В состав управления Абвер-заграница входили три основных отдела: Абвер-1, Абвер-2, Абвер-3, Аусланд и Центральный.

Основными задачами отдела Абвер-1 являлись сбор разведывательной информации об армиях, военно-воздушных силах и военно-морских флотах иностранных государств, экономическом положении стран мира (стратегические запасы, выпускаемая продукция для военных нужд, состояние оборонной промышленности). Кроме того, этот отдел занимался радиоперехватом сообщений противника, изготовлением документов прикрытия и оперативной техники, обеспечением связи с закордонной агентурой, а также подготовкой агентов-радистов.

Абвер-2 — организация диверсионно-террористической деятельности, разработка и изготовление средств террора и диверсий, подготовка и заброска в советский тыл агентов для совершения диверсионно-террористических актов, формирование из немцев, проживающих на территориях стран-противников, спецподразделений для захвата стратегически важных объектов.

Абвер-3 — контрразведывательная работа в вооруженных силах фашистской Германии, военно-административных и военнохозяйственных учреждениях и на объектах оборонного значения. Этот отдел занимался дезинформацией противника через свою агентуру, руководил радиоконтрразведывательной службой и обработкой перехваченных радиограмм.

Аусланд (иностранный отдел) занимался изучением экономики, внешней и внутренней политики иностранных государств. Разрабатывал вопросы взаимоотношений немецкой армии с зарубежными армиями.

Центральный отдел занимался комплектованием кадров, материальным и финансовым обеспечением, мобилизационной работой.

Практическую разведывательную, контрразведывательную и диверсионную работу проводили периферийные органы абвера — Абверштелле, которые создавались при каждом военном округе, подчинялись непосредственно управлению Абверзаграница и согласовывали свою работу с разведывательными отделами (1Ц) штабов военных округов. Первоначально были созданы Абверштелле Берлин и Абверштелле Кенигсберг, впоследствии Абверштелле Краков, Абверштелле Вена, Абверштелле Бухарест, Абверштелле София, Абверштелле Остланд, Абверштелле Украина, Абверштелле Юга Украины, Абверштелле Крым.

В нейтральных и союзных с Германией странах действовали выполнявшие разведывательные и контрразведывательные функции подразделения «Кригсорганизацион».

Так, например, в Шанхае дислоцировался центр немецкой военной разведки на Дальнем Востоке — Кригсорганизацион Дальний Восток. Его сотрудники работали под прикрытием дипломатических, торговых, научных и других представительств и занимались сбором военно-политической информации о советском Дальнем Востоке.

Весной 1941 г., накануне нападения Германии на СССР, всем армейским группировкам немецкой армии были приданы по одной разведывательной, диверсионной и контрразведывательной команде абвера, а армиям — подчиненные этим командам абвергруппы, которые вместе с подчиненными им разведывательными школами были основными структурами немецкой военной разведки, действовавшими на советско-германском фронте.

Штаб «Валли» — специальный орган, созданный управлением Абвер-заграница в июне 1941 г. для организации разведывательно-диверсионной работы против Советского Союза, имевший в своем составе следующие подразделения.

Отдел «Валли-1» — руководство военной и экономической разведкой на советско-германском фронте. В подчинении «Валли-1» находились разведывательные команды и группы, приданные штабам армейских группировок и армий для ведения разведывательной работы на соответствующих участках фронта, а также команды и группы экономической разведки, проводившие сбор разведданных в лагерях военнопленных. С 1942 г. в непосредственном подчинении «Валли-1» находился специальный орган «Зондерштаб Россия», проводивший агентурную работу по выявлению партизанских отрядов, антифашистских организаций и групп в тылу действующей немецкой армии.

Отдел «Валли-2» — руководство абверкомандами и абвергруппами по проведению диверсионных и террористических актов в частях и соединениях Красной армии, в войсках НКВД, а также в тылу действующей армии.

Отдел «Валли-3» — руководство контрразведывательной деятельностью подчиненных ему абверкоманд и абвергрупп по борьбе с советскими разведчиками, партизанским движением и антифашистским подпольем на оккупированной территории СССР в тылу Красной армии.

В занятых вермахтом крупных городах, имевших важное стратегическое и промышленное значение, таких как Таллин, Ровно, Минск, Киев и Днепропетровск, дислоцировались местные отделения контрразведки — Абвернебенштелле (АНСТ), а в небольших городах, расположенных недалеко от границы и удобных для заброски агентуры, располагались их филиалы — Аусенштелле. В крупных гарнизонах, укрепрайонах и отдельных промышленных центрах действовали представители ACT и АНСТ — абверофицеры, занимавшиеся контрразведывательной работой среди местного населения, в воинских частях и на промышленных предприятиях.

До лета 1942 г. на советско-германском фронте действовали три армейские группировки, именовавшиеся вначале армейскими группировками А, Б и Ц, или группировками Зюд (Юг), Митте (Центр) и Норд (Север). Приданные этим группировкам разведывательные абверкоманды именовались абверкомандами 1А, 1Б и 1Ц или абверкомандами 1 Зюд, 1 Митте, 1 Норд. Диверсионные команды имели аналогичные наименования с добавлением цифры 2 (абверкоманда 2А и т. д.), а контрразведывательные команды — цифры 3 (абверкоманда ЗА и т. д.). Эти же команды одновременно носили наименования по позывным своих радиостанций («Меркурий», «Сатурн», «Орион», «Марс», «Нептун»).

Летом 1942 г. были сформированы армейские группировки Зюд А, Зюд Б и Дон, к которым по линии абвера были приданы новые абверкоманды и абвергруппы. К этому же времени относится и изменение наименований абверкоманд и абвергрупп, — им была присвоена новая нумерация. Разведывательные команды и группы получили нумерация от 101 и выше, диверсионные — от 201 и выше, контрразведывательные — от 301 и выше, экономической разведки — от 150 и выше.

Кроме абверкоманд, в непосредственном подчинении штаба «Валли» находились Варшавская школа по подготовке разведчиков и радистов, а также разведывательная школа в местечке Ни-дерзее (Восточная Пруссия) с филиалом в г. Арисе, организованная в 1943 г. для подготовки разведчиков и радистов, оставляемых в тылу наступающих советских войск.

В 1944 г. при реорганизации органов абвера отделы «Валли-1», «Валли-2» и «Валли-3» вместе со своими подчиненными органами вошли в состав Военного управления и VI Управления РСХА, получив новые наименования: Руководящий фронтовой разведывательный орган на Востоке; подчиненные им абверкоманды и абвергруппы стали называться «Фронтауфклерунгскомандо» и «Фронтауф-клерунгсгрупп», сохранив прежнюю нумерацию.

В своей практической деятельности команды, созданные по линии отдела «Валли-1» (Абвер-1) занимались сбором разведывательных данных о частях Красной армии и войск НКВД, оборонительных сооружениях на участках фронта армейских группировок. За время войны на советско-германском фронте действовало шесть разведывательных абверкоманд: 101, 102, 103, 104, 105 и 106, в подчинении каждой находилось от 3 до 6 абвергрупп.

Контрразведывательный орган «Зондерштаб Р» («Особый штаб Россия») был создан абвером в 1942 г. и находился в непосредственном подчинении начальника «Валли-1». Штаб дислоцировался в Варшаве и занимался агентурной разведкой и разложением партизанских отрядов, выявлением лиц, связанных с партизанами, подпольных антифашистских групп и организаций. С октября 1943 г. на «Зондерштаб Р» было возложено проведение агентурной разведки в тылах советских войск.

Для проведения разведывательных и диверсионно-террористических акций были сформированы подразделения специального назначения. В 1939 г. в местечке Слияч в Чехословакии отделом Абвер-2 была сформирована рота специального назначения, позже была преобразована в батальон, дислоцирующийся в г. Бранденбурге. Весной 1940 г. батальон переформирован в полк особого назначения «Бранденбург-800», а в ноябре 1942 г. на базе полка была сформирована дивизия специального назначения «Бранденбург-800», состоявшая из штаба дивизии и пяти полков (801,802, 803, 804 и 805).