Возврат этих помещений не бал возможен в силу ряда объективных причин, поэтому рассматривались альтернативные варианты. Среди них — передача под организацию духовного училища здания православной школы г. Иваново. Даже было подписано в 1998 году постановление главы города Иваново о передаче этого здания в безвозмездное пользование Ивановскому Епархиальному Православному Духовному училищу сроком на 49 лет. Предполагалось, что духовное училище будет располагаться на третьем этаже здания школы, а сама школа займёт первые два этажа.
Однако этот проект не был реализован; не последнюю роль в этом сыграл финансовый кризис 1998 года, в следствии которого архиепископом Амвросием было принято решение повременить с набором в только что зарегистрированное в управлении юстиции духовное училище, а также с подачей документов Святейшему Патриарху и председателю Учебного Комитета о его утверждении. Было также сопротивление в открытии и со стороны администрации православной школы, а также родителей её учеников, которые справедливо опасались что следствием роста духовного училища может стать закрытие единственной в городе православной школы.
Вновь продолжились переговоры с руководством города Иваново в результате которых глава города В. В. Троеглазов принял решение о передаче в безвозмездное пользование училищу двухэтажного здания закрытого детского сада в микрорайоне ТЭЦ-3 площадью 2 тыс. кв. м. Здание было в запущенном состоянии, но имело целый ряд преимуществ: было отдельностоящим, имело собственную территорию около гектара, было удалено от центра города. Существовала перспектива застройки территории.
6 октября 1999 года Святейший Патриарх Алексий II и Священный Синод Русской Православной Церкви дали благословение на открытие Ивановского Духовного училища. Ректором был назначен архимандрит Зосима (Шевчук). К этому моменту здание было приведено в относительный порядок, в нем уже могли жить первые студенты и проходить занятия. 22 сентября 1999 года архиепископом Амвросием был освящён домовый храм училища в честь Святителя Алексия митрополита Московского и всея Руси.
К началу второго учебного года ситуация в училище относительно выправилась. Были устранены проблемы с коммунальными услугами наладился учебный процесс, заметно улучшилось питание. Сформировался преподавательский состав, причём удалось привлечь к преподаванию многих Ивановских учёных. Постоянно росли фонды библиотеки. В 2000 году архиепископ Амвросий впервые обратился к Святейшему Патриарху Алексию II и председателю Учебного Комитета архиепископу Верейскому Евгению с просьбой об открытии на базе училища духовной семинарии. Но 2001 году Священный Синод принял решение оставить училище в прежнем статусе, причём основную роль в этом сыграло то, что 20% учащихся не имели полного среднего образования.
Работа по открытию семинарии на этом не прекратилась. уже через несколько месяцев в училище не было ни одного студента без законченного среднего образования. С 2001/2002 учебного года руководством епархии и училища было принято решение о переходе с двухлетнего на пятилетний срок обучения.
Одновременно был взят курс на более тесное сотрудничество со светской высшей школой, повышение образовательного ценза преподавателей богословских дисциплин, дальнейшее увеличение библиотеки.
Процесс становления требовал огромных усилий в самых разных направлениях, некоторые из которых были жизненно важны, другие необходимы для перспективного развития.
В 2001 году на территории училища был заложен храм в честь Собора Ивановских святых, начались переговоры о надстройке над зданием училища третьего этажа. Решались вопросы текущего и перспективного финансирования что при отсутствии всякого централизованного финансирования было крайне непросто. Отлаживался учебный процесс. В 2001 году состоялся первый выпуск, занимавшихся по двухлетнему курсу обучения. Он был невелик — всего лишь 6 человек. Одновременно нежно было отладить учебный процесс уже по новым, пятилетним учебным планам. Перспективы открытия семинарии требовали немалое внимания уделить организации научной работы.
В 2001 году, при Ивановском духовном училище совместным распоряжением председателя Учебного Комитета при Священном Синоде архиепископа Верейского Евгения, архиепископа Ивановского и Кинешемского Амвросия и ректора Ивановского государственного университета В. Н. Егорова был создан Научный Центр по проблемам Церковной истории и Церковного осмысления истории России. В числе Научного Совета Центра — 6 докторов и 1 кандидат исторических наук. Создание Центра стало закономерным следствием той большой научной церковно-исторической работы, которую проводило Ивановское духовное училище. За два года училищем был проведён целый ряд научных и научно-практических конференций, одна их которых имела статус международной, а одна общероссийской. Издано свыше 20 монографий, книг и учебных пособий. Менее чем за три года, в тяжёлых материальных условиях, сформирована библиотека с фондом более 14 000 книг и учебных пособий. В январе 2002 года, на общем собрании преподавателей Ивановского духовного училища было принято решение о создании Учёного Совета в составе 12 человек, а также открытии двух кафедр — богословия и церковной и общей истории определилось основное направление научной работы в училище — церковно-историческое. Этой тематике было посвящено большинство проводимых училищем конференций и публикуемых исследований. 5 декабря 2001 года в училище прошла всероссийская научная конференция «Церковь, государство и общество в истории России ХХ века», которая вызвала такой широкий общественный резонанс, что было решено сделать её ежегодной.
Всего за три года своего существования Ивановское духовное училище успело превратиться в научный центр Ивановской епархии, стать местом встречи и сотрудничества церковной и светской общественности. Помимо учебных и воспитательных, Ивановское духовное училище решало научные и издательские задачи.
Нельзя не упомянуть о Попечительском Совете Ивановского духовного училища, который стал местом встречи руководства епархии с руководством крупных областных предприятий и организаций, силовых структур. С момента открытия училища, в 1999 году, когда ещё не была ясна концепция деятельности его Попечительского Совета, уже велись переговоры о том, чтобы его председателем стал Губернатор Ивановской области. Но Губернатор, в то время В. Н. Тихомиров, ответил отказом на эту просьбу епархии, предложив, чтобы областную администрацию в Совете представлял один из его заместителей. В 2000 году согласие возглавить Попечительский Совет дал председатель правительства Ивановской области А. П. Головков. Он провёл два заседания Совета, которые были очень важны для того, чтобы многие уважаемые в области люди осознали необходимость поддержки училища, привыкли собираться в его стенах. Были решены некоторые практические вопросы существования училища.
В конце 2000 года в Ивановской области прошли выборы в региональные органы власти в результате которых Губернатором стал В. И. Тихонов, а главой города Иваново А. В. Грошев. В. И. Тихоновым было дано согласие стать Председателем Попечительского Совета духовного училища, А. В. Грошевым — заместителем председателя.
В. И. Тихонов, будучи коммунистом и говоря о себе, как о неверующем человеке, сыграл очень большую роль в развитии Ивановского Духовного училища и в преобразовании его в семинарию, оказав в этом разноплановую поддержку. Громадный труд был проделан ректором — архимандритом Зосимой (Шевчуком), многими сотрудниками и преподавателями, которые бескорыстно, порой и вовсе бесплатно все свои силы отдали на создание нового духовного учебного заведения.
В мае 2002 года Ивановское Духовное училище посетила инспекционная комиссия Учебного Комитета под руководством заместителя председателя комитета протоиерея Максима Козлова. Зафиксировав имеющиеся объективные недостатки, комиссия пришла к выводу о возможности, при условии их устранения, преобразовать училище в духовную семинарию.
