28 июня 1831 года преосвященный Стефан совершил обряд пострижения Брянчанинова в малую схиму в кафедральном Воскресенском соборе и нарек Димитрия Игнатием, в честь священномученика Игнатия Богоносца, память которого празднуется Церковью 20 декабря и 29 января. Инок Игнатий сначала в первый, потом в последний из этих дней праздновал свое тезоименитство. Это имя Игнатия указывает еще на преподобного Игнатия – князя, Вологодского чудотворца, мощи которого почивают в Прилуцком монастыре, где покоятся мощи и преподобного Димитрия Прилуцкого – ангела новопостриженного инока от крещения. Таким образом, произведена над ним перемена имен двух чудотворцев, почивающих в одной обители. С именем одного, данным при крещении, соединено воспоминание об обстоятельствах рождения, а имя другого наречено при пострижении, как бы в ознаменование сходства земной участи новопостриженного с преподобным из княжеского рода. Родные Брянчанинова, прибывшие 28 июня в собор к богослужению, были крайне изумлены неожиданным священнодействием, которого они сделались зрителями. 4 июля того же года инок Игнатий был рукоположен преосвященным Стефаном в иеродиакона, а 25-го того же месяца – в иеромонаха и временно оставлен при архиерейском доме, который в Вологде находится при кафедральном соборе, в одной с ним ограде, образуемой стенами Кремля времен царя Иоанна Грозного. Для обучения священнослужению новорукоположенный был приставлен к городской церкви Спаса обыденного под руководство священника Василия Нордова, впоследствии протоиерея и настоятеля Вологодского кафедрального собора.

Родители новопостриженного, разумеется, с неудовольствием отнеслись к этому событию, особенно Александр Семенович был поражен им; его воля, на которой он так упорно настаивал, не состоялась: все планы относительно светской карьеры сына рушились, мечты о его блестящей будущности исчезли. Сын в глазах отца сделался бесполезным членом общества, утратившим все, что отец доставил ему воспитанием. Женское сердце, менее упорное в противодействиях обстоятельствам и всегда податливее на взаимности, расположило Софью Афанасьевну благосклоннее смотреть на поступок сына, но духовная сторона была также чужда ей, и мирские понятия брали верх. Все это, конечно, ничего не значило для монаха, который сам добровольно поставляет себя в положение, заставляющее забыть все мирские связи и родственные чувства, но обстоятельства инока Игнатия были не таковы, чтоб это неудовольствие родителей было для него нечувствительно. По пострижении он должен был приютиться в загородном доме своего дяди и крестного отца Димитрия Ивановича Самарина и вынужден был принять денежное вспомоществование от одной из своих родственниц (г-жи Воейковой). Пребывание в Вологде заставляло его часто вращаться в кругу родных и знакомых: многие из них стали его посещать и требовали от него взаимных посещений к себе. Молодой годами, красивый наружностью, он интересовал все вологодское общество, все о нем говорили, все желали сблизиться с ним. Это необходимо вовлекало его в мирскую рассеянность и прямо противоречило тем обетам, какие он только что произнес у алтаря. Вся внешняя обстановка пустыннолюбивого инока была противна его влечениям, он соскучился городской молвою и стал просить покровителя своего, преосвященного Стефана, отпустить его в Глушицкий монастырь, но преосвященный, намереваясь дать ему место, соответственное его способностям и благочестивому направлению, а также приличное по отношению его к обществу, удерживал его при себе. В скором времени открылось такое место: в конце 1831 года скончался строитель Пелыпемского Лопотова монастыря иеромонах Иосиф. Обряд погребения поручено было совершить иеромонаху Игнатию. 6 января 1832 года он был назначен на место умершего, а 14-го дано звание строителя, причем возложен был на него набедренник.

Лопотов монастырь, основанный преподобным Григорием Пелыпемским, Вологодским чудотворцем, находится в Кадниковском уезде Вологодской губернии, в 40 верстах от Вологды и в 7 – от Кадникова; расположен на берегу реки Пелыпмы, впадающей в Сухону, в местности лесной и болотистой. Монастырь был почти в разрушенном состоянии, так что предположено было его упразднить: церковь и прочие здания крайне обветшали, доходы были скудные, чувствовался недостаток в самом необходимом к продовольствию, а потому и братии было очень мало. Много надо было употребить трудов и забот, чтобы все исправить, обновить, пополнить скудость во всех отношениях. Новый настоятель не унывал; он принялся за дело с энергией. Вскоре потекли пожертвования от благочестивых жителей Вологды, чествовавших память преподобного Григория; монашествующие из тех монастырей, где проживал послушником строитель Игнатий, стали собираться в его обитель и в короткое время составили в ней братство до 30 человек. Богослужение приведено в надлежащий порядок: обитель и внешне, и внутренне обновилась, сделалась неузнаваема против того положения, в каком принял ее строитель Игнатий. Но чего стоило это ему самому? По рассказам одного очевидца, посетившего Лопотов монастырь в зиму 1832 года, строитель Игнатий помещался в сторожке у Святых ворот, когда производилась постройка новой настоятельской кельи.

Смягчилось сердце Александра Семеновича, когда он увидел молодого сына своего в таком сане, какой приличен старческому возрасту, следовательно, многое обещавшего впереди. Там, где не могла подействовать внутренняя, духовная сторона, взяла внешняя, и она вполне оказала благотворное влияние свое на Софью Афанасьевну. Строитель-сын часто стал бывать в доме родителей: его могучему слову об истинах загробной жизни покорилось сердце матери, часто болевшей и чувствовавшей себя близкою к смерти. Мать напиталась духовными беседами сына, понятия ее изменились, из плотских сделались духовными: она благодарила Бога, что сподобил ее иметь первенца своего в числе Его служителей, тогда как прежде почитала это для себя великим несчастьем. Такая перемена с родительницей на пороге ее жизни несказанно радовала священноинока-сына. Напутствованная его назиданиями и молитвами, Софья Афанасьевна мирно скончалась 25 июля 1832 года. Строитель Игнатий сам совершил обряд отпевания в храме села Покровского. Замечательно, что при этом богослужении сын не выронил ни одной слезы над бездыханным телом матери! И это происходило не от сдержанности, приличествующей предстоятелю священнослужения, или от холодности родственного чувства, а составляло особую черту его духовного характера. Чувство в нем было живо, сыновняя любовь к матери в своей естественной мере, но в нем душевный человек был заменен духовным; чувство плотского родства было вполне проникнуто духовной любовью, которая побуждала не о временной потере жалеть, а желать единственно блаженной участи усопшей – в вечности. Потому такие родственные чувства в иноке Игнатии никогда не обнаруживались своим обычным образом; они отражались в нем глубокой думой и молитвенным, безмолвным благоговением, при полном внешнем спокойствии.

В Лопотовом монастыре строитель Игнатий имел утешение встретиться и опять соединиться по жительству с любимым своим другом Чихачовым. Чихачов сделался деятельным помощником строителя Игнатия по устройству обители; он обладал отличным голосом, знал хорошо церковное пение и составил очень хороший певческий хор, который немало содействовал к привлечению в обитель многих богомольцев. Настоятель Игнатий облек его в рясофор и руководил в духовной жизни.

Вступив на новое поприще начальника иноческого общежития, о. Игнатий был в полном смысле слова Аввою общества иноков. Следующий отрывок из его аскетических сочинений изображает нам, каким духом он водился в деле назидания иноков: «Скажу здесь о монастырях российских мое убогое слово, слово – плод многолетнего наблюдения. Может быть, начертанное на бумаге, оно пригодится для кого-нибудь! – Ослабела жизнь иноческая, как и вообще христианская, ослабела иноческая жизнь потому, что она находится в неразрывной связи с христианским миром, который, отделяя в иночество слабых христиан, не может требовать от монастырей сильных иноков, подобных древним, когда и христианство, жительствовавшее посреди мира, преизобиловало добродетелями и духовной силою. Но еще монастыри, как учреждение Святого Духа, испускают лучи света на христианство; еще есть там пища для благочестивых; еще есть там хранение евангельских заповедей, еще там строгое и догматическое, и нравственное Православие; там, хотя редко, крайне редко, обретаются живые скрижали Святого Духа. Замечательно, что все духовные цветы и плоды возросли в тех душах, которые в отдалении от знакомства внутри и вне монастыря возделали себя чтением Писания и святых отцов, при вере и молитве, одушевленной смиренным, но могущественным покаянием. Где не было этого возделания, там – бесплодие.