Во время русско-японской войны произошла единственная атака русской подводной лодкой японских кораблей. В апреле 1905 года "Сом", "Касатка" и "Дельфин" несли дозорную службу в районе бухты Преображения, расположенной в 70 милях к востоку от Владивостока. На подходе к бухте было обнаружено два японских эскадренных миноносца. Командир "Сома" решил атаковать неприятеля, но маневрирование подводной лодки было замечено с эсминцев и они, воспользовавшись спустившимся на море туманом, скрылись подальше от берегов.
Так неприятель получил возможность убедиться не только в том, что русские имеют во Владивостоке подводные лодки, но и в реальной их опасности для своих надводных кораблей. После этой встречи близ бухты Преображения японские морские силы ограничили свои действия против русской морской крепости постановкой минных заграждений.
Подводный отряд флотских сил крепости Владивосток за время русско-японской войны нес трудную морскую службу. Показателем этого могут быть действия экипажа "Сома". Подводная лодка за шесть месяцев прошла 1318 миль под водой и 93 мили над водой, удаляясь от Владивостока на 120 миль. Наибольшая продолжительность пребывания лодки "Сом" в море достигала восьми суток, а время нахождения под водой - 1,5 часа. Для подводного флота тех лет, и не только русского, это были очень высокие показатели.
После бомбардировки с моря крепость Владивосток была объявлена на военном положении. К марту 1904 года численность ее гарнизона достигла 17 тысяч человек. Комендантом крепости был назначен генерал Казбек. Но наличных сил было явно мало для защиты 63-километровой оборонительной линии Владивостока с суши и моря.
Всерьез занялись усилением Владивостокской крепости только после падения Порт-Артура. Начались широкие фортификационные работы как на побережье, так и на суше. Количество артиллерийских орудий в крепости увеличилось до 1500. Было завезено большое количество боеприпасов и провианта. Сделанные запасы, по расчетам, позволяли держаться гарнизону в случае осады шесть лет. В самой крепости было проложено немало дорог, произведена расчистка секторов обстрела. Была налажена связь через беспроволочный "искровой" телеграф (радиосвязь) и голубиную почту.
В мае 1905 года владивостокский крепостной гарнизон насчитывал 52 356 человек. В его состав входили 8-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия (4 полка трехбатальонного состава), два отдельных Восточно-Сибирских стрелковых полка, Хабаровский резервный полк, четыре батальона крепостной артиллерии, три саперных и одна минная рота, полевая жандармская команда, конный разведывательный отряд и другие подразделения. Морская крепость на юге Приморья готовилась к ведению круговой обороны и неприятельской осаде.
Чтобы защитить крепость Владивосток со стороны Японского моря, входы в Амурский и Уссурийский заливы перегородили минными заграждениями, на острове Русском поставили новые артиллерийские батареи и соорудили сеть полевых фортификационных сооружений. Была усилена дозорная служба на морском побережье, ближайших островах и отработана система оповещения по боевой тревоге.
В мае 1904 года крепостное командование было озабочено начавшимися взрывами мин в выставленных заграждениях. Только в одном месяце - июле взорвалось сразу 15 мин. Комиссия, назначенная для расследования этих происшествий, установила следы умышленного перерезывания кабеля. Самым вероятным виновником могла быть только японская военная разведка.
Российское правительство, придавая большое значение Владивостоку в деле обороны Тихоокеанской окраины государства, перечислило крепость из 2-го класса в 1-й. Высочайший указ - императорское соизволение последовало 22 января 1905 года. После этого и началось значительное усиление Владивостокского крепостного гарнизона. Его командование несло ответственность за оказание военной помощи и другим областям России на Дальнем Востоке.
Базировавшийся во Владивостоке отряд крейсеров за время войны многократно выходил в море и совершал рейды к Японским островам и берегам Северной Кореи. Командир Владивостокского отряда крейсеров Иессен получил на сей счет указания от царского наместника на дальнем Востоке адмирала Алексеева только 21 апреля 1904 года:
"Выход в крейсерство главной целью - мешать перевозке неприятельского десанта считаю настоящее полезным. При этом нахожу, что крейсер "Рюрик" должен оставаться во Владивостоке для поддержки всех ближних операций при посылке миноносцев и самого отряда в случае его отступления перед сильным противником. Считаю более целесообразным предварительный осмотр корейского берега, набег на Цуругу и Хакодате тремя крейсерами. Оставляю Вам свободу действий. При выходе и возвращении под Владивостоком образуйте партии, которые должны тралить впереди, имея в виду, что японцы подбрасывают минные банки. Обладание японцами подводных лодок не доказано. Требуется большое внимание, но при этом надлежит не смущать напрасно офицеров и команды, которые должны лишь допускать возможность встречи у берегов таких лодок. Нахождение японского флота неизвестно".
Уже 25 апреля Владивостокский отряд крейсеров ("Россия", "Громобой" и "Богатырь" с двумя миноносцами) совершил набег на близкий корейский порт Гензан, где торпедой был потоплен японский пароход "Гойо Мару". Близ Цугарского пролива опять же торпедой и артиллерийскими снарядами был пущен на дно транспорт "Кинсю Мару", на котором находилась 9-я рота 37-го пехотного полка императорской армии. Часть японских пехотинцев оказалась в плену.
Большой крейсерской победой можно считать потопление военного транспорта "Хитаци Мару" водоизмещением 6175 тонн брутто, на борту которого находились 1095 солдат и офицеров, 120 человек судового экипажа и 320 лошадей. Капитаном судна был англичанин, состоявший на службе у японской компании. Эти войска перевозились через Симоносекский пролив из Хиросимы в Маньчжурию. Затем был потоплен транспорт "Садо Мару" почти такого же водоизмещения, на борту которого находилось свыше тысячи солдат и офицеров, полный телеграфный парк, 21 понтон и 2 тысячи тонн риса.
Потопление "Хитаци Мару" стало серьезной помощью защитникам осажденного Порт-Артура. На борту крупнотоннажного японского военного транспорта находилось 18 осадных 280-мм гаубиц, которых так ждали в осадной армии под стенами русской крепости. Историк Н. Кладо в своем труде "После ухода второй эскадры Тихого океана" отмечает, что "гибель этого (осадного артиллерийского. - А.Ш..) парка значительно задержала ход осады".
Японское командование в условиях затянувшейся осады Порт-Артурской крепости попыталось было скрыть этот факт. Но состоявший иностранным наблюдателем при штабе 3-й императорской армии англичанин Э.А. Бертлетт в своих мемуарах писал:
"Насколько достоверно, я не знаю, но говорили, что тяжелые орудия, предназначенные для осады Порт-Артура, погибли на пароходе "Хитаци Мару", потопленном Владивостокской эскадрой в июне месяце. Это крупное несчастье задержало всю осаду и оттянуло до сентября прибытие 28-ми гаубиц, посланных на замену погибших".
Результатом июньского рейда Владивостокского отряда крейсеров стало потопление еще нескольких японских транспортов. Поход русских крейсеров в Цусимский пролив явился первым за войну проникновением их в район весьма оживленных и важнейших для противника морских коммуникаций. Броненосные крейсера отряда адмирала Камимуры не смогли помешать проведению этой набеговой операции. Она вызвала на Японских островах недовольство действиями своего морского командования.
В конце июня отряд русских миноносцев обстрелял корейский порт Гензан, в котором в то время находились многочисленные японские войска. В последующем Владивостокский отряд крейсеров совершал набеговые операции не только в Японском море, но и выходил в Тихий океан для действий против восточного побережья страны Восходящего Солнца. Действия русских крейсеров со стороны Тихого океана были полной неожиданностью для противной стороны.
Американская газета "Нью Йорк Херальд" сообщала в те дни своим читателям содержание телеграммы своего токийского корреспондента: "Токио. 21.7.04. Большое возбуждение господствует здесь в связи с движениями Владивостокского отряда. "Россия", "Громобой" и "Рюрик" прошли 20.7 Цугарский пролив, выйдя в Тихий океан".