Кроме этого, Н. В. Краинский активно публикует свои сочинения. Особенно известной в этот период становится его книга «Порча, кликуши и бесноватые как явления русской народной жизни» (1900) (с предисловием В. М. Бехтерева, который неоднократно бывал и на Сабуровой даче).
Николай Васильевич показал, как на единой основе - сомнамбулизме - у разных народов возникают и развиваются различные заболевания: бесноватость и наваждение в России, эпидемии одержимости в Западной Европе. В своей работе автор доказывал, что и клиническая картина, и трактовка этих заболеваний среди населения, и отношение к таким больным в полной мере зависит от отличий в быту, культуре и мировоззрении разных народов.
Наряду с клинической и научной психиатрией Н. В. Краинский глубоко интересовался искусством. Не удивительно поэтому, что он становится председателем Новгородского общества любителей музыкального и драматического искусства.
В это время у молодого директора больницы произошли замечательные знакомства, истинный смысл которых открылся только три с половиной десятилетия спустя.
Членом управы и заведующим делами Колмовской больницы был Александр Павлович Храповицкий, родной брат тогдашнего епископа Антония (Храповицкого). Николая Васильевича полюбила мать будущего святителя - Наталья Петровна. Молодой врач бывал у них в имении Ватагино, а Храповицкие навещали его жилище. Епископ Антоний, в котором мать не чаяла души, был в эти годы в Казани, затем в Уфе, и старушка всегда с восторгом говорила о своем сыне, не подозревая, что вот этому-то доктору Краинскому и суждено будет принять последний вздох «великого святителя и заветы верного служения Императорской России».
В 1902 году Н. В. Краинский переводится на должность директора Винницкой окружной психиатрической больницы. В этом же году вместе с И. П. Мержеевским и В. М. Бехтеревым он вошел в созданную Министерством внутренних дел комиссию по вопросу об организации призрения душевнобольных в Российской империи. Тогда же за работы по патогенезу эпилепсии Николай Васильевич был награжден премией Брюссельской академии наук, а через год ученый получил премию Нью-Йоркского общества психиатров по изучению эпилепсии.
В 1903 году Краинский уже директор Виленской окружной психиатрической больницы (в Новой Вилейке, под Вильно). 23 мая 1903 года состоялось торжественное официальное открытие больницы, на котором после зачтения телеграммы с Высочайшим ответом и исполнением гимна Николай Васильевич начал речь такими словами: «Сегодняшний день есть день величайшего торжества и праздник для русской психиатрии. Открывается новая, самая большая в России психиатрическая лечебница, рассчитанная на 1000 штатных кроватей».
Это был стремительный «карьерный рост»: Николай Васильевич занял пост директора лучшей в России, образцовой правительственной психиатрической окружной больницы, принимавшей пациентов из пяти губерний (Виленской, Ковенской, Витебской, Гродненской и Минской). В достаточно еще молодом возрасте по службе он занимал должность пятого класса, имел ученую степень и две международные премии за свои научные работы. Новая больница была гордостью Министерства внутренних дел, в конце 1903 года ее посетил министр В. К. Плеве. За полтора года Н. В. Краинский получил два очень высоких (учитывая его стаж службы) ордена. Работа шла блестяще.
Несмотря на административные хлопоты, в Вильно Николай Васильевич продолжает активно заниматься наукой. Его работа «Учение о памяти с точки зрения теории психической энергии» (1903) широко использована В. М. Бехтеревым в книге «Психика и жизнь».
Под редакцией Краинского с января 1904 года в Вильно начинает издаваться «Научный архив Виленской окружной лечебницы» - периодическое издание, выходящее от четырех до шести раз в год. В январе этого же года Николай Васильевич участвует в заседаниях IX Пироговского съезда.
В феврале 1904 года Н. В. Краинский был утвержден в звании директора Виленского губернского тюремного комитета и получил «Директорский билет на право посещения тюрем».
Служил он врачом и в виленском обществе исправительных земледельческих колоний и ремесел, приютов для несовершеннолетних преступников, а также вошел в состав Виленского отделения Императорского музыкального общества, где занимал должность вице-директора.
Работая по линии Министерства внутренних дел, Краинский имел возможность лично познакомиться со многими деятелями эпохи -И. Г. Горемыкиным, Д. С. Сипягиным и другими министрами и товарищами министров. Судьба сводила его с такими столпами Империи, как финляндский генерал-губернатор Н. И. Бобриков, работал он и в непосредственном подчинении киевского генерал-губернатора М. И. Драгомирова. Николай Васильевич пользовался личным расположением В. К. Плеве, которого имел честь принимать у себя и отношение которого к Н. В. Краинскому засвидетельствовано в блестящем отзыве, данном в заседании Государственного совета в январе 1904 года. Приказ об этом Николай Васильевич хранил всю оставшуюся жизнь, как «честь, которой редко кто удостаивался на службе Империи».
Когда началась русско-японская война, Н. В. Краинскому «не сиделось спокойно», и он отпросился в четырехмесячный отпуск в Маньчжурию. Министр Плеве отнесся к этой идее сочувственно, так как Николай Васильевич мотивировал свое желание изучением на поле действий военной психологии, и дал просимый отпуск.
29 апреля 1904 года Н. В. Краинский вышел в отставку, а 10 июня выехал на театр военных действий. Судьба свела его в одном вагоне скорого поезда с ехавшим на войну генерал-майором (тогда) князем Г. И. Орбельяни, командиром так называемой Дикой, или Кавказской конной, бригады, который взял его в качестве «бригадного врача-добровольца».
В Маньчжурии он не раз попадал в самые опасные ситуации. Следует заметить, что именно в годы русско-японской войны общество впервые обратило внимание на необходимость специальной организации психиатрической помощи на фронте. В апреле 1904 года при 1-м Харбинском сводном госпитале открыли психиатрическое отделение, а затем и специальный психиатрический госпиталь.
Несколько раз Н. В. Краинскому случалось видеть Государя Императора Николая II. Он представлялся Ему по возвращении из Маньчжурии в памятный день получения известия о падении Порт-Артура. Государь удостоил доктора милостивой беседы, упомянув, что знает о добровольном прибытии Краинского на фронт.
В январе 1907 года Н. В. Краинский вернулся в Вильну и вновь активно принялся за лечебное дело, научную, общественную работу. В это время выходят такие его сочинения, как: «Психология падших людей» (1907), «Энергетика и анализ ощущений» (1907), речь «Душа и Вселенная» (1911), драма «Во мраке ночи» (1912), «Энергетическая теория сновидений» (1912), очерк «Девочка Машка, собачка Джильда и беспокойный психиатр (Психологическая параллель)» (1912) и другие (одних только книг и брошюр около 20), пользующиеся повышенным вниманием не только читателей-профессионалов.
Особенный резонанс имел доклад «Педагогический садизм», где речь шла о сексуальном садисте инспекторе учебного округа Н. Г. Коссаковском. Публикация этой работы чуть было не довела доктора до дуэли.
Вот что писала самая тиражная газета России «Русское слово» в номере от 28 (15) декабря 1912 года:
«В России. Вызов на дуэль.
ВИЛЬНА, 14.XII. Летом текущего года известный психиатр Н. В. Краинский прочел доклад о душевнобольном покойном педагоге Коссаковском, страдавшем, если так можно выразиться, “экзаменационным садизмом”. Результатом этой болезни было 18 самоубийств учащихся. Сын покойного, подпоручик 1-го стрелкового полка, квартирующего в Лодзи, прислал д-ру Краинскому вызов на дуэль за опорочение памяти его отца. Д-р Краинский ответил, что вызов он принимает».
Николай Васильевич активно участвует в работе Пироговских съездов, съездов врачей Минской губернии, в заседаниях Виленского Императорского медицинского общества и т.д.
Особенный интерес представляет серия докладов и книга «Основные принципы энергетики в связи с абсурдами современной физики» (1908), автор которых независимо от Эйнштейна сформулировал два основных положения его теории - об энергетической сущности массы, которую Николай Васильевич считал изменчивой, и закон инерции энергии. С тех пор Краинский пошел по пути, резко расходящемуся со многими классическими теориями.
