В-третьих, шведская система во главе с Г. П. Гагариным и московские розенкрейцеры новиковского кружка занимают ведущее положение в масонском движении России, и именно материалы, связанные с их деятельностью, могут дать наиболее представительную и точную информацию о главной линии в религиозно-философских устремлениях отечественных масонов.
В 1792 Новиков, М. И. Багрянский, В. Я. Колокольников и М. И. Невзоров были арестованы, Трубецкой, Лопухин и другие высланы в свои имения.
С восшествием на престол Павла I масоны, находившиеся в опале, были прощены. Новиков, вышел из Шлиссельбургской крепости. Но в 1799 Павел запретил деятельность масонских лож. Это отдельная история. История Наполеона, Индийского похода, Мальты и мальтийских рыцарей. История попытки создания единого анти масонского фронта. Позднее, в первые годы правления Александра I, новый царь подтвердил данный указ. Но вольное каменщичество вопреки всему набирает силу, и либеральная политика того времени «сквозь пальцы» смотрит на вновь образованные ложи, а в дальнейшем стремится поставить масонские работы под свой контроль.
В январе 1800 открывается ложа «Умирающий Сфинкс» в Петербурге. В течение пяти первых лет существования она работала в глубокой тайне, затем, в 1803 году, в Москве стараниями розенкрейцеров учреждается тайная ложа «Нептун» под председательством сенатора П. И. Голенищева-Кутузова. Она названа так в память об одноименной ложе 18 века в Кронштадте, которая работала по шведской системе. Новая ложа имела уже другую направленность, хотя и сохранила прежнюю печать и название. Для ее «прикрытия» члены ложи «Нептун» организовали легальную ложу под названием «Гарпократа».
Капитул Феникса, известный масонской толпе в 18 веке под наименованием Великой национальной ложи, в 1810 стал называться Великой директориальной ложей Владимира к Порядку. Под ее властью находились три ложи, которые вели начало от учрежденной в 1773 году ложи «Пеликан», не прекращавшей своих работ, несмотря на различные запрещающие правительственные постановления. В 1805 она была переименована в ложу «Александра Благотворительности к Коронованному Пеликану». Затем в 1809 от нее была образована ложа в честь императрицы «Елизаветы к Добродетели» под председательством масона екатерининского времени А. С. Сергеева. Третья ложа – «Петра к Истине» – открыта в 1810, председательствующий мастер – Е. Е. Эллизен.
Следует отметить, что если в 18 веку основу шведской системы составляло прежде всего родовитое дворянство, то уже с начала 19 века она объединяет более широкие социальные слои российского общества.
К 1810 деятельность отечественных масонских лож различных направлений получила широкий общественный резонанс, и правительство через министра полиции А. Д. Балашова, который был членом ложи «Соединенные друзья» и посвящен в высшие степени, обратилось к масонским лидерам с распоряжением предоставить акты, законоположения и обрядники для ознакомления с их деятельностью. Среди масонов ходили слухи, что поводом к проверке явился донос Фесслера.
В 1811 правительство вернуло просмотренные акты масонских обрядов управляющему Великой директориальной ложи И. В. Беберу (одновременно он был префектом капитула Феникса) и не стало препятствовать распространению лож шведской системы. Правительственный комитет, в работе которого принимал участие М. М. Сперанский (к этому времени он уже был принят в масонское братство), обязал передавать в полицию ежемесячные отчеты о происходящих в ложах событиях.
Надо отметить, что И. В. Бебер предоставил полиции лишь акты иоанновских степеней, а высшие степени шведского обряда остались не просмотрены. А. Ф. Лабзин поступил более радикально: он вообще не давал никаких актов своей ложи Умирающего Сфинкса.
К этому времени относится восстановление деятельности капитула Феникса с Директорией под названием Верховный Орденский Совет. Главой ордена был избран И. В. Бебер и получил звание «Викария Соломона, Мудрого из Мудрых», что соответствовало высшей степени в шведской системе. В Швеции это звание носил первоначально лишь Карл Зюдерманландский, а в дальнейшем монархи Швеции принимали высшую степень по наследству.
Просветительская же деятельность продолжается в традициях «новиковского» десятилетия, и в январе 1806 под его редакцией выходит первый номер журнала «Сионской вестник», который на сентябрьском номере был закрыт и возобновил свое существование лишь в 1817. Значение «Сионского вестника» в общественной жизни состояло в том, что была сделана первая попытка в создании религиозного периодического издания светским лицом. По существу, это был первый религиозно-философский журнал в прямом смысле этого слова. В круг его интересов входила публикация литературы, которая пользовалась несомненным интересом у розенкрейцеров не только «нового» поколения братьев, но, прежде всего, «старого» масонства екатерининской поры. В январе 1807 начал издавать свой ежемесячный журнал «Друг юношества».
Религиозно-нравственное просвещение составляло одну из целей розенкрейцеров. В 1809 в Москве и Петербурге уже активно велись работы не только в первых степенях иоанновского масонства, но и в «Теоретической степени Соломоновых наук».
В 1802 А. А. Жеребцов открыл в Петербурге ложу «Соединенные друзья», работавшую по французской системе и состоящую на первых порах из петербургской знати. Членами этой ложи были великий князь Константин Павлович, граф Станислав Костка Потоцкий (впоследствии министр исповеданий и народного просвещения в Царстве Польском), А. Х. Бенкендорф, с 1810 года – министр полиции Александр Дмитриевич Балашов, реформатор масонства Игнатий Аврелий Фесслер и др.
Комитет, назначенный правительством для просмотра актов и обрядников, указал на дух вольномыслия французской системы, который при соответствующих условиях может отчетливо проявиться, и задержал разрешение на масонские работы. В свою очередь А. А. Жеребцов заявил, что его ложа никаких отношений с французскими масонам не имеет. Однако решение комитета уже нельзя было отменить, и в 1812 петербургская французская ложа Соединенных друзей была вынуждена присоединиться к директориальной ложе шведского обряда «Владимира к Порядку», чтобы продолжить свои работы.
Эти три направления – розенкрейцерство, шведская и французская системы – выступали основными действующими лицами в масонской истории перед 1812 годом. Были и другие направления, но они не оказали существенного влияния на развитие масонского движения в России. Тем не менее, необходимо отметить, что французская система не оказала того устойчивого влияния на характер философского мировоззрения масонов, какое было у розенкрейцеров и у братьев шведской системы. Главенство и лидерство начиная с 80-х годов екатерининского времени принадлежало именно им.
Во время и после войны 1812 года в русском обществе обострились национально-патриотические чувства. Это не преминуло сказаться на характере масонской деятельности, и, прежде всего на том, что в организационном строении масонских лож занимала ведущую и определяющую роль, как тогда говорили, «русская партия». Естественно, что подобное отношение вызывало недовольство нерусских масонов. Знакомство в ходе войны с Западной Европой усилило внимание дворянских кругов к вопросам демократических реформ. Идеи либерализма и демократизма начали проникать и в масонские ложи, расшатывая патриархальные устои шведской системы и розенкрейцерства.
В июле 1814 мастер ложи «Петра к Истине» Егор Егорович Эллизен (так на русский манер назвали Иоганна Георгия Давида Эллизена) написал знаменитое в истории отечественного масонства письмо к великому мастеру директориальной ложи «Владимира к Порядку» В. И. Беберу. В нем он ставил под вопрос необходимость и целесообразность существования высших степеней и подчеркивал, что подлинное масонство связано с тремя степенями иоанновского масонства. Это письмо явилось формальным поводом к тому, чтобы поставить действительно назревшие проблемы в масонском движении России.