После освобождения служил в Псковской епархии, состоял в причте псковского Троицкого собора. В 1957 году он вынужден покинуть Псков и продолжить служение на сельском приходе Рязанской епархии.
Его постоянно переводили с места на место. Он раздражал властей. В 1967 году Патриарх Алексий I подписал указ о его переводе на служение в Успенский Псково-Печерский монастырь. Вернувшись в епархию, он узнал, что, пока он был в Москве на приеме у Патриарха, было принято решение перевести его из Касимова на другой приход (уже шестой за десять лет), но оно было отменено из-за его ухода в монастырь.
С 1967 года до своей кончины жил в Псково-Печерском монастыре. С 1970 года – игумен, с 1973 года – архимандрит. Уже спустя год после того, как о. Иоанн поселился в обители, к нему стали приезжать верующие со всех концов страны – за советом и благословением. Посещали архимандрита и православные люди из-за границы. Верующие считали его старцем и почитали за высокую духовность.
Сам архимандрит Иоанн очень не любил, когда его называли старцем. Однажды говорил верующим:
«Не надо путать старца и старика. И старички есть разные, кому 80 лет, кому 70, как мне, кому 60, есть старики и молодые. Но старцы – это Божие благословение людям. И у нас нет старцев больше. Бегает по монастырю старик, а мы за ним. И время ныне такое: «Двуногих тварей миллионы, мы все глядим в Наполеоны». А нам надо усвоить, что все мы есть существенная ненужность и никому, кроме Бога, не нужны. Он пришел и страдал за нас, за меня, за тебя. А мы ищем виноватых: евреи виноваты, правительство виновато, наместник виноват. «Примите, ядите, сие есть Тело Мое» – из-за меня Он был распят. «Пийте – сия есть Кровь Моя» – из-за меня Он ее пролил. И я во всем участник. Зовет, зовет нас Господь к покаянию, восчувствовать меру своей вины в нестроениях жизни…»
В 2001 выступил против кампании по отказу от принятия ИНН, проходившей в церковных и околоцерковных кругах. Участники кампании обосновывали свою позицию, в частности, тем, что людям вместо их христианского имени присваивается номер. В своем обращении к верующим архимандрит Иоанн писал:
«Дорогие мои, как мы поддались панике – потерять свое христианское имя, заменив его номером? Но разве это может случиться в очах Божиих? Разве у Чаши жизни кто-то забудет себя и своего небесного покровителя, данного в момент крещения? И не вспомним ли мы всех тех священнослужителей, мирян-христиан, которые на долгий период жизни должны были забыть свои имена, фамилии, их заменил номер, и многие так и ушли в вечность с номером. А Бог принял их в Свои Отеческие объятия как священномучеников и мучеников, и белые победные ризы сокрыли под собой арестантские бушлаты. Не было имени, но Бог был рядом, и Его водительство вело верующего заключенного сквозь сень смертную каждый день. У Господа нет понятия о человеке как о номере, номер нужен только современной вычислительной технике, для Господа же нет ничего дороже живой человеческой души, ради которой Он послал Сына Своего Единородного Христа-Спасителя».
В 2005 году к 95-летию со дня рождения архимандрит Иоанн был награжден церковным орденом преподобного Серафима Саровского I степени. В последние годы жизни тяжело болел, практически не вставал с постели. Скончался в возрасте 95 лет. Похоронен старец, как и другие печерские монахи, в пещерах Успенского Псково-Печерского монастыря.
Его письма полны сострадательности и любви к ближнему.
Ад
«Дорогая С.!
А я Вам скажу единственный довод против всех Ваших, которые сейчас толкают Вас в ад.
Знайте, что за каждого, по воле матери нерожденного младенца те, другие, которых она родит на «радость» себе, воздадут ей скорбями, болезнями, тугой душевной. Это закон. После детоубийства нельзя ожидать благополучной жизни на земле, а уж о жизни в вечности даже и помыслить страшно. Одно слово – ад.
Ад на земле, ад за гробом. И знаете, почему это только так и не иначе'? Да потому, что делать это страшное злодеяние Вы будете в ведении, сознательно убивая ангельскую младенческую душу.
Вот и подумайте. Покайтесь, что и мысль-то появилась такая в Вашем сознании».
Благословение
Неправду говорите Вы, Т.!
Вы не хотите идти за Христом, потому что идете за своими похотями в своей жизни, попирая Христом данные законы. Кто же создает семью без благословения родителей? Кто не хочет считаться с правилами
Церкви, которые говорят, что разница в возрасте супругов допустима не больше ± 5 лет?
Нет, я не могу Вам помочь. Потому что ложь, фальшь и лукавство, которыми Вы обросли и с которыми сроднились, искореняются только личным подвигом жизни, о чем у Вас и помина нет. Поэтому, дорогая Т., повнимательнее отнеситесь сейчас к себе и начните с того, что не углубляйте тех ошибок, которые уже сделали, и остерегайтесь новых, которые уже обдумываете, – бросить учебу. А мама-то ведь была права. Трудно сочетать учебу и семейные труды.
И еще, не уходите от помощи и советов мамы. Ей дано от Господа – знать о Вас больше, чем кому-либо другому.
Болезнь и лечение
«Раба Божия Л.!
Причину болезни младенца Вы понимаете правильно. На пропаганду советскую нам ссылаться не приходится.
Дело беса – нас искушать на беззаконие, а наше дело – стоять в Истине. Родителям Н. надо осознать свои грехи и в них покаяться, после чего пособороваться и, конечно же, причащаться.
А когда Господь милостиво призрит на болящую малютку – это уж только в Его власти. Вот чудо исцеления от иконы состоялось, но мы этого не поняли и продолжаем жить, как жили, вместо того, чтобы благодарить Бога и начать исправление своего сердца.
И вновь девочка страдает, а с ней и ее родители. Мы же о Н. будем молиться».
Вера
«Дорогая о Господе Н.!
Жизнь сейчас трудная, шквал устрашающей информации расшатывает и без того хрупкое равновесие. Чтобы на эти от врага возбуждаемые бури мы не реагировали так болезненно, надо твердо верить, что миром правит только Бог, и стараться, елико возможно, жить по заповедям Божиим.
Вам же надо пособороваться и поисповедоваться. Причащайтесь почаще, хорошо бы через две недели. А к врачам после соборования надо обратиться непременно, и они с Божией помощью Вам помогут. Вопрос о том, где жить, надо Вам решать на семейном совете, как это будет полезнее для всей семьи. Умудри Вас Бог. А мое дело – только помолиться о Вас.
Верьте Богу и Спасителю нашему и ничего не бойтесь, враг может только страховать нас. Он сильный, но всесилен только Бог. Божие благословение Вам».
Воля Божья
«Дорогой отец Т.!
С нашей стороны нужно и важно иметь внутреннее духовное устремление к желанию исполнять в жизни волю Божию. И поверьте, искренность наших чувств Господь приимет и оправдает. Он, помимо нашего понимания и осмысливания, поведет по жизни нашу утлую лодчонку Своей твердой рукой.
Мне 91 год, и я теперь свидетельствую и себе, и другим, что Господь знает наше сокровенное, а по вере нашей и стремлению к истине правит нашу жизнь, часто врачуя и исправляя то, что по неведению и непониманию может препятствовать исполнению воли Божией в нашей жизни.
Я сдавал семинарские экзамены вообще без учебы, будучи уже в сане, а перед рукоположением был экзаменуем представительной комиссией при Московском епархиальном управлении».
Амфилохий Почаевский (почил в 1971 году)
Решением Священного Синода Украинской Православной Церкви 12 мая 2002 г. н. с. (в Неделю Фомину), схиигумен Амфилохий торжественно канонизирован как преподобный Амфилохий Почаевский. Мощи преподобного Амфилохия открыты для поклонения в храме преподобного Иова Почаевского.