В июне с Лубянки перевели в Бутырскую тюрьму, и 7 июля 1932 года был вынесен приговор — три года ссылки в Казахстан.
В Алма–Ату владыка с послушницами прибыли 1 августа и поселились на терраске в чуланчике. Разреженность воздуха действовала на сердце, вызывая тяжелые приступы. Чуть ли не каждые два дня бегали за врачом: казалось, владыка умирает… На террасе осенью стало холодно: начались нарывы, ревматизм, зубная боль, малярия… Отец хозяйки собирал милостыню. Вернувшись домой, доставал лучшие куски и прянички из мешочка, делился с владыкой. Епископ брал и благодарил: «Спасибо, дедушка». — «Богу Святому спасибо, а не мне». 10 ноября 1932 года владыку вызвали в ОГПУ и приказали отправиться в город Гурьев.
Зима в Гурьеве прошла в скудости и нищете. Анна рисовала и вышивала, кормились, продавая ее изделия, но на праздник иконы Божией Матери «Живоносный Источник» вдруг посетила ссыльных милость Божия — телега посылок с крупой и сухарями.
17 июля 1933 года, во время совершения литургии, явился представитель ОГПУ — владыку перевели в Уральск.
1 августа, в день памяти преподобного Серафима, началась в Уральске новая жизнь в маленькой хатке. Здесь устроили келиюцерковь, снова стали постоянно служить, но вскоре владыка заболел малярией. Страшные приступы повторялись ежедневно, хина не помогала. Он терял сознание и приходил в себя лишь через несколько часов. Врач каждый раз предупреждал о возможности смертельного исхода в ближайшую ночь. Исцеление пришло неожиданно в день празднования памяти святого Иоанна Тобольского. С 23 июня, после двух месяцев болезни, приступы прекратились. По совету врача подали прошение переменить место ссылки, но ответа не последовало.
