Будущий патриарх родился в 1605 году — в тот самый год, когда в Москву победоносно вступил во главе польских войск первый Лжедимитрий.

Родители Никона были бедные крестьяне из деревни Вельдеманово Нижегородской области: в соседнем селении, Григорове, вскоре явился на свет самый опасный из противников, с которыми впоследствии пришлось бороться Никону, — протопоп Аввакум, самая оригинальная и могучая фигура этой эпохи.

Отца Никона звали Миной; сам он при крещении получил имя Никиты. Рано потеряв родную мать, он много выстрадал от мачехи Ксении, отличавшейся взбалмошным и жестоким характером. Одно время опасность угрожала даже жизни несчастного ребенка. Тем не менее ему удалось как-то научиться читать и писать; благодаря этим познаниям он нашел себе убежище в монастыре св. Макария в Желтоводах. Когда ему исполнилось двадцать лет, родители заставили его жениться и выхлопотали ему приход, откуда, быстро приобретая репутацию знающего и энергичного священника, он был переведен в Москву.

Тоска по монастырскому обиходу или честолюбие, не примиряющееся с ограниченными видами на будущее, вскоре принудили его, однако, отказаться от карьеры, закрывающей, как известно, белому православному духовенству доступ к высшим постам в церкви. Будучи уже отцом троих детей, он полюбовно разошелся со своей женой, постригшейся в московском монастыре св. Алексея, а сам перешел в монашество под именем Никона и, стремясь к аскетической жизни, поселился в монастыре на берегу Белого моря.

В 1643 году Никон уже достиг звания игумена в Кожеозерском монастыре Новгородской епархии Каргопольского уезда, а в 1646 году, вернувшись в столицу по делам своей общины, привлек к себе внимание царя Алексея Михайловича.

Задержанный царем, он стал архимандритом Святоспасского монастыря, усыпальницы дома Романовых. Каждую неделю, но пятницам, Никона приглашали служить заутреню в дворцовой церкви государя, который привык подолгу беседовать затем с архимандритом.

Так завязались между этими двумя деятелями отношения, чреватые единственным в своем роде последствием для национальной истории. Алексей Михайлович, начавший уже называть Никона своим «собинным другом», предоставил ему должность, которая в предыдущем веке выдвинула любимца царя Ивана IV Адашева, — по приему подаваемых на имя царя прошений. Затем, когда московские волнения из-за налога на соль и из-за лихоимства и его присных перебросились в Новгород, Алексей послал туда Никона.

Возведенный в сан митрополита и снабженный самыми широкими полномочиями, Никон оправдал царское доверие. Он проявил выдающуюся энергию и распорядительность. Когда возник голод, он организовал в митрополичьем доме раздачу хлеба и денежных пособий, создал убежища, улучшил содержание тюрем. Не пренебрегая вместе с тем делами своей епархии, Никон произвел первый опыт церковной реформы: он ввел в Софийском соборе греческое пение, потребовал выписать певчих из Киева. Составленный им хор вскоре приобрел такую известность, что царь выразил желание послушать его; придя в восхищение, Алексей Михайлович по совету своего духовника Бонифатьева предложил столичному духовенству перенять это новшество. Патриарх Иосиф упорно воспротивился. Церковный обиход остался прежним, но реформа была, в сущности, лишь отсрочена; царь отложил ее до завершения пересмотра административных и судебных законов. «Уложение» было закончено в апреле и опубликовано в мае 1649 года.

В 1650 году в Пскове и затем в Новгороде вспыхнули бунты, направленные против шведов и вообще «немцев»; в Пскове народ расправился со шведским агентом, прибывшим за деньгами и хлебом, которые должны были быть выданы по мирному договору. В Новгороде не было шведов; бунтари обрушились поэтому на датского агента Краббе, рассчитывая отобрать у него деньги, предназначенные для иноземцев. Обыск его вещей разочаровал бунтовщиков; они напали тогда на некоторых богатых сограждан и подвергли их дома разграблению. Новгородский воевода князь Федор Хилков после неудачной попытки оказать им сопротивление искал спасения во дворце митрополита.

Сведения, дошедшие до нас об этом событии, весьма темны и противоречивы. Митрополит Никон описал этот эпизод в послании к царю; но его указания не внушают особенного доверия, обнаруживая явное намерение автора выдвинуть по этому поводу свою роль и свою личность. Документ тем не менее весьма любопытен; он рисует будущего патриарха подверженным галлюцинациям. Быть может, он искренне верил в них, хотя видения оказались подобранными весьма искусно. Никон уверяет, что в соборе святой Софии созерцал видения, которые предупредили его о предстоящем испытании. Образ Христа, оживившись, возлагал на его голову мученический венец. Если отбросить мистические предзнаменования, можно предположить, что нападение на митрополичьи покои было вызвано слишком энергичным образом действий властного Никона. Он заступился за правительственного пристава, захваченного и высеченного бунтарями, которые бросились тогда в покои митрополита, подвергнувшегося жестоким побоям. Никону пришлось слечь; он харкал кровью и, если верить ему, готовился к смерти. Обладая, однако, несокрушимым здоровьем, он хворал не особенно долго. А новгородские бунтари, последовав примеру псковских, послали в Москву уполномоченных, которые должны были оправдать их действия.

Алексей, следуя дипломатическим традициям московской политики, остерегся проявить свое недовольство. Он лично принял послов и произнес длинную речь, содержавшую защиту его как правителя. В то же время, вместо того чтобы послать в Новгород сильный отряд для подавления бунта, он отправил туда лишь парламентера со слабым прикрытием. Он завязал даже переговоры с одним из вождей восстания, Федькой Негодяевым, который исходатайствовал, чтобы Никону был послан суровый выговор за церковные новшества, которые будто бы возмутили население.

Хитрость завершилась блестящим успехом. Федьке удалось ввести в город небольшой отряд князя Ивана Хованского; царь тотчас же переменил тон, приказав наказать различными карами некоторых бунтовщиков. Поспешность расправы была так велика, что некто Фома Меркурьев был приговорен к наказанию в то самое время, когда ему выражалась признательность за то, что он защищал воеводу и митрополита!

Новгородский митрополит, влияние которого казалось временно пошатнувшимся, вышел из этого испытания еще более укрепленным. Он подготовил одну из самых блестящих побед, которые когда-либо одерживала церковь в своем извечном соперничестве со светскою властью.

Алексей не замедлил раскаяться в том, что опорочил авторитет и поведение избранника, удостоившегося пророческих видений. В 1651 году он вызвал его в Москву и совершенно подпал под его влияние.

Царь имел пристрастие к религиозным церемониям, удовлетворявшим одновременно его мистические и художественные наклонности. Никон искусно использовал эти влечения, порадовав царя торжеством по случаю перенесения в Москву останков двух мучеников «смутного времени», патриархов Гермогена и Иова. Затем дошла очередь до мощей святого Филиппа, павшего в неравной борьбе с Иваном Грозным. Светской власти пришлось примириться с посмертным торжеством подвижника церкви. Царь письменно изложил свою скорбь о преступлении, совершенном его прадедом с материнской стороны. Переписка Алексея Михайловича с новгородским митрополитом свидетельствует о необычайном подчинении духа; властный темперамент Никона, казалось, лишил набожного молодого государя не только воли, но и сознания своего достоинства. Он преклоняется, как ученик перед суровым учителем, трепещет, как самый смиренный из кающихся перед священником.

Молодость и повышенная впечатлительность поясняют это необычайное явление. Алексей как раз в это время был глубоко потрясен смертью патриарха Иосифа. Царю приписывали намерение низложить Иосифа — алчного, скупого, небрежного к своим обязанностям. Алексей, быть может, действительно подумывал иногда об этом и испытывал поэтому угрызения совести. Проникнув в покой, где лежало покинутое всеми тело патриарха, он испугался почти до потери сознания. Преодолев свое волнение. он стал молиться у изголовья усопшего. Вдруг раздался звук, вызванный разложением трупа; Алексей содрогнулся, хотел убежать; но снова подавил свое смущение, и тогда практический здравый смысл внушил ему необходимость выполнить еще одну обязанность: патриарх оставил значительные богатства — если царь не позаботится оградить их, не уцелеет и половина. И вот государь приступил к собственноручному составлению подробной описи. Он обнаружил огромное количество драгоценных чаш. старательно завернутых, по московскому обычаю, в три или четыре бумаги. Алексей своими руками разворачивал их. Некоторые предметы, признается он, соблазняли его, но он преодолел искушение. Работая таким образом, он оплакивал усопшего; Алексею удалось совершенно забыть о его недостатках. В то же время он всею своею растроганной душой устремился к тому иерарху, который пленил его своим выдающимся умом и силою характера и которого он прочил в преемники Иосифу.