Дьяк конюшенного ведомства Иван Шепелев был поспешно снаряжен в Свято-Кирилловский монастырь с поручением освободить Никона и препроводить в Воскресенский монастырь.

Сложилась легенда, будто за несколько дней до неожиданного прибытия этого агента Никон приказал готовиться к отъезду, так что окружающие подумали, что он лишился рассудка.

Никон отплыл по реке Шексне крайне слабым; вместо того чтобы подняться по Волге, как ему предлагал Шепелев, он предпочел спуститься до Ярославля. Прибрежное население восторженно приветствовало его. 16 августа 1681 года он прибыл в монастырь, смежный с Ярославлем. Почувствовав себя дурно, Никон приказал остановиться здесь и на следующий день скончался. Ему было тогда около семидесяти пяти лет.