Арсениты нашли сильную опору среди народных масс, где повышенное, напряженное настроение поддерживалось разными странниками, темными бродягами, пользовавшимися в народе славой «божьих людей», знаменитыми, по выражению источника, «сумконосцами» (σακκοφόροι), проникавшими в дома и сеявшими там смуту и раскол. В следующих картинных выражениях рисует эту опору арсенитов покойный историк церкви И. Е. Троицкий: «Была в византийской империи сила — темная, непризнанная. Странная то была сила. Не было ей имени, да и сама она сознавала себя силой только в исключительные минуты народной жизни. Это была сила сложная, запутанная, с двусмысленным происхождением и характером. Она состояла из самых разнородных элементов. Грунт ее составляли оборвыши, сумконосцы, странники, юродивые, загадочные бродяги, кликуши и прочий темный люд, — люди без роду и племени, не имевшие пребывающего града. К ним под разными углами примыкали опальные сановники, низложенные епископы, запрещенные священники, выгнанные из монастырей монахи и, нередко, разные члены императорского семейства. Происхождением и составом силы определялся основной ее характер. Эта сила, образовавшаяся под влиянием ненормальных общественных порядков, держала глухую, большей частью пассивную, но действительную оппозицию этим порядкам, и особенно силе, царившей над ними — именно императорской власти. Эта оппозиция выражалась обыкновенно в распускании разных, более или менее компрометирующих лицо, облеченное этой властью, слухов, и хотя редко отваживалась на прямое возбуждение политических страстей, тем не менее нередко серьезно озабочивала правительство, которое тем более могло опасаться неприязненных действий этой темной силы, чем труднее было, с одной стороны, следить за этими действиями и чем восприимчивее, с другой, была общественная среда к этим действиям. Жалкий, забитый, невежественный и потому легковерный и суеверный народ, постоянно разоряемый и внешними врагами и правительственными чиновниками, обремененный чрезмерными налогами, стонавший под тяжестью привилегированных классов и иностранных купцов-монополистов, был чрезвычайно восприимчив к инсинуациям, выходившим из углов, населяемых представителями темной силы, тем более, что она, как образовавшаяся среди того же народа и под теми же условиями, владела тайной затрагивать в решительную минуту все фибры народной жизни. Особенно восприимчива была к этим инсинуациям народная масса в самой столице… Темная сила со своей оппозицией правительству выступала под разными знаменами; но ее оппозиция была особенно опасна для главы государства, если на ее знамени выставлялось магическое слово „православие“. К арсенитам при Михаиле Палеологе примыкали также приверженцы ослепленного царевича Иоанна Ласкаря.

Агитация арсенитов в столице, обеспокоив Михаила, заставила правительство прибегнуть к мерам принуждения и строгости. Последнее же обстоятельство принудило арсенитов бежать из столицы, где до тех пор почти исключительно сосредоточивалась их деятельность, и этим самым открыло для их темной пропаганды провинции, население которых толпами стекалось слушать их. возбуждающие речи, направленные против императора и в защиту и возвеличение низложенного патриарха. Смерть самого Арсения не прекратила раскола, и после его смерти борьба продолжалась. По словам И. Е. Троицкого, борьба партий при Михаиле «своим лихорадочным воодушевлением и неразборчивостью в средствах напоминала самые шумные времена борьбы ересей IV, V и VI веков».

Лионская уния во многом изменила положение партии арсенитов, как таковой. Уния затронула гораздо более широкие и существенные интересы Греческой церкви, а именно, ее коренную основу — православие. Арсениты со своими узко партийными интересами и счетами отошли на время на задний план, так как общественное и правительственное внимание было направлено во внутренней жизни страны почти исключительно на вопрос об унии. Этим объясняется, на первый взгляд, странное молчание историков о деятельности арсенитов во все время, начиная с Лионской унии до смерти Михаила VIII. Есть все же туманное известие о том, что в 1278 г. в Фессалии или в Эпире собирался Арсенитский собор. Основной его задачей было обеспечение триумфа дела аресенитов и прославление памяти Арсения.

Чувствуя упорную, явную и тайную оппозицию своим униатским планам, Михаил в последние годы своего правления отличался большой жестокостью. Его преемник и сын Андроник II Старший получил в церковной жизни в наследство от отца два трудных дела: унию и раздоры арсенитов с господствующей церковью. Прежде всего, новый государь торжественно отрекся от унии и восстановил православие. «Всюду, — как пишет источник (Григора), — разосланы были гонцы с царскими указами, которыми объявлялось исправление церковных беспорядков, возвращение всех, за ревность свою о церкви подвергшихся ссылке, и помилование испытавшим другое какое-либо бедствие». Проведение этого дела не представляло больших затруднений, так как известно, что громадное большинство восточного духовенства и общества было против соединения с Римской церковью. Лионская уния, не оправдав ожиданий ни той, ни другой стороны, просуществовала формально восемь лет (1274—1282 гг.).

Разрыв с унией знаменовал собой также торжество идей зилотов и арсенитов, которые были убежденными врагами унии, «унионистов» и всего «латинского». Но арсениты не довольствовались этим. Они приняли участие на стороне Ласкарей в политическом заговоре против императора, надеясь, в случае успеха, получить исключительное влияние в государстве. Однако, заговор арсенитов был вовремя открыт и подавлен, после чего арсенитский раскол постепенно исчез, не пережив Андроника Старшего, который, несмотря на все испытанные со стороны арсенитов неприятности, согласился в конце концов на торжественное примирение их с церковью. Если после примирения некоторые из присоединившихся раскольников-арсенитов снова «отпали от единомыслия и снова начали жить особняком в расколе», то это, по словам И. Е. Троицкого, «был уже последний, предсмертный порыв пережившего себя движения, ни в ком не нашедшего отклика, и вскоре исчезнувший без следа вместе с этими последними его представителями в новых гражданских и церковных смутах».

В связи с отменой унии и торжеством православной политики к концу XIII века крепнет и усиливается опирающаяся на монашество и на его идеалы партия зилотов-ревнителей. В XIV веке они развивают кипучую деятельность, не ограничивавшуюся лишь церковными вопросами, но и увлекавшую их в борьбу политических партий и общественных течений. Зилоты, например, принимали живое участие в солунских смутах XIV века, преследуя политические, недостаточно еще разъясненные задачи и стоя на стороне императора Палеолога в его борьбе с Кантакузеном, что позволяет одному ученому называть зилотов в данном случае «легитимистами». Сравнительно недавно румынским ученым О. Тафрали в науке сделана интересная попытка изложить политическую идеологию зилотов на основании одной неизданной речи известного византийского мистика XIV века Николая Кавасилы.

Идеалы зилотов и монашества одерживают постепенно верх над белым духовенством в первой половине XIV века. Это движение разрешилось полным торжеством афонских иноков над константинопольским патриархатом в эпоху так называемых исихастских споров, о которых речь будет несколько ниже. В это время на константинопольском патриаршем престоле восседали последний патриарх из государственных сановников и последний патриарх из белого духовенства. «С этих пор высшие места в иерархии исключительно замещаются уже монашествующими, а константинопольский патриарший престол надолго делается достоянием питомцев Св. Горы Афонской».

При Андронике II Старшем произошло важное изменение в управлении Афоном. Как известно, Алексей Комнин в конце XI века, освободив Афон от всякого подчинения какой-либо внешней церковной или гражданской власти, подчинил афонские монастыри только одному императору, который и рукополагал прота, т.е. главу совета игуменов (протата), управлявшего монастырями. Андроник Старший отказался от непосредственной власти над Афоном и подчинил монастыри власти Константинопольского патриарха, от которого прот и должен был получать посвящение. В данной по этому случаю царской грамоте (хрисовуле) говорится, что прот Афонской горы, этого «второго рая или неба звездного, или убежища всех добродетелей», будет состоять «под патриаршим великим духовным начальством после получения от него обычного благословения».