В 1925 году священноначалие направило отца Николая настоятелем в храм Святой и Живоначальной Троицы в Кожевниках в Москве, и он был возведен в сан протоиерея. Храм был выстроен в 1689 году и носил на себе следы древнего величия и щедрой благотворительности благочестивых купеческих семейств. Но в начале ХХ столетия прежнее величие храма стало быстро угасать, что было связано со строительством заводов в этом районе, — со всех сторон он оказался окруженным фабричными и заводскими постройками. Резко уменьшилось число прихожан, и в храме стал ощущаться недостаток средств, так что назначавшиеся сюда священники старались как можно быстрее перейти на другой приход, смотря на это место как на беспокойное и ненадежное. Разруха резко увеличилась после безбожной революции, и дело кончилось тем, что в 1925 году храм был закрыт. Две недели храм простоял без богослужений, когда в него был назначен отец Николай. Священник начал с того, что создал вокруг этого храма живой приход.
Понимая, что поддержание благолепия храма — это дело самих прихожан, он обратился к ним с воззванием, в котором писал: «Пусть придет на помощь… общехристианское безграничновеликое милосердие. Помогите на ремонт храма. Гибель святыни — есть гибель чести нашей славной и благочестивой веры».
Отец Николай часто служил и за всеми богослужениями проповедовал; он устраивал богословские беседы, приглашая на них известных и авторитетных профессоров. Беседы проводились в воскресенье вечером и стали подлинным духовным утешением и приобретением для прихожан в оскудевшее духовными сокровищами, проникнутое духом злобы время. В храм по просьбе отца Николая приносились из других храмов для сугубых молений чудотворные иконы Богоматери и святого мученика и чудотворца Трифона. Из числа прихожан было создано общество постоянных жертвователей на ремонт и благоукрашение храма: они жертвовали по двадцать рублей на содержание храма четыре раза в год, и им выдавался билет, в котором значилось, что они имеют нравственное право участвовать во всех церковных делах прихода, и напоминалось, что «храм существует только жертвами прихожан».
Было заведено как добрый порядок, чтобы настоятель храма ежегодно отчитывался перед собранием прихожан о сделанном в приходе и потраченных средствах. В третий год своего настоятельства отец Николай, обращаясь к прихожанам на приходском собрании, сказал: «Дорогие и любезные друзья мои, третий год вернул нас назад к первому году нашей работы, то есть приход средств в храм выразился в сумме около 10 500 рублей, когда второй, предпоследний год дал 12 500 рублей. Причины уменьшения приходной суммы в нашем храме — осмеливаюсь указать — следующие:…стесненность в средствах у всех. Те многоразличные слухи и толки, которые усиленно распространялись в приходе некоторыми известными вам лицами, желавшими лишить меня вашего священного и любезного доверия. Говорилось, что я на церковные средства посещаю курорты, говорилось, что я безрассудно трачу средства на торжественные богослужения, на устройство бесед, на длительные богослужения и даже — на ремонт и украшение храма. Враждебность против нашей любви к храму доходила до того, что отчет за прошлый год стал в подробностях известен гражданским учреждениям, хотя он был составлен только для приходской среды. Мне приходилось доказывать, что мы насильно руководимся расходом, а не приходом средств, и разными усиленными способами дотягиваем приход до расхода. Мы просим, умоляем всех о помощи, занимаем, нуждаемся всегда в средствах и всегда год оканчиваем с долгом и в самых тяжелых материальных условиях. Вся эта враждебность, противодействие и безразличие к храму досужих и бесполезных прихожан имели плохие последствия на поступление средств в храм.
Создалось пагубное мнение, что я один что‑то могу сделать без вашей помощи. Напуганные запустением родного и близкого храма вы лучше мне помогали в первые годы, чем потом. Помните, что запустение отдалено нашими совместными усилиями, но оно не уничтожено и может вновь наступить, если вы меня одного оставите.
Многие оставляли храм и возвращались, но всегда с храмом было Милосердие Божие. Наш храм порой из приходского обращался в беспризорного, ищущего общехристианского милосердия, но Всемогущая Рука Божия провела нашу жизнь с честью и через третий год. Я выматывал жилы своими просьбами о помощи храму, по словам соседнего священника, а Бог родил жалость в сердце человеческом к этому дивному храму. И мы чудом, не видимою, но явно осязаемою помощью Божественною в этом году сделали ремонт храма, сшили два облачения, черное и белое, поправили три Евангелия, приобрели сосуд, крестильный ящик, ризу на икону Богоматери, две иконы преподобного Серафима. Я говорю это, чтобы вы воздали славу Богу, дивно действующему через нас, недостойных и немощных, во святом этом храме молящихся».
Затем, поблагодарив некоторых из прихожан поименно за оказанную помощь, отец Николай сказал: «Не смею вам указывать и предлагать, что нужно сделать в четвертом году нашей работы и пребывания в этом храме. Я глубоко верю, что ваше сердце не изменит и в этом году храму Святой и Животворящей Троицы, дающей попущение бедности, заброшенности, оставленности, но по вере и дивно помогающей во всем».
К престольным праздникам и к памятным дням отец Николай отправлял поздравительные открытки прихожанам, которые иногда сопровождал наиболее созвучными его сердцу стихами русских поэтов; одной из прихожанок, например, он отправил в поздравление стихи Хомякова:
«Подвиг есть и в сраженье,
Подвиг есть и в борьбе,
Высший подвиг — в терпенье, любви и мольбе.
Если сердце заныло перед злобой людской
Иль насилье хватило тебя цепью стальной,
Если скорби земные жалом в душу впились, —
С верой бодрой и смелой ты за подвиг берись.
Есть у подвига крылья,
И взлетишь ты на них,
Без труда, без усилья
Выше мраков земных,
Выше крыши темницы,
Выше злобы слепой,
Выше воплей и криков гордой черни людской.
Подвиг есть и в сраженье,
Подвиг есть и в борьбе,
Высший подвиг — в терпенье, любви и мольбе.
Не забудьте храм своею милостью в праздник святой мученицы Параскевы», — закончил свое письмо отец Николай.
Власти пристально следили за ревностным пастырем, и 28 октября 1929 года он был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму в Москве. 2 ноября состоялся допрос. Отвечая на вопросы следователя, отец Николай сказал: «Я являюсь священником Троицкой церкви, которая представляет из себя историческую ценность… и приходится принимать усиленные меры к изысканию средств на его поддержание, к тому же этот район чисто рабочий, где мало верующих людей.
Сестричество организовано мной в начале моего назначения в этот храм… на него возложена главная забота о храме, чем оно и занимается… Для этой же цели были введены членские взносы от верующих, которые поступают и вносятся в книги прихода.
В притворе храма при входе висит доска для объявлений, на которой объявляется о богослужениях. Таким путем мной вывешено объявление о взносах на храм.
Мной были посылаемы сестры–прихожанки с подписными листами с целью сбора средств на нужды прихода. На престольный праздник мучеников Кира и Иоанна были торжественные службы с участием архиепископа. Я, как молодой священник, сознательно цели борьбы с советской властью не ставил, и если обращался к верующим, то только в силу своих религиозных убеждений для поддержания храма».
Сразу же после допроса следователь на основании сказанного только что священником заявил, что отец Николай «организовал группу верующих для ведения антисоветской пропаганды под церковным флагом. И вел пропаганду также и сам лично, и в печати, а потому… привлечь Кобранова Николая Яковлевича в качестве обвиняемого, предъявив ему обвинение по 58 статье УК…»
20 ноября 1929 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ постановило заключить протоиерея Николая на три года в концлагерь, и он был отправлен в Соловецкий лагерь особого назначения. По окончании заключения отец Николай был отправлен на три года в ссылку в Казахстан, откуда он вернулся в 1935 году и поселился в деревне Кукарино Можайского района. Бывая в Москве, отец Николай встречался с монахинями и игумениями, иногда совершал в квартире богослужения, что впоследствии ему и было поставлено в вину.
