Успешное распространение христианства на дальней окраине Азии и Америки преосвященным Иннокентием склонило высшую духовную власть присоединить к его Камчатской епархии и Якутскую область, с населением которой преосвященный был знаком ранее. По этой причине преосвященный Иннокентий должен был переменить место своего постоянного жительства и из Новоархангельска с острова Ситхи переехать в Сибирь в город Якутск.

Проживая в Якутске, владыка много заботился о переводе священных книг на якутский язык. Велик для якутов был тот день, когда, наконец, совершена была первая Литургия на их родном языке. Преосвященный сам служил молебен и читал Евангелие. Якутов до того тронуло это событие, что старшины от лица всех своих собратьев представили владыке Иннокентию просьбу, чтобы день этот навсегда был днем праздничным. потому что в этот день они в первый раз Божественное слово в храме на своем языке.

Из Якутска архиепископ, несмотря на свои уже преклонные лета, почти постоянно предпринимал путешествия по своей, теперь еще более расширившейся епархии, подвергал себя разного рода лишениям и опасностям. В одно из таких путешествий, находясь в Аянском порту, он едва не был взят в плен англичанами, которые вели в то время с Россией войну и завладели неожиданно этим городом.

В конце июня 1857 года архиепископ Иннокентий был вызван в Петербург для присутствования в Св. Синоде. Во время его пребывания в Петербурге состоялось Высочайшее повеление о назначении двух викариев, т. е. помощников архиепископа — в Якутск н Новоархангельск. Таким образом, труды преосвященного Иннокентия по управлению епархией были несколько облегчены.

Из Петербурга Иннокентий выехал в начале 1858 года не доехав до Якутска, предпринял путешествие по Амуру, который был в то время только что присоединен к России. Эта громадная река течет на протяжении нескольких тысяч верст и отделяет китайские владения от русских. Во время этого путешествия преосвященный останавливался почти во всех прибрежных поселениях и совершал богослужение. А то так просто, проезжая мимо какой-либо прибрежной деревеньки, преосвященный велит пристать к берегу и начнет поучать сбегавшихся к нему жителей. И ничто при этом не укрывалось от внимания владыки: он входил во все нужды своей паствы как духовные, так и телесные.

В 1862 году преосвященный Иннокентий переселился в город Благовещенск, стоящий на реке Амуре, на постоянное жительство. Здесь он так же неутомимо и так же ревностно продолжал дело своего служения, неусыпно заботясь о поддержании православия в епархии. Отсюда также он предпринимал частые путешествия и по Амуру, и по другим областям для личного надзора и наставления новообращенных. Но преклонные лета и плохое здоровье заставляли его уже думать и об отдохновении. Он стал проситься на покой. Но еще не должны были окончиться его пастырские труды, и воля Божия готовила ему другую деятельность.

В 1867 году скончался Московский митрополит Филарет и долго не знали, кто будет назначен преемником этого великого архипастыря. Наконец совершилось избрание; на место почившего митрополита был назначен архиепископ Иннокентий. Сам преосвященный Иннокентий был поражен этой вестью более всех. Прочитав депешу, он изменился в лице и несколько минут был в раздумье. Затем целый день оставался один, а ночью долго и усердно молился, стоя на коленях. Дивился он своей собственной судьбе: сын бедного сельского пономаря, которому во время оно в пономари на место отца невозможно было попасть, делается одним из первых иерархов Русской церкви — Московским митрополитом!

С глубоким смирением, несмотря на плохое состояние здоровья, принял преосвященный Иннокентий новое свое назначение и стал собираться в путь.

Излишне говорить, с. какими чувствами радости и благоговения встречали и провожали его в Сибири жители городов, через которые ему приходилось проезжать. В первый раз на веку своем видели они митрополита. С особой торжественностью приветствовали митрополита в его родном Иркутске, где из-за распутицы он пробыл довольно долго, и в это время несколько раз совершал литургию вместе с другими архиереями, бывшими там. Наконец, в 9.30 часов вечера 25 мая 1868 года огласивший всю Москву колокольный звон возвестил о прибытии в столицу ее нового архипастыря На другой день высокопреосвященный Иннокентий, митрополит Московский и Коломенский, совершил свое вступление в Большой Успенский собор. При вступлении в собор владыка сказал речь, исполненную истинного смирения. "Кто я, — говорил он, — дерзающий воспринять и слово и власть моих предшественников? Ученик отдаленнейшего времени, отдаленнейшего края и в отдаленной стране проведший более половины своей жизни; не более как смиренный делатель нивы Христовой, учитель младенцев и младенчествующих в вере".

С таким смирением вступал преосвященный Иннокентий в новое свое служение. Ему было уже более 70 лет, он был удручен болезнью, почти слеп, но все-таки был исполнен сил и рвения к деятельности. Войдя в управление новой епархией, он своими стараниями принес много пользы, заботясь о нуждах подведомственной ему паствы. Он устроил богадельни для вдов и сирот, основал различные благотворительные общества, позаботился об обеспечении бедных духовного звания, старался о народном образовании и, кроме всего этого, присутствовал в Св. Синоде, принимая участие в духовном управлении всей России. 18 мая 1871 года исполнилось ровно 50 лет с того дня, когда Иннокентий был возведен в сан священника, и митрополиту были принесены сердечные поздравления всего Московского духовенства.

Но среди всех пастырских трудов и забот старость и недуги телесные уже сильно давали себя чувствовать преосвященному Иннокентию. Наконец болезнь совсем осилила его, и 30 марта 1879 года он потребовал эконома, иеромонаха Арсения к себе для чтения канона на исход души, а 31 марта в 2 часа ночи Иннокентия не стало…

"Дайте знать, — говорил, умирая, преосвященный, — чтобы при погребении моем речей не было; в них много похвал. А проповедь по мне скажите, она может иметь назидание, и вот текст для нее: от Господа стопы человеку исправляются”.

В 11 часов утра на другой день колокол Ивана Великого возвестил москвичам о кончине их святителя, а 5-го апреля тело почившего святителя было предано земле рядом с могилой митрополита Филарета в Троице-Сергиевой лавре.

И долго будет помнить вся Россия этого великого подвижника, насаждавшего веру Христову среди многих языческих народов в самых суровых отдаленных странах — с истинно святительским терпением, с кротостью и необыкновенным смиренномудрием. Образцом этого смиренномудрия и образцом речи, простой и проникнутой теплотой чистой веры, остается нам небольшая книжка митрополита Иннокентия "Указание пути в Царствие Небесное". В этой превосходной книжечке указано, как нам можно исполнить слово Спасителя — взять крест и по Нем идти, как получить Духа Святого, как уничтожить преграду грехов, которая отделяет нас от Искупителя нашего и от Царствия Небесного.

Люди не для того сотворены, чтобы жить только здесь, на земле, подобно животным, которые по смерти своей исчезают; но для того единственно, чтобы жить с Богом и в Боге, и жить не сто или тысячу лет, но жить вечно. А жить с Богом могут одни только христиане, т. е. те, которые право веруют во Иисуса Христа.

Всякий человек, кто бы он ни был, желает и ищет себе благополучия и счастия. Желать себе добра и искать благополучия или блаженства есть врожденное чувство человека, и потому это не есть грех или порок. Но надобно знать, что здесь собственно, на земле, не находилось, не находится и никогда не найдется истинного и совершенного счастия и благополучия, ибо все наше благополучие и блаженство находится только в Боге: никто и никогда без Бога или вне Бога не найдет истинного счастия и совершенного благополучия.

В сем свете ничто, кроме Бога, не может наполнить нашего сердца или вполне удовлетворить наших желаний. Не потушить пожара хворостом и маслом, потому что одна только вода может потушить его: точно так не насытить желаний сердца человеческого благами мира сего, потому что одна только благодать Божия может утолить жажду желаний наших.