Тим часом турботи уряду про введення унії, подібно до селянських і козацьких заворушень, що саме розпочалися, робили становище краю все тривожнішим. Через невдоволення населення жорсткі дії польського уряду та партій, які він підтримував, спричиняли все різкіші спалахи в народних масах. Збиралася повільна гроза, яка мала сорока роками пізніше вибухнути страшною катастрофою; але для людей гарту Ходики майбутнє країни було байдужим: зазвичай, люди безпринципні, для яких найважливішим є задоволення винятково особистих інтересів, зосереджують усю свою увагу та діяльність на сьогоденні, про майбутнє вони не думають, чим більш неясний і тривожний загальний стан суспільства, тим зручніше їм кидатися на поживу.
В обстановці накопиченого роздратування і у місті, і на всій Київщині, 1609 року київським воєводою був призначений чоловік рішучий і крутої вдачі, але вельми енергійний, розпорядливий і з репутацією досвідченого адміністратора та вмілого полководця. Це був Станіслав Жолкевський. Федір Ходика зумів добитися його прихильності, представляючи своїх супротивників — війта Балику та міську партію, що його підтримувала, зловмисними бунтівниками, що добивалися популярності і тому були прихильними до незаконних інстинктів міської черні. Окрім іншого, були дві справи, у яких війт і магістрат своєю пасивною поведінкою спричинили невдоволення властей: одна з них полягала у бездіяльності міського уряду в питанні про передачу православної церкви уніатам і навіть у непрямій підтримці православного духівництва, інша — в тому, що магістрат ухилявся від витрат на відновлення укріплень київського замку. У зв’язку з тривожним становищем у краї, на сеймі 1607 року було вирішено знову відбудувати та зміцнити київський замок і воєводі було доручено покласти витрати на жителів воєводства, переважно на багату міську громаду; але ні населення, ні магістрат не бажали витрачати свої кошти на побудову укріплень, спорудження яких вони, звичайно, не вважали надто бажаним для себе. Обидві справи відразу ж поставили магістрат у неприязні стосунки з воєводою і, разом з тим, стали точками зближення між воєводою та Федором Ходикою і його партією.
Тим часом, розраховуючи на підтримку нового воєводи, уніатське духівництво вирішило діяти сміливіше. У Києві вже кілька років проживав уповноважений офіціал уніатського митрополита Потія, певний Антоній Грекович. 1605 року Грекович, що був тоді лише дияконом, підлягав духовному суду за якийсь скандал, «ексцес», здійснений у стінах монастиря. Ймовірно, він і поплатився б за своє правопорушення, якби Потій, маючи на увазі його відданість унії, не захистив його своєю опікою. Незабаром прихильність до нього Потія зросла настільки, що, швидко підвищуючи свого улюбленця в чинах, він, врешті, зробив його своїм офіціалом і доручив важливу справу — відібрати у православних у Києві церкви та монастирі. Спершу це доручення видавалося дуже складним: Грекович зумів заволодіти, і то не без великих перепон, лише Видубицьким монастирем і, постійно зустрічаючи відмову духівництва та невдоволення населення, не знав, що чинити далі. Але після призначення воєводою Жолкевського він заручився підтримкою міського уряду і вирішив діяти енергійніше. В неділю, на першому тижні великого посту, 1610 року, коли всі приходські священники міста зібралися для проведення собором церковної служби в храмі святої Софії, туди з конвоєм з’явився Грекович, він пред’явив грамоту Потія, що призначала його митрополичим намісником, і, коли духовні не згодилося визнати його, він вигнав їх із церкви, прийняв храм у своє відання та опечатав його. Ці дії викликали величезне обурення народу, присутні в церкві війт Яцько Балика, бурмистри Матвій Мачоха і Денис Мартинович та інші члени магістрату протестували проти вчинку Грековича, оголосили, що місто не визнає його духовної влади, і з погрозами покинули церкву. Того ж дня ввечері натовп народу зібрався біля Видубицького монастиря і один козак з цього натовпу вистрілив із мушкета в Грековича: той ледве встиг урятуватися, вибігши з монастирської огради та сховавшись на березі Дніпра. Духівництво, магістрат, православна шляхта Київського монастиря і козаки, що перебували в Києві, подали скарги на Грековича у гродський суд, звинувачуючи його в насиллі та порушенні порядку в церкві; натомість Потій скаржився на духівництво і членів магістрату за свавілля та докоряв їм, що вони підтримують стосунки з козаками та підбурюють їх до бунту: як доказ, Потій пред’явив листа, одержаного київським підвоєводієм від козацького гетьмана Григорія Тискиневича, в якому той погрожував «оного ростригу (Грековича), если бы умыслу свого отменити не мел, гдеж колвек сдыбавши, як пса убити». Почався тривалий процес, результат якого нам невідомий, але до його кінця не дожив київський війт Яцько Балика . 1613 року посада війта уже була вакантною і в боротьбу за неї вступили дві сильні партії: більшість міщан вибрала одного із синів покійного війта — Дениса Балику , та воєвода наполіг на затвердженні не його, а кандидата меншості — Федора Ходики. Втім, положення нового війта в магістраті було не надто надійним: більшість райців та бурмистрів належали до числа його супротивників, а міське населення ставилося до нього вороже.
Негайно ж після свого призначення Ходика підняв питання про побудову замку за міський кошт, але представники цехів та міських корпорацій відмовились від участі в цій справі; одночасно було висунута інша, цілком протилежна пропозиція, і магістрат, погодившись із ним, показав, що йде не однією дорогою з війтом. Річ у тому, що після зайняття Грековичем Софійського храму православні були позбавлені соборної церкви; бажаючи компенсувати цю втрату, магістрат вирішив відновити древню кам’яну церкву Успіння Пресвятої Богородиці, руїни якої містились на ринку (на Подолі). Ця церква була споруджена ще за київських князів, але 1482 року її спалили татари. Магістрат, цехи, багаті громадяни і «поспільство» взяли участь у зборі коштів і ревно зайнялися справою під керівництвом архітектора Себастьяна Браччі, який вже давно жив у Києві , «а дозорцею той работы был пан Созон Балыка, упрошоный от всего места». Будівництво розпочалося 13 травня, а 1 жовтня вже було завершене. Війт цілком усунувся від цієї загальноміської справи і не припиняв клопотатися зведенням замку, але лише після трирічних зусиль, завдяки постійному наполяганні воєводи, встиг, зрештою, розпочати його. 1616 року під його керівництвом розпочали планувати гору Уздихальницю, що панувала над замком , але невдовзі ця робота була припинена і Ходика змушений тимчасово відмовитися від посади війта. 1618 року Жолкевський одержав посаду канцлера і його місце на київському воєводстві посів більш м’який і толерантний Томаш Замойський, до того ж, цього ж року, завдяки політичному тактові Петра Сагайдачного, Київ підпорядкувався впливу козацького гетьмана, одночасно з цими подіями в місті були проведені нові вибори і посаду війта обійняв представник народної партії, Семен Мелешкевич .
Доки жив Сагайдачний і доки він міг опікати православну та народну партію в Києві, ми не знаходимо в документах згадок про Федора Ходику. Але після смерті козацького гетьмана, коли польський уряд знайшов за можливе повернутися в Києві до насильницьких заходів проти православ’я, він знову з’являється на сцені в попередній ролі помічника і ревнителя урядових старань про розширення унії. Вже в кінці 1621 року Ходика знову обіймає посаду війта і починає виконання свого уряду скаргою королю на київських міщан за те, що вони ухиляються від обов’язку «прикладатися до муниции замка», очевидно, він продовжує попередню тактику, піднімаючи давнє питання про спорудження і утримання київських укріплень коштом міста; точнісінько так само він поставився до іншого делікатного питання — про передачу уніатам київських православних церков. Зараз виконати цей намір було значно складніше, ніж під час зайняття Софійського собору Грековичем. Тепер, завдяки діяльності Сагайдачного, була відновлена церковна православна ієрархія; причому православ’я здобуло численних і щирих захисників — зміцніле козацтво. У небезпечності гострих заходів на власному досвіді впевнився сам Грекович. У 1618 році він пред’явив королівську грамоту, видану ще 1612 року про підпорядкування Михайлівського Золотоверхого монастиря уніатському митрополиту і збирався оволодіти ним силоміць, але 15 лютого на Звіринці був затриманий розквартированими там козаками і «против Выдубицкого монастыря под лед посажен воды пити» .
