Увидев это, отец Георгий обратился ко всем собравшимся с горячей проповедью: «Не все ли равно — сказать два раза аллилуйя, не все ли равно — сказать и три раза, не все ли равно, что помолиться тремя пальцами и что двумя. Перед нами стоит общий наш враг — и этот враг неверие. Враг этот очень сильный и опасный, с которым мы с вами должны бороться. Борьба эта зависит от каждого из вас. Ни в одной стране, ни в одном государстве нет таких порядков, как у нас теперь на Руси святой. Кучка людей ведет за собой массу, как стадо баранов. Народ наш темный, необразованный, послушают какого‑либо оратора, похлопают ему в ладоши. Выступает другой оратор, потом третий, говорят совсем другое, а люди хлопают и им. Теперь масса людей, детей, оторванных от отцов и матерей, воспитываются по усмотрению неверующих. Люди эти становятся развратниками и хулиганами, и их у нас много теперь. Я бываю в Коломне, бываю и в Москве, некоторые дети бросаются ко мне, просят благословения, целуют крест, другие проходят мимо с насмешками, насмехаются, как и взрослые. Это стало корнем зла, великого зла, с которым мы с вами должны бороться, как с нашим общим врагом… Сегодня наш общий праздник Воскресения Христова, который мы с вами празднуем в великоторжественном веселии, а потому и говорю я вам:«Христос воскресе!»»

И на этот раз все согласно ответили: «Воистину воскресе!»

4 ноября 1921 года в доме священника был произведен обыск, отец Георгий был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму в Москве.

На допросах в ГПУ, узнав, что именно интересует следователя, отец Георгий сказал: «Я всецело отдался церковной деятельности. Смотрю на личную и общественную жизнь с христианской точки зрения… Считаю долгом своей совести подчиняться существующей власти. Царская власть упала, как дерево, у которого подгнили корни. Священник сегодня не полноправный гражданин, в правах мы урезаны. Меня, так настроенного, это нисколько не печалит, потому что я хотел бы отдать себя всецело церковной деятельности. Я живу в приходе, исполняя священнические обязанности; если приходится исполнять какие‑либо гражданские обязанности, то таковые я также выполняю, сознавая необходимость и полезность государства… Что касается бесед с прихожанами, то таковые происходят в храме во время богослужений. Начиная с середины осени до Пасхи беседы бывают на дому и в церковной сторожке… Говорил проповеди, раскрывая положительную сторону христианского вероучения, говорил против неверия, касаясь лишь мировоззрений и стараясь лишь о том, чтобы вложить в душу слушателей христианский взгляд на природу человека, на его назначение в жизни… По вечерам в храме совершался молебен с пением его всеми присутствующими, во время молебна произносились проповеди, такого же характера, как и за литургией. Молящиеся были преимущественно женщины, человек тридцать. В прошлом году беседы велись в доме церковного старосты на религиозные темы, слушателями были мужчины и женщины, мужчин было человек пять, женщин человек десять».

7 февраля 1922 года отец Георгий был приговорен к ссылке в Архангельскую губернию на неопределенный срок. 25 февраля священник под конвоем двух солдат прибыл в Архангельск, откуда был отправлен дальше в город Мезень. Здесь выяснилось, что никакой работы ему найти нельзя, а приискать работу за пределами маленького городка ему не дозволено властями, и отец Георгий написал прошение в Красный Крест. Он писал, что по всему видно, что его обвиняют не за конкретное преступление, а за контрреволюционное направление вообще, хотя «его деятельность заключалась только в исполнении священнических обязанностей и в удовлетворении связанных с ними нужд по оказанию материальной и духовной помощи его прихожанам». Красный Крест стал ходатайствовать, чтобы священнику Георгию Беляеву было разрешено вернуться на родину или, по крайней мере, самому выбирать место жительства в пределах Архангельской губернии. Домой вернуться ему не разрешили, позволив лишь «свободное передвижение в пределах Архангельской губернии».

В 1925 году отец Георгий вернулся на родину и епископ Коломенский Феодосий (Ганицкий) ради укрепления духовной жизни в Старо–Голутвином монастыре предложил священнику принять монашеский постриг и возглавить монашеское братство, на что отец Георгий дал свое согласие. В августе 1925 года епископ Феодосий постриг его в монашество с именем Никон, возвел в сан архимандрита и поставил наместником монастыря.

В 1929 году началось очередное гонение на Русскую Православную Церковь, в данном случае имевшее своей целью закрытие всех без исключения монашеских обителей, и СтароГолутвин монастырь был закрыт. 14 мая 1929 года ОГПУ арестовало архимандрита Никона, обвинив его в антисоветской агитации при произнесении проповедей.

Будучи допрошен, отец Никон сказал: «Иногда я произношу проповеди для укрепления веры в слушателях. В отдельных проповедях приходится касаться безбожников, так, по моему мнению, легко относящихся к вопросам веры, при этом ссылаюсь на более авторитетные лица, которые вопрос о бытии Бога решали не так легко.

В праздничные дни я читаю специальную молитву, списанную мной в Московском Петровском монастыре… содержание выдержки следующее:«Господи Боже наш, Великий и Многомилостивый! Сохрани под крылами Твоея благости вся православныя архиереи, даждь им Церковь Российскую сохранити и управити, верныя овцы Христовы негиблемы соблюсти, злыя же волки далече отогнати и козни их сокрушити. Сохрани и вся люди Твоя от тлетворных учений, от церковных соблазнов, неверия. В напастех терпение подаждь нам»…

Под волками подразумеваются все восстающие на Церковь и веру, сюда же относятся активные безбожники, но кто они, безбожники, это нас не касается. Под напастями я понимаю всякое несчастье в жизни человека, ссылка и арест верующих тоже относятся к несчастьям — напастям. Под врагами Церкви я понимаю всех, кто разрушает веру и Церковь. Член ВКП(б) как коммунист для меня безразличен, но коммунист активный безбожник — враг, разрушитель веры».

26 июля 1929 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило архимандрита Никона к трем годам заключения в Соловецком концлагере. 9 августа 1932 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ уже без рассмотрения дела прибавило к этому три года ссылки в Северный край, отправив туда отца Никона с тюремным этапом.

Вернувшись из ссылки, отец Никон был назначен в храм Трех Святителей в село Белоомут Луховицкого района Московской области, но вскоре он был переведен во Власьевскую церковь в Волоколамске. Служа в Волоколамске, священник в 1936 году был приговорен судом к штрафу в двести рублей за то, что отпел умершего прихожанина без регистрации смерти в государственных учреждениях.

В 1937 году, во время очередного гонения на Русскую Православную Церковь, секретарь Волоколамского горсовета по требованию НКВД дал следующую характеристику деятельности священника: «В городе проводит оживленную работу среди церковников, устраивая всякого рода собрания граждан и мобилизуя их на религиозную пропаганду…»

27   ноября 1937 года архимандрит Никон был арестован и заключен в тюрьму в Волоколамске. Были вызваны свидетели, один из них, сосед отца Никона, показал: «Его дом систематически посещают служители культа из сельской местности, в его квартире проходят тайные контрреволюционные сборища, но что на них обсуждают, мне не известно… Квартиру часто посещали верующие из близлежащих селений, которых Беляев дружески принимал. Кроме этого, весной 1937 года в магазине, где присутствовало человек десять колхозников, Беляев заявил:«Издала советская власть закон о свободной продаже хлеба, а сама его не выполняет, крестьяне собирают хлеб, а целыми днями стоят в очередях, хлеб разбирают по учреждениям, а горожане остаются голодными». Кроме этого, в ноябре 1937 года к нему в дом постучались три колхозника из деревни Ченцы. К ним вышел Беляев и около дома говорил:«Меня, наверно, скоро арестуют коммунисты. Они сейчас усиливают гонение… я вас прошу, реже посещайте мою квартиру…«Летом 1937 года священник возвращался домой после совершения в церкви всенощной с группой лиц, ночью я никого из них не узнал. Беляев около своего дома говорил:«У советской власти правды ни в чем нет и не будет, вот меня судили три раза ни за что. Также будет и с новой конституцией, останется она на бумаге, а в жизни будут проводиться такие же репрессии, как и раньше»».