В результате этих и многих других незаконных преступных действий Багирова, Григоряна и им подобных в то время были арестованы почти все руководящие советские и партийные работники Азербайджана.

И Азербайджан отнюдь не был исключением. Получалось, что только те, кто спустя почти два десятилетия оказались на скамье подсудимых, спасали и защищали советскую власть. Каково было советской власти иметь таких «защитников»?

Григорян участвовал в фальсификации дела на секретаря Ленинского райкома партии Гейдара Мамедова, инструкторов того же райкома Долунца и Арутюнова, на работников механического завода Азнефти имени Буденного — его директора Сыроваткина, инженера Степанянца, работницу монтажного цеха Васильеву, обвинявшуюся в подготовка террористического акта в отношении Берии и Багирова и осужденную к 10 годам лишения свободы. Остальные обвиняемые были расстреляны.

Участвовал Григорян и в фальсификации дела в отношении секретаря Дивичинского райкома партии АКП/б/ Али Ахмеда оглы Алибекова, который был расстрелян.

Григорян в суде подтвердил, что в бытность его начальником 11 отдела АзНКВД его работники избивали арестованных и на основании показаний, полученных таким путём, арестовывали невиновных честных советских граждан. На них искусственно создавались дела, как на членов контрреволюционных организаций.

Пожалуй, лучше всего характеризует Григоряна аттестация на него, подписанная Маркаряном. В ней, в частности, отмечалось: «[…] В конце 1937 года, будучи назначенным начальником 11 отдела УГБ, за сравнительно короткий промежуток времени сумел вскрыть и разгромить к-р организации троцкистов, правых, националистическую и к-р организацию молодёжи в системе Каспийского водного бассейна».

Именно такие «борцы» крайне нужны были и Багирову, и Берии, и другим подобным им, которые возглавляли борьбу с «врагами народа».

Атакишиев, подтвердив, что в 1936–1939 гг. в ходе массовых арестов невиновных они подвергались избиениям, в том числе и в его присутствии, отрицал тем не менее своё участие в этих избиениях. Однако это его утверждение было опровергнуто исследованными в суде доказательствами.

Так, старый коммунист Кудрат Таги-Заде в заявлении из ссылки указывал, что Атакишиев лично и с участием других работников НКВД избивал его, спрашивая при этом одно и то же: где и при каких обстоятельствах он хотел убить Багирова.

Об избиении их Атакишиевым показали допрошенные по делу бывший председатель исполкома Шемахинского райсовета Мусеиб Новрузов, а также Гасан Алиев, которого Атакишиев неоднократно избивал, выбив ему при этом зуб. Бывший прокурор пограничных и внутренних войск НКВД АзССР Г.З. Сагиров подтвердил, что Атакишиев избивал арестованных. Об этом же показал в суде и Григорян, который заявил, что Атакишиев избивал многих арестованных.

Допрошенный по делу Шайликов, которого арестовали в 1937 г., подробно рассказал, как по указанию Атакишиева его жестоко избили сотрудники АзНКВД. В деле Шайликова имеется письмо Багирова на имя Берии, в котором Багиров просил это дело рассмотреть Особым совещанием, так как в суде дело «рассмотрено быть не может из-за отсутствия лиц, кои разоблачили бы контрреволюционную деятельность Шайликова».

Вновь и вновь приходиться убеждаться, в какой пропасти беззакония находился СССР. С помощью суда невозможно расправиться с человеком — нет тех, кто бы мог разоблачить «контрреволюционную деятельность» обвиняемого. Но есть Особое совещание, на заседания которого ни обвиняемый, ни свидетели не вызываются, а решения принимаются на основании лишь тех материалов, которые добыты в ходе предварительного следствия более чем сомнительными методами.

На основании постановления Особого совещания Шайликов был лишён свободы на длительный срок, а в 1949 году его вновь арестовали и на основании обвинительного заключения, утвержденного Атакишиевым, отправили в ссылку.

Атакишиев пояснил, что в то время он не сомневался в существовании контрреволюционных организаций в Азербайджане. «Об этом повсюду говорил Багиров и другие руководящие работники», — заявил Атакишиев.

Атакишиев подписал постановление на арест Ризаева. Того самого Ризаева, который был председателем АзГПУ, в то время, когда на основании постановления его коллегии Атакишиев за совершенные им преступления был лишён свободы сроком на три года. На вопрос государственного обвинителя, почему Атакишиев не заявил себе отвод в расследовании дела Ризаева, поскольку Ризаев участвовал в принятии решения о лишении его свободы, Атакишиев ответил: «Если бы я заявил самоотвод, то я бы сам мог попасть в контрреволюционеры». Здесь Атакишиев был абсолютно прав. В созданной машине уничтожения людей не было места каким-либо процессуальным, а тем более нравственным нормам, деятельности. Эта машина не должна была давать сбоев. Если же это случалось, то соответствующая её «деталь» немедленно выбраковывалась и заменялась. Допустивший промах сотрудник НКВД оказывался в тех же самых тюремных камерах, куда он совсем недавно направлял арестованных «врагов народа».

На присутствовавших в зале судебного заседания произвело сильное впечатление следующее заявление Атакишиева о «террористических актах» в отношении Багирова. Он сказал: «С Багировым носились как с каким-нибудь идолом, всячески оберегали его. Если он где-нибудь должен был выступать, то предварительно это место проверялось минёрами — искали мины. Поэтому, когда бывший народный комиссар земледелия республики Везиров говорил, что он готовил террористический акт в отношении Багирова, то я обязан был верить ему». Атакишиев также заявил: «Из здания АзНКВД не выходило ни одного дела, где бы не было указания о теракте в отношении Багирова». И далее: «Всё несчастье заключается в том, что все мы гнулись перед Багировым в три дуги, все подхалимничали перед ним».

Вряд ли стоит особо комментировать эти заявления Атакишиева. Багирову было с кого брать пример, чтобы стать вождём республиканского масштаба, которому бы все поклонялись и всячески оберегали от врагов, якобы окружавших его.

Атакишиев подписал справку на арест Асцатура Андреевича Бабаяна и постановление об избрании в отношении него меры пресечения. Но, как уже отмечалось, материалы были собраны на Степана Бабаяна. Из показаний Атакишиева следовало, что он никаких мер к освобождению Асцатура Бабаяна не принимал, хотя и знал о допущенной ошибке.

В ходе судебного разбирательства было установлено, что Атакишиев принимал непосредственное участие в фальсификации дел на комсомольских работников Азербайджана. Как показал бывший секретарь Бакинского городского комитета комсомола Велиев, отбывший 15-летнее заключение по сфальсифицированному делу, Атакишиев во время допроса избил его, поскольку он отказывался давать ложные показания. Бил кулаками, ногами и несколько раз ударил резиновой, дубинкой. Бил до тех пор, пока Велиев не согласился дать требуемых от него показаний.

На реплику, что Атакишиев вместе с другими делал врагов Советского государства из руководящих работников комсомола Азербайджана, он заявил: «Я являлся работником системы, где делались эти враги». И ведь верно, по-иному сотрудник НКВД поступать не мог. Он должен был или беспрекословно выполнять установки, диктуемые сверху, или же оказаться на месте тех, в отношении которых велось следствие. Конечно, это ни в коей мере не оправдывает Атакишиева, поскольку порядочность и совесть человека не должны позволять ему делать что-либо несправедливое, бесчеловечное в любых, даже самых суровых условиях. Но это в том случае, если этот человек не заглушил в себе и порядочность, и совесть, данные ему от рождения. По сфальсифицированному «Шемахинскому делу» Атакишиев подписывал справки на арест колхозников, постановления об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу. Многие из этих лиц затем были расстреляны.

Телеграмма об аресте председателя Исмаиллинского райисполкома Салмана Гусейнова и обвинительное заключение также были подписаны Атакишиевым. По решению тройки Гусейнов был расстрелян.