Вследствие наводнений, высоких приливов и воздействия ветров и волн на прибрежные зоны под водой возникали наносы песка и ила, способные перекрывать проходы между островками или делать их непроходимыми для крупных судов. Канал, ведший из пристани Сан-Марко в море через порт Сан-Николо, уже в XIII веке начал опасно заиливаться. В 1305 году, после того как владельцы двух крупных трехпалубных судов поняли, что их суда слишком велики для захода в Венецианский порт, им разрешили продать корабли. Большие корабли запрещалось нагружать до максимальной отметки в пределах гавани – особенно во время отлива. Хотя большинство торговых судов осматривались портовыми чиновниками на пристани Сан-Марко, крупным кораблям разрешали пополнить груз и пройти еще один осмотр уже после того, как они проходили отмель вблизи Сан-Николо. «Порты» Маламокко и Кьоджа считались в те времена второстепенными, поэтому венецианцы всячески старались укрепить проход Сан-Николо: там построили волнолом, ограничили погрузку песка в качестве балласта (грузиться балластом можно было лишь в особо оговоренных местах). Кроме того, в прибрежных районах запретили вырубку и сожжение сосен, чтобы деревья прочнее удерживали почву. Сан-Николо оставался главным портом Венеции вплоть до XVI века.

Для усиления мер по охране порта назначали так называемых «стражей Лидо». В XIII веке им поручали следить за состоянием волнолома и маяков. Маяков было два; один стоял в Сан-Николо, на северо-восточной оконечности современного Лидо, а второй – на острове Санта-Елена. В 1407 году портовые службы объединили и подчинили так называемому адмиралу порта. В помощь кораблям, терпящим бедствие, вместо буксиров, столь заметных в современной Венеции, держали наготове большую шлюпку, управляемую 28 гребцами – во всяком случае, зимой. В шлюпке имелся запас перлиней и якорей. Адмирал порта квартировал в «замке» на маяке Сан-Николо. Над его жилищем красовалась эмблема, называемая «корзиной»; ее поднимали на топ мачты, показывая, когда начинается прилив, и спускали до половины мачты или ниже, если нужно было предупредить суда об отливе. По приказу адмирала проходы помечали вехами. В 1526 году случился большой скандал, когда едва не затонуло торговое судно, возвращавшееся из Александрии, потому что лоцман осмелился игнорировать вехи, расставленные адмиралом порта. Кроме того, адмирал порта досматривал все входящие и выходящие суда, дабы удостовериться, что их владельцы уплатили все надлежащие взносы. Такой же чиновник позже был назначен и в Маламокко.

Из-за отмелей и каналов, постоянно меняющих очертания, особую важность приобретала лоцманская служба. Лоцманы входили в привилегированное профессиональное объединение. Все портовые чиновники, подчинявшиеся адмиралу порта, в том числе смотрители маяков и судовые инспекторы, были вышедшими в отставку лоцманами. Для того чтобы иметь возможность вести суда в трудный зимний сезон, действующие лоцманы должны были с 1 сентября по 31 марта прибывать в город Паренцо на Истрии и там ждать, когда их возьмут на борт корабли, которым требовались их услуги. Помимо так называемых больших лоцманов, или педотти гранди, считавшихся аристократами и имевшими право выбирать работу на любых крупных судах (в 1458 году насчитывалось всего 13), имелись и малые лоцманы – они водили суда помельче. Хотя все лоцманы вынуждены были по полгода проводить на Истрии, все они были венецианцами; ни один уроженец Истрии в их цех не допускался.

Хотя проводить крупные суда мимо отмелей позволялось лишь избранным, все венецианцы, можно сказать, чувствовали себя на воде как дома. Жители других областей Италии подтрунивали над ними. Так, говорили: когда венецианец едет верхом, он обращается с уздечкой как с румпелем и обвиняет лошадь в «качке», если меняется направление ветра. В Средние века венецианцы чаще, чем сейчас, передвигались по своему городу и близлежащим островам на парусных лодках, барках и более мелких судах, напоминающих современные гондолы. Таким образом, в некотором смысле венецианцы оставались «речниками» даже после того, как их экономика стала зависеть от оптовых торговцев, собиравшихся вокруг Риальто, от органов власти, сконцентрированных на площади Сан-Марко, и от крупных судов, привозивших грузы из далеких земель.

Еще одно прогрессивное учреждение, производившее сильное впечатление на гостей Венеции в XVI веке, находилось на острове Лазаретто. Там с 1423 года размещали больных. В 1485 году венецианцы устроили на Лазаретто карантин, под которым тогда понимали сорокадневную изоляцию. Карантину подвергались все суда, на которых, как подозревали, находились больные чумой, ужасной «черной смертью».

«Черная смерть» в течение нескольких веков влияла на демографию Венеции. Численность населения в XIII веке и раньше можно примерно определить по спискам регистрации военнообязанных. Судя по ним, в 1200 году в Венеции насчитывалось по меньшей мере 80 тысяч человек, а всего столетие спустя на Венецианской лагуне проживало около 160 тысяч человек, причем население самого города составляло почти 120 тысяч человек. В Средние века в Западной Европе любое поселение, где проживало 20 или даже 10 тысяч человек, считалось большим городом, поэтому Венеция была одним из крупнейших. Возможно, в списках военнообязанных цифры и округлялись в большую сторону, но, судя по официальным сведениям, в 1338 году производился подушевой подсчет взрослого мужского населения.

Данным переписей можно верить еще и потому, что их проводили в конце долгого периода роста городов в Европе. Благодаря стремительному росту городов в 1330 году в Милане, Флоренции, Неаполе и Палермо проживало примерно столько же людей, сколько и в Венеции. Для сравнения: к западу от Италии только в Париже численность населения приближалась к 100 тысячам. Однако уже в 1348 году, вскоре после того, как численность населения Венеции и других крупнейших европейских городов превысила 100 тысяч человек, маятник качнулся в другую сторону. Людей начала косить «черная смерть».

Чума существовала в двух формах, хотя их начали различать гораздо позже. Одна форма – легочное заболевание, для которого характерны признаки острой пневмонии. Она передается напрямую от человека к человеку. Вторая форма – бубонная чума. Ее характерный признак – опухоли, называемые бубонами. Через какое-то время бубоны чернеют, отчего болезнь и получила название «черная смерть». В Средние века две формы заболевания не различали и потому не догадывались, что карантин и другие виды изоляции, пусть и предотвращавшие распространение легочной формы, неэффективны против бубонной чумы. Последней невозможно заразиться от заболевшего человека, зато блохи переносят ее от черных крыс. Чаще всего во время эпидемий проявлялись обе формы заболевания, но первые случаи легочной чумы почти всегда обнаруживались после заражения бубонной чумой, поэтому распространение болезни зависело от зараженных блох, которые попадали из города в город иногда с товарами, но чаще – с судовыми крысами.

В Италию бубонная чума пришла с Востока. Она косила татарскую армию, осаждавшую Каффу, генуэзско-венецианскую факторию в Крыму. Татары с помощью катапульт забрасывали в город трупы умерших от болезни, чтобы заразить осажденных. Но куда более эффективным оружием средневековой биологической войны оказались крысы. Принято считать, что крыс и чуму в Италию привезла венецианская галера, которая вернулась из Каффы осенью 1347 года.

В течение следующих полутора лет от чумы умерло около ³/₅ жителей Венеции. Конечно, средневековые подсчеты нельзя назвать точными, но венецианское правительство довольно рано озаботилось статистическими данными. Самые ранние дошедшие до нас фрагменты переписей относятся к 1509 году. Данные, связанные с эпидемиями 1575–1577 и 1630–1631 годов, тщательно фиксировались Управлением здравоохранения. Благодаря им можно косвенно проверить и статистику 1347–1349 годов.