Несмотря на раскол флота, гибель кораблей и поражение матросской антибольшевистской оппозиции в начавшейся широкомасштабной Гражданской войне, роль военных моряков продолжала оставаться высокой. Связано это было с общим укреплением советской власти и потребностью во флоте как в военной силе (и для «красных», и для «белых»). Моряки продолжали играть авангардную роль как в проявлениях героизма в боевых действиях, так и в процессах, сопровождавших ход Гражданской войны. Стремление к крайним мерам на начальном этапе этой войны особенно выразилось в принятии политики террора. В начале сентября 1918 года, как известно, в связи с покушениями на В.И. Ленина и другими громкими террористическими актами лета 1918 года, в каждом из которых имелось определенное матросское участие, политика «красного террора» была официально распространена на всю страну. Наибольшие жертвы и длительность она имела в Петрограде и Кронштадте. Однако здесь матросы были и в числе первых, кто стал ощущать вред этой политики и противодействовать ей. Надо сказать, что заметный след в Гражданской войне оставила и политика «белого террора». Здесь обое стороны проявили неоправданную жестокость. К сожалению, в этом принимали участие и военные моряки.

Конец 1918 года характеризовался новым всплеском революционных настроений на флоте. Он был вызван окончанием Первой мировой войны, революцией в Германии (начатой там тоже матросским восстанием) и надеждами на давно ожидавшуюся мировую революцию. Заметной формой проявления таких настроений на флоте в этот период было шапкозакидательство при проведении военных операций. Так, полным провалом закончилась попытка с помощью действий балтийских кораблей подтолкнуть революцию в Эстонии в конце декабря 1918 года.

Этот этап, сопровождаемый новыми разочарованиями в мировой революции, привел и к новому разочарованию политикой большевиков. На флоте, как отражение общей обстановки, вновь оживились оппозиционные настроения. Только теперь они отражали негативное отношение к Гражданской войне, лозунг «довольно братской крови», дезертирские настроения, особенно распространенные тогда на северо-западе страны. Результатом таких настроений в связи с приближением «белых» к Петрограду стало известное восстание военных моряков на форте Красная Горка в июне 1919 года. Восставшие наивно рассчитывали на помощь и равноправные отношения с английским флотом и «белыми». Однако последние помнили матросские самосуды над офицерами и действенной помощи не оказали. Поэтому восстание быстро потерпело поражение.

Большую роль в первой половине 1919 года продолжал играть матросский фактор в Украине. Здесь освобождение от немецкой оккупации приняло характер «Украинской Октябрьской революции», в которой матросы в Восточном освободительном потоке, направленном к приморским городам, играли авангардную роль, во многом подобную 1917 году в Петрограде. «Северные» и «южные» матросы слились главным образом в феврале 1919 года в 1-й Заднепровской дивизии под командованием П.Е. Дыбенко с комбригами Н.И. Махно и Н.А. Григорьевым. Причинами успеха их действий были как анархическая обстановка, вызванная многократной сменой властей в Северном Причерноморье, так и известные леводиктаторские методы руководства Москвы. В ходе этих выступлений матросская масса пережила очередной раскол, но в то же время рождала подлинно демократические элементы в Гражданской войне. Они особенно проявились в крупном выступлении флотского полуэкипажа в Николаеве в конце мая 1919 года, лозунги которого во многом предвосхитили лозунги Кронштадтского восстания 1921 года.

В ходе разгрома деникинских войск и выхода Красной армии в Причерноморье в начале 1920 года вновь возрастает значение флотского фактора. Вновь начинается процесс создания «красных морских сил», в котором ведущую роль играют прибывающие балтийские моряки и военспецы. Они занимают разного рода командные и комендорские должности по всему побережью и на имеемых немногочисленных судах. Однако влияние т.н. «таврических матросов», у которых имелись даже свои партизанские флотилии, и махновцев, вблизи столицы которых (Гуляй-Поля – Мариуполя) создается «главная морская сила красных на Юге» – Азовская флотилия, – также возрастает. В связи с этим возрастают «партизанщина» и подозрительность к военспецам во врангелевских симпатиях. Это способствует разобщенности действий, дилетантству, ряду военно-морских неудач, в частности, необоснованной сдаче Мариуполя и т.п.

Вместе с тем в этот период возрастают недоверие и подозрительность советских властей и сухопутного командования не только к махновцам, но и к военным морякам за их левизну, сепаратизм и махновские симпатии. На этой почве происходит необоснованная гибель на сухопутном фронте Морской дивизии, ядро которой составляли собранные со всех флотов и флотилий политически закаленные матросы – ветераны революционных событий 1917—1918 годов. На завершающем этапе Гражданской войны в освобождении Белого Крыма, держащегося своим островным положением, Красный флот далеко не сыграл той роли, которую мог бы сыграть.

Наступил 1921 год. И военно-морской флот впервые мощно выступил против советской власти, которую он вместе с большевиками устанавливал в ходе октябрьского переворота в 1917 году. Кронштадтское восстание марта 1921 года имело разнообразный социальный состав участников, отражающий демократическую основу восстания. Ведущую роль играли сознательные элементы матросской массы, незадолго до восстания вышедшие из РКП(б), ядро которых находилось среди закаленных в революционных политических битвах старослужащих матросов линейных кораблей. Восстание почти полностью поддержали военспецы из бывших офицеров, но они играли подчиненную роль. Основную массу восставших составляли молодые матросы, около половины которых были призывники из районов, захваченных махновским движением. Молодые матросы, стремясь следовать революционным традициям старослужащих и авангардной роли флота и Кронштадта, чаще других инициировали выступление. Широким социальным слоем среди молодых матросов были т.н. «клешники», отражавшие анархический протест существовавшей власти на бытовом и дисциплинарном уровне.

Главные причины Кронштадтского восстания вытекали из того, что оно было логическим продолжением всей предшествующей революционной истории крепости. В выражении социального протеста в стране, вызванного кризисной обстановкой начала 1921 года, кронштадтцы, как и прежде, стремились играть авангардную роль. Однако именно эта роль теперь уже настораживала значительные слои населения, испытывавшего разочарования в революции вообще, что отрицательно сказалось на их поддержке демократических лозунгов восставших. Среди военных моряков имели место накануне и в ходе восстания переоценка своей авангардной роли и новые симпатии к анархизму. Восстание военных моряков в Кронштадте явилось символом начала протеста против установившегося характера советской системы в рамках ее самой, демократической альтернативы ее развития.

Сделаем важный вывод по участию военных моряков в бунтарских событиях в России в начале XX века. Увы, используя особые качества и потенциалы военных моряков, российские политики часто в борьбе за власть безответственно использовали бунтующую матросскую силу. А придя к власти, боясь ее большой бунтарской мощи, давили этих активных участников своих бунтарских битв всеми возможными способами. И получается, что флот оказывался заложником в руках политиков и революционных вождей.

Не только матросская масса (нижние чины) участвовала в российских революциях. Среди участников были и офицеры. Но подавляющая часть офицерского состава российского флота всегда оставалась верной присяге. Однако все важные протестные события на флоте существенно отражались на офицерской службе и часто ломали не только ее, но и всю жизнь офицера. Так, Великая российская революция 1917 года расколола российский флот на «белых» и «красных», которые в годы Гражданской войны воевали друг против друга. Очень много офицеров императорского флота поддержали советскую власть, другие вынуждены были ее признать и пойти служить в Красный флот.