После своей вербовки приступил к активной агентурной деятельности и с 5 июня 1910 по 19 сентября 1913, направил 88 агентурных сообщений, став особенно ценным агентом в глазах охранки, принимавшей все меры к его тщательной маскировке, для чего он в 1910 -1912 годах трижды подвергался кратковременным арестам. Одновременно с этим ему путём арестов других партийных работников расчищался путь в верхние эшелоны партии.
Благодаря этому, а также собственной энергии и незаурядным способностям, в начале 1912 года, Малиновский был избран делегатом на Пражскую конференцию РСДРП (б), где произвёл хорошее впечатление на большинство членов руководства партии, включая В. И. Ленина, и был избран в члены ЦК. В ЦК РСДРП (б) он стал отвечать за руководство профсоюзным движением в России.
Кроме избрания членом ЦК там же, в Праге, он был намечен в качестве одного из кандидатов на выборы в IV Государственную Думу.
Во время предвыборной кампании большую помощь Малиновскому в его избрании депутатом Думы оказал министр внутренних дел Макаров и директор Департамента полиции Белецкий, лично контролировавшие ход избирательной кампании своего подопечного. Благодаря такому высокому покровительству все встречавшиеся на пути Малиновского препятствия на пути в Думу, в том числе и связанные с его уголовным прошлым, устранялись.
После избрания Малиновского членом ЦК и депутатом Думы его агентурные возможности сильно возросли. Так, в 1912 - 1914 годах, по его сообщениям были арестованы члены ЦК Свердлов, Сталин, Голощёкин, Орджоникидзе и несколько десятков партийных работников среднего звена.
В целом, несмотря на такие его результаты деятельности никаких серьёзных подозрений в отношении Малиновского в среде партийного руководства не возникало. Попавшая в ЦК РСДРП (б) летом 1913 г. из тюрем от арестованных членов ЦК информация о том, что охранке из каких-то источников в руководящих кругах партии стало известно о подготовке и проведении ряда крупных конспиративных мероприятий (созыв общепартийного совещания за границей, организация партийной школы во Франции и других), вызвало в ЦК подозрение о наличии у полиции хорошо осведомлённого источника в кругах, близких к большевистской фракции IV Государственной Думы. Однако продвинуться в определении этого источника ЦК не удалось. Во время попыток определить этот источник на Малиновского не пало даже подозрение.
Разоблачение Малиновского стало следствием аппаратных перестановок внутри Министерства внутренних дел.
Скандальные разоблачения различных сторон деятельности политической полиции в 1906 - 1911 годах, вершинами которого стало разоблачение двойной игры Азефа в партии эсеров и причастность ряда высокопоставленных руководителей политической полиции (генерал - лейтенанта Курлова, полковников Спиридовича и Кулябко), к убийству в сентябре 1911, в Киеве анархистом Багровым премьер - министра и министра внутренних дел П. А. Столыпина, вызвали появление в ряде влиятельных правительственных кругов мнения о необходимости укрепить руководство политической полиции лицами, не имевшими до этого к ней никакого отношения.
С этой целью, в начале 1912 года товарищем (заместителем) министра внутренних дел и начальником корпуса жандармов был назначен армейский генерал - майор В. Джунковский, являвшийся до этого адъютантом московского генерал - губернатора великого князя Сергея Александровича, а после его убийства в феврале 1905 года, входившего в свиту Николая II и занимавшего ряд командных должностей в армии.
Вступив на новую должность в МВД, Джунковский предпринял целый ряд либеральных реформ в деятельности политической полиции. Была запрещена деятельность политической полиции в армии. Также циркуляром от 1 мая 1913, запрещалась вербовка в качестве секретных сотрудников лиц, не достигших совершеннолетия (по тогдашним стандартам 21 года), был уволен со службы ряд высокопоставленных чиновников и офицеров политической полиции.
Продолжая работу по либерализации агентурной деятельности, Джунковский пришёл к выводу о необходимости удаления секретных сотрудников полиции из Государственной Думы. В конце апреля 1914,. председатель IV Государственной Думы Родзянко передал Малиновскому приказ Джунковского о немедленном сложении им депутатских полномочий и выезде за пределы России.
Получив 10 тысяч рублей, Малиновский 8 мая 1914, неожиданно для остальных депутатов Думы и членов ЦК РСДРП (б) уехал за границу.
Немотивированный отъезд Малиновского, скорее, похожий на бегство, вызвал политический скандал. Со стороны других политических партий в Думе, особенно эсеров, всё ещё не оправившихся от дела Азефа, посыпались обвинения в адрес большевиков, проглядевших, мол, матёрого провокатора в своей среде.
Под влиянием этого скандала ЦК РСДРП (б) создал специальную следственную комиссию под председательством Я. С. Ганецкого, члены В. И. Ленин и Г. Е. Зиновьев, приступившую к расследованию. В ходе своей деятельности комиссия, не найдя никаких улик, обвиняющих Малиновского в сотрудничестве с полицией, обратилась за помощью к близкому к эсерам публицисту Бурцеву, который после разоблачения им Азефа, считался признанным специалистом по борьбе с полицейской агентурой в революционной среде. На запрос комиссии о сотрудничестве Малиновского с полицией, Бурцев ответил отрицательно. После этого комиссия приняла решение: не считая Малиновского агентом полиции, исключить его из партии за дезертирство с партийной работы.
Дальнейшая судьба Малиновского складывалась следующим образом. После начала Первой мировой войны он находился на территории Германии, был интернирован германскими властями, как русский поданный. После заключения между Германией и Советской Россией Брестского мира, произошел обмен военнопленными и интернированными. По этому обмену Малиновский прибыл в Россию, где был вскоре опознан, арестован и по приговору ревтрибунала в конце 1918 года был расстрелян.
Усиление агентурной работы политической полиции против большевиков вынуждали большевистские организации обращать особое внимание на борьбу с проникновением полиции в свою среду.
Борьба эта велась с помощью различных методов и средств. Первоначальными были организационные мероприятия, направленные на усиление конспирации и затруднения тем самым полицейского воздействия на подполье.
Система этих организационных мер была разработана В. И. Лениным в конце XIX - начале XX в. и включала в себя: 1) отказ от кружков с их обилием личных связей между членами, переход к партийным организациям и чисто деловым отношениям между входящими в них членами. 2) Внутри организации проведения принципа специализации по основным направлениям деятельности организации, причём: участники одной специализированной структуры не должны знать ничего сверх того, что необходимо им для выполнения своих функций внутри той структуры, в которой они работают, ни о деятельности других структур организации, ни тем более организации в целом. 3) Разграничение легальной и нелегальной работы. Легальная работа - это проверка деловых и личных качеств будущих членов подпольной партийной организации, а так же использование легальных способов для проведения массовых мероприятий.
Кроме коллективной конспирации подпольной организации в целом, В. И. Ленин обращал внимание на индивидуальную конспирацию её членов, которую он видел в соблюдении следующих основных правил: 1) прекращение обывательских хождений членов организации друг к другу, встречи исключительно по делам организации; 2) сокращение до минимума личной переписки членов подпольных организаций, недопущение в письмах каких-либо намёков на подпольную деятельность пишущего или получающего письмо; 3) чаще менять место проживания; 4) чаще менять вагоны общественного транспорта при поездках по городу, избегать в них разговоров на политические темы, не говоря уже о подпольной работе; 5) избегать разговоров о делах, связанных с делами подполья у себя дома и в общественных местах; 6) не иметь или по крайней мере не оставлять на долгое время у себя на работе и дома предметов, могущих уличить в подпольной деятельности.
