Быстро продвинувшись по службе и пройдя путь от аккомпаниатора через руководителя хора до второго дирижера, Вальтер стал неотъемлемой частью гамбургского периода жизни Малера, оказавшись не только помощником, но и преемником его взглядов и идеалов по интерпретации музыкальных произведений. Вальтер нашел в своем покровителе великий образец для подражания и наставника, отечески опекавшего его. Благодаря их многолетнему творческому сотрудничеству в музыкальном искусстве образовалась особая — малеровская — школа исполнительства.

Советский музыковед Иван Иванович Соллертинский среди особых черт, свойственных малеровской дирижерской школе, обращает внимание на освобождение исполняемых произведений от всяческих традиционных наслоений, псевдоисторического подхода и стилизации, от чего, к примеру, особенно выигрывает Моцарт, трактуемый как современный композитор. При этом главная заслуга малеровской школы — полное растворение дирижера в музыке, имеющее целью достижение наиболее точного воспроизведения партитуры, «а не фантазирование “по поводу” с демонстрацией собственной индивидуальности». Эта традиция была подхвачена и развита величайшими дирижерами XX века, среди которых Артуро Тосканини, Отто Клемперер, Вильгельм Фуртвенглер, Шарль Мюнш, Герберт фон Караян, Леонард Бернстайн.

В желании перестроить маргинальные и консервативные представления о том, какой должна быть музыка, Густав подготовил следующий этап своей грандиозной революции. За 70 лет, прошедших с момента создания Бетховеном Девятой симфонии, некоторые духовые инструменты сильно эволюционировали, а в составе оркестра оказалось больше струнных. Тем самым задуманные автором тембры к концу века при четком следовании нотному тексту из-за инструментальных изменений приобрели нежелательные оттенки, возник оркестровый дисбаланс.

Работая над партитурой «эталона симфонизма», воспитавшего не одно поколение композиторов, Малер удвоил состав оркестра, хора, кое-где изменил динамику, везде, где прямое или октавное удвоение инструментов было необходимо для прояснения замысла сочинения, сделал соответствующие правки. Идея была проста: Густав представил, как бы звучало сочинение, если бы Бетховен написал его в конце века, располагая современными Малеру оркестровыми и хоровыми ресурсами. Примером для маэстро опять-таки являлся Вагнер, который в свое время не только переложил для фортепиано, но и внес такого рода изменения в ту же бетховенскую симфонию, и общественность приняла его коррекцию. Малер всегда говорил, что если прогресс времени приведет к тому, что в его собственных партитурах будет утрачена выразительность, он поблагодарит любого, кто внес бы необходимые изменения.

На премьере малеровского варианта Девятой симфонии Бетховена, состоявшейся в начале 1895 года, сочинение не раскритиковали. Революция возымела свой положительный эффект. И, несмотря на то, что кое-где слышалось маргинальное: «Как он посмел притронуться к Святыне Бетховена, когда сам не создал ни одной достойной симфонии!» — подавляющее большинство профессионалов и любителей музыки горячо поддержало идею Малера.

Собранный для бетховенского шедевра хор оказался настолько большим, что дирижер на репетициях не смог видеть всех исполнителей. Чтобы наблюдать сцену целиком, Малер распорядился построить специальную платформу для дирижерского пульта. Полная занятость сделала невозможным проверять исполнение всех его мелких указаний, и Густав впервые взглянул на плотницкий «шедевр» рабочего сцены только после того, как перед концертом услышал вызывавшие его аплодисменты. Выйдя на помост, он, к своему ужасу, увидел, что ничего не смыслящий в музыке плотник построил опасную узкую конструкцию высотой в целый этаж. Отказаться или задержать исполнение означало вызвать насмешки и испортить триумфальное событие. Собрав волю в кулак, дирижер решительно поднялся на вершину конструкции. Пьедестал зашатался, но когда ноги нашли опору и равновесие, маэстро поднял палочку, и музыка зазвучала. Очевидцы того вечера рассказывали, что Малер стоял ровно, как статуя, прикованная к одной точке, от начала до конца произведения. Чтобы предотвратить любые выкрики или аплодисменты, обязывающие его повернуться к публике и отвесить поклон, Густав в паузах между действиями держал руки высоко поднятыми и напоминал птицу, готовящуюся взлететь.

Несмотря на свою победу над консерваторами, Малер окончательно разочаровался в творческой атмосфере того времени. Свое отношение к музыкальным кругам он выразил сразу после бетховенского концерта в письме Лёру: «Поверь мне, наша художественная жизнь не привлекает меня теперь ни в какой форме. В конце концов, она всегда и везде так же лжива, отравлена в самой основе и бесчестна. Предположим, я приехал бы в Вену! Что ожидало бы в Вене меня с моей обычной манерой браться за дело? Стоило бы мне хоть однажды попытаться внушить мое понимание какой-нибудь бетховенской симфонии знаменитому оркестру Венской филармонии, воспитанному добропорядочным Гансом, — и я тотчас наткнулся бы на самое ожесточенное сопротивление. Ведь всё это я пережил и здесь, где мое положение незыблемо уже благодаря тому, что меня безоговорочно признали Брамс и Бюлов. Какую бурю мне приходится выносить, едва только я выхожу за пределы обычной рутины и пытаюсь создать что-нибудь новое». Состояние духа, переданное Густавом в этом письме, являлось весьма характерным для него в то время. Любые попытки обновления общепринятых традиций, предпринимавшиеся Малером, получали двоякую оценку, будь это даже переосмысление бетховенского сочинения.

Девятая симфония Бетховена в редакции Малера оказалась одним из первых вариантов в море существующих к сегодняшнему дню попыток разных композиторов и дирижеров интерпретировать ту «священную» партитуру. При этом, в отличие от многих других, малеровская версия часто исполняется и сейчас, заслужив немалую популярность у слушателей. Время показало правоту Густава. Естественно, симфония Бетховена стала не единственным его опытом, он осуществил правки других сочинений прошлого, и некоторые из них в настоящее время считаются эталонными. К примеру, малеровский вариант Рейнской симфонии Шумана в XX веке дирижерская исполнительская практика приняла как основной.

Шестого февраля 1895 года 21-летний Отто Малер, живший в Вене, без объяснения причин пустил себе пулю в сердце. Учившийся у Антона Брукнера и Эрнста Людвига, он подавал большие надежды, но из-за собственного разгильдяйства и определенных психических отклонений в апреле 1892 года бросил консерваторию, так и не получив диплом. Густав помогал брату как мог, устраивая его на музыкальные посты в разных городах, но тот редко задерживался там надолго. Осенью 1893 года Отто даже работал вторым дирижером и хормейстером в Лейпцигской опере, потом переехал в Бремен, позднее вернулся в Вену. Мотивы самоубийства остаются неизвестными, но Альма Малер в одной из книг, написанных о муже, утверждает, что перед смертью юноша заявил: жизнь ему больше не нравится и он «возвращает свой билет». Согласно свидетельству Бруно Вальтера, Отто сочинял песни для голоса с фортепианным и оркестровым сопровождением, а также создал три симфонии. Вторая оказалась непонята и высмеяна публикой, а Третья так и осталась незавершенной. О его способностях Густав был очень высокого мнения. Известно, что в разговоре с Фёрстером он говорил: «У меня был брат, как и я, музыкант и композитор. Он был человеком большого таланта, гораздо большего, чем у меня».

С помощью оркестра Берлинской филармонии 4 марта прозвучали первые три инструментальные части «Симфонии Воскресения». Управлял оркестром сам композитор, хотя некоторые биографы ошибочно считают, что произведением дирижировал Штраус. Это исполнение знаменовало новый этап жизни Малера. Исследователи сходятся во мнении, что именно Вторая симфония послужила толчком к восприятию его как композитора и с этого момента Густав именно как автор музыки мог рассчитывать на некоторое внимание в музыкальных кругах. Пресса встретила симфонию прохладно, только критики Оскар Эйхберг и Оскар Би отозвались о ней весьма положительно.