Вероятно, она стала предчувствовать свою близкую кончину, потому что не раз заводила речь о смерти. "Надо привыкать к мысли, что меня не будет с вами, - говорила она одной молодой, преданной ей послушнице, - и учиться жить без матушки". Часто вспоминала она покойную схимницу Ардалиону, ее предсмертные беседы и говорила, вспоминая, что схимница умерла без нее: "Да, монаху хорошо умирать одному, я желала бы, чтобы никто не присутствовал при моей смерти". Что действительно и случилось. Многое и другим говорила она, точно приготовляя всех к своей кончине. "Не будет меня, вспомните все мои слова", - сказала она однажды.
В ее доброй ласковой улыбке, в особенном блеске ее чудных глаз, во всей старческой фигуре лежал отпечаток чего-то уже неземного. Какое-то особенное смирение и кротость замечалась в обращении с другими. "Разве наша матушка была прежде такою, - говорили в монастыре, вспоминая свою прежнюю, молодую, полную жизни и иногда строгую, не для всех доступную игумению. - Слаба становится, видно, через силу ходит, а, кажется, готова всех принять, со всеми говорить".
Митрофания же (старшая келейница матушки), всегда оберегавшая свою горячо любимую игумению от излишней усталости, сильно недолюбливала "всех этих посетителей", как выражалась она; добродушное лицо ее принимало строгое, суровое выражение, когда, бывало, войдя в приемную, почти всегда переполненную народом, на вопрос ее "что пришли?" - получала обычный ответ - "к матушке, по делу".
"Нет, уж мне эти посетители!" - сердито скажет она и со вздохом пойдет докладывать матушке, зная по опыту, как не любила матушка Игумения заставлять себя ждать. "Давай им непременно матушку, - добавляет она, вернувшись, - а того и не знают, как нынче матушка ночь-то провела". А ночь провела матушка Арсения всю без сна, страдая сильнейшей болью во всех суставах. Иногда же случалось и так, что сама Митрофания, помещавшаяся в смежной комнате, проболеет всю ночь, и матушка Игумения, забывая свою болезнь, по целым часам простаивает у кровати своей верной послушницы.
В феврале месяце матушку Арсению постигла новая скорбь. Скончалась ее невестка, Анастасия Михайловна Себрякова, вдова ее любимого брата, проболевшая лишь несколько часов. Эта внезапная смерть особенно почему-то поразила матушку, и она не раз говорила окружающим: "Теперь уже настала моя очередь умирать; мне кажется, что смерть точно преследует меня, точно витает надо мной, и я чувствую ее дыхание". Это ощущение настолько было сильно и так встревожило ее, что она пожелала даже в необычное время приобщиться Святых Таин. Она заказала накануне всенощную, во время которой усердно, со слезами, молилась, а на другой день, исповедовавшись и причастившись, она стала чувствовать себя спокойнее и тверже.
За свое более чем сорокалетнее управление Усть-Медведицким монастырем матушка Игумения Арсения неоднократно получала благословение Святейшего Синода, имела наперсный крест и крест с драгоценными украшениями, пожалованный ей из Кабинета Его Величества Государя Императора, знак Красного Креста за войну 1877-1878 годов, медаль в память царствования Императора Александра III, а в 1905 году была награждена Библией, выданной из Синода за монастырское училище. Библия эта была получена в монастыре уже по кончине матушки. Кроме того, она имела наперсный крест с драгоценными украшениями, поднесенный ей сестрами обители с разрешения высшего начальства в день тридцатипятилетнего юбилея управления монастырем.
25 июня 1905 года сестры Усть-Медведицкого монастыря проводили в Саров свою любимую настоятельницу. Матушка Игумения, несмотря на нездоровье и сильную слабость, пожелала непременно исполнить свое обещание побывать в Сарове и поклониться мощам дивного старца Серафима, к которому имела теплую веру. Она любила иногда побывать в святых местах, где находила отдых от своих многочисленных забот. Частые ревматические боли, иногда продолжавшиеся у нее по месяцам, также принуждали ее заняться лечением, так что она два года ездила в Крым и в Одессу на морские купания. Но никогда не провожали ее сестры с таким тяжелым чувством, как теперь, видя ее такою слабою, изнеможенною. Сама она также точно жалела расставаться с ними. Особенно ласково, приветливо обошлась она с монахинями, пришедшими провожать ее, может быть, предчувствуя, что видит их в последний раз. Накануне отъезда она пожелала отслужить панихиду на могиле своей духовной наставницы схимонахини Ардалионы, во время которой горячо, со слезами, молилась, а по окончании службы подозвала к себе ризничию, монахиню Веронику, и показала ей место где желала бы, чтобы ее похоронили, приказав сказать об этом казначее монастыря после своего отъезда.
Видя матушку такой слабой, многие высказывали свое желание провожать ее, но она пожелала взять с собою лишь одну преданную келейную Агнию, жившую с ней более 40 лет. "Я еду с радостным чувством, - говорила она некоторым, - так хочется мне побывать в Сарове, поклониться мощам Преподобного".
В Москве матушка Игумения заболела и принуждена была пробыть недели две у своей родственницы Софии Александровны Ладыгиной, так что в Саров она прибыла только 12 июля.
Трогательными словами описывает она свои первые впечатления о Сарове в письме к казначее Леониде, полученном в монастыре на третий день по ее кончине. "Приехала я сюда такая радостная, довольная, - писала она. - В первый же день по приезде, после поздней обедни, служила преподобному Серафиму молебен с акафистом, поминала о здравии всех вас, сестер обители, и наших духовных отцов. Потом, напившись чаю, поехала в обе пустыньки батюшки отца Серафима. Самый путь туда лесом я проехала с восторгом, а дальняя пустынь меня привела в умиление и много мне доставила утешения духовного; точно отец Серафим живет еще там, следы его подвигов и теперь живы и говорят о нем так ясно, точно видишь его. Келлия его с внутренним, тайным ходом в тесную пещеру, где он укрывался от людей, когда безмолвствовал 13 лет; место, где он кормил медведя; место, где он молился на камне 1000 дней; место, где был почти до смерти бит разбойниками, - все это говорит о его трудах, о его невыразимых подвигах. И я, недостойная, ходила с духовным восторгом по этим местам, собирая в лесу сосновые шишки, и мне чувствовалось, что сам он, живой, присутствует там. Потом в ближней пустыни, я купалась в источнике. И так я была счастлива и довольна! После вечерни я заболела. Два раза я переносила эту болезнь за дорогу, но здесь с меньшими удобствами, чем в Москве. Если поправлюсь, думаю, никуда не заезжать, даже в Дивеев. За один день здесь я столько получила духовной отрады, что благодарю Господа за Его милость. Думаю прямо ехать домой, где и болеть не страшно, и умереть желаю".
По приезде в Саров, рассказывала Агния, матушка Игумения пожелала пользоваться кушанием из монастырской трапезы. Пища оказалась грубой и тяжелой, в особенности на больной желудок. На другой же день она опять заболела желудком и так сильно ослабела, что дня четыре пролежала почти без движения. Пришлось обратиться к доктору, который несколько облегчил болезнь, так что 19 июля, в день празднования открытия мощей Преподобного Серафима, матушка, хотя и через силу, но могла быть в церкви. Во время обнесения мощей Преподобного, она с Агнией стояла на высокой паперти теплого храма "Живоноснаго Источника", откуда хорошо был виден крестный ход. Со слезами умиления молилась матушка, вспоминая, вероятно, в эту торжественную минуту свою родную обитель, а, может быть, душа ее, переполненная духовными утешениями, отрешившись от всего земного, готовилась к переходу в иной мир. Ничего особенного не говорила матушка Арсения об этом своей послушнице, так что Агния, видя ее бодро стоящей, далека была от мысли, что матушка доживает последние дни. Только в этот день вечером она встревожила ее, сделав ей следующий вопрос: "Агния, а в случае, если я умру, куда ты денешься?" - "Я вас не оставлю тут", - невольно как-то вырвалось у нее в ответе. - "В таком случае надо сейчас металлический гроб заказывать", - сказала матушка. Вспоминая после эти слова, Агния разочла, что если бы тогда же был выписан гроб, то он как раз получился бы ко дню кончины матушки.