Поскольку снабжение колоний оружием осуществлялось нерегулярно и без определенной программы, то вооружение служащих компании было зачастую весьма пестрым. К судну В. М. Головнина в 1810 году подъехали промышленные, «вооруженные саблями, пистолетами и ружьями». Начальник якутатской крепости подарил индейскому вождю шпагу-трость, сохранившуюся до настоящего времени. После первого столкновения с облаченными в доспехи тлинкитами А. А. Баранов потребовал присылки ему кольчуг и панцирей. В особенно невыгодном положении оказывались промышленные при рукопашных схватках, которые были в такой чести у тлинкитов. Подобный паритет в вооружении (а то и перевес в нем на сторону тлинкитов) русских при явной слабости его у алеутов и индейцев-союзников является одной из главных особенностей русской колонизации северо-западного побережья. Это, в сочетании с малочисленностью собственно русских – служащих РАК, во многом объясняет тот факт, что в первые два десятилетия компании инициатива в военных действиях нередко была в руках индейцев. За весь период вооруженных столкновений компания предприняла лишь одно наступательное действие – знаменитый поход Баранова на Ситку в 1804 году, для осуществления которого пришлось напрячь все силы и даже использовать помощь извне (прибытие «Невы» под командованием Ю. Ф. Лисянского). В большинстве случаев русские предпочитали действовать путем комбинации из войны и дипломатии, и на этом поприще приказчики и комиссионеры РАК стали настоящими мастерами. В результате такого подхода к 1818 году тинклитов, как и чукчей ранее, удалось постепенно замирить, сделав их подданными либо союзными (в зависимости от клана) империи. Вопросы войны и мира у тлинкитов решались советом мужчин клана. Помимо того, предводитель похода (обычно клановый вождь, его брат или племянник) совещался с шаманом, который провидел планы противника и боролся с враждебными духами. Как правило, военные походы совершались по морю. Архимандрит Анатолий писал, что тлинкиты, «отличаясь храбростью и неустрашимостью… предпринимали нередко походы морем… подобно викингам, на огромные расстояния, причем в одни сутки, при благоприятной погоде, проезжали по 150 и 200 миль, то есть около 300 верст». Размеры флотилий могли достигать нескольких десятков батов – этим якутским словом русские по привычке называли боевые каноэ тлинкитов (яку). Иногда столкновения враждующих сторон происходили на море, как то случилось в битве хуцновцев и стикинцев у современного острова Врангель. В таких случаях особое значение приобретали мореходные качества батов, умелое управление ими, опытность кормчих и слаженность действий команды. Скрытно подплыв к враждебному селению, воины высаживались на берег, облачались в доспехи и раскрашивали лица черной краской – «в цвет смерти». На рассвете они нападали на селение, убивая мужчин и захватывая в плен женщин и детей. Пленников обращали в рабство, но могли освободить за выкуп. Пребывание в неволе считалось позорным, особенно для благородных анъяди, и после освобождения им следовало пройти через очистительные ритуалы. Подобные же обряды в бане-потельне совершали и вернувшиеся из похода воины. Заключение мира сопровождалось взаимным обменом заложниками. Число их обычно бывало два, четыре или восемь, а назывались они оленями (quwaka’n), «так как олень – кроткое животное и представляет собою мир». То были люди знатные, и считалось честью войти в их число. Прибывшим в конце XVIII столетия в страну тлинкитов русским промышленным поневоле пришлось постигать сложные обычаи войны и мира аборигенов и в полной мере считаться с ними.

Первая встреча русских мореплавателей с тлинкитами относится к июлю 1741 года, когда 15 моряков с пакетбота «Св. Павел» пропали без вести в районе бухты Таканис на острове Якоби. Судьба пропавших моряков так и осталась неясной, как и точное место происшествия. Выдвигалось предположение о гибели их от рук индейцев. Однако наиболее распространенной является версия о гибели обеих шлюпок Чирикова в прибрежных бурунах, как то произошло в заливе Льтуа со шлюпками экспедиции Лаперуза в 1786 году. По другим версиям, пропавшие были перебиты индейцами или же уцелели и поселились среди них. Следующая встреча состоялась в июне 1788 года, когда шелиховский галиот «Три Святителя» под командованием штурманов Г. Г. Измайлова и Д. И. Бочарова вошел в Якутатский залив. Встреча эта прошла вполне мирно. Результаты этого плавания дали Г. И. Шелихову возможность выставить в выгодном свете свою деятельность перед государственными чиновниками, чтобы добиться для своей компании новых государственных субсидий и привилегий. По мере продвижения русских промысловых партий к югу тлинкиты принимали их все более и более неприветливо. Кроме того, что партовщики опустошали их традиционные охотничьи угодья, индейцев раздражало и то, что в состав этих партий входили не только кадьякцы и алеуты, но и их традиционные враги – эскимосы чугачи. Сами же тлинкиты в тот период весьма активно, как и следует экспансионерам-завоевателям, расширяли на севере собственную сферу влияния, включив уже в нее индейцев эяков. Всем этим и объясняется тот факт, что если первые встречи с русскими мореплавателями, посещавшими их земли с исследовательскими и торговыми целями, проходили у тлинкитов мирно, то открытие на их территории активного промысла и строительство опорных баз компании быстро привело к вооруженным столкновениям. Первое из них, впрочем, произошло в результате случайной встречи русской экспедиции с одним из тлинкитских военных отрядов. В ночь на 21 июня 1792 года воины Якутат-куана, вышедшие в набег против чугачей, атаковали встретившийся им на пути лагерь партии А. А. Баранова на остров Нучек. Индейцы подобрались к спящему лагерю в излюбленное ими для нападений время: «в самую глубокую ночь пред зорею». Хотя в карауле и стояли пять человек, но «за мрачностию ночи» тлинкитов заметили, только когда те были уже в десяти шагах. Со всех сторон ворвались индейцы в лагерь, пронзая копьями палатки и выбегающих оттуда полусонных людей. Шагнув из ночного мрака в своих диковинных доспехах, они казались русским «подлинно… страшнее самых адских чертей». Ружейная стрельба не могла сдержать их натиска, «ибо одеты они были в три и четыре ряда деревянными и плетеными куяками и сверху еще прикрывались лосиными претолстыми плащами, а на головах [имели] со изображением лиц разных чудовищ претолстыя шишаки, коих никакие пули наши не пробивали». Русские стали было метить по головам, но и тут пули были бессильны против этих страшных неприятелей.

Положение Баранова было тем более опасным, что больше половины из его людей было новичками-аборигенами, которым не приходилось еще попадать в подобные переделки. Тлинкиты же, «наблюдая совершенный порядок в движениях по голосу одного повелевающего, стройно к нам приближались, а часть только отделенная бегала туда и сюда, причиняя вред нам и иноверцам». Баранов выбежал со сна в одной рубахе, которая тотчас оказалась проколота индейским копьем. Чугачи и кадьякцы, видя, что их оружие бессильно против доспехов тлинкитов, в панике бросились к байдарам и поспешно отвалили от берега, а те из них, кто остался на берегу, «теснясь в нашем стане, отнимали действие рук». Даже три залпа из однофунтовой пушки не могли опрокинуть рвущихся вперед тлинкитов: «Два часа они стояли, и мы огонь по них производили до самого рассвета». Затем они отошли, унося своих раненых. Русских спас боевой опыт и канатные нервы нескольких опытных ветеранов. Баранов подсчитал потери. Из русских погибло двое, кадьякцев же пало 9 человек и еще 15 было ранено. Тлинкиты, отступая, оставили на поле боя тела 12 своих воинов. Встревоженный Баранов поспешил с возвращением на Кадьяк, опасаясь внезапного вторжения тлинкитов в Кенайский залив. Тотчас после такой встречи Александр Андреевич срочно затребовал у правления компании присылки оружия: «колчуг или пансырей сколко можно более… и ружья со штыками весма нужны в опасных случаях, сколко нибудь гранат и поболше пушки». С тех пор до самого конца своего пребывания в Америке Баранов не расставался с кольчугой, носимой им под верхней одеждой.