Одновременно были повышены требования к католическому духовенству, которое обязано Богом бдительно стеречь свою паству в лоне той религии, которую исповедует король. Филипп II поучал своих наместников рассуждениями о том, что «если нет епископа — нет и короля», настаивая на уже невыполнимой задаче искоренения врагов католической церкви в Нидерландах.

В 1556 г. было выработано кальвинистское «Вероисповедание нидерландских церквей», дворяне и горожане, хорошо знавшие французский язык, охотно изучали «Наставление» Кальвина, а сыновья знатных семейств отправлялись учиться в Женеву. В Антверпене, центре экономической жизни страны, и в крупных промышленных городах и портах развернулась пропаганда кальвинистского вероучения. Принимавшие его люди называли себя гёзами. Для так называемых политических гёзов публичное заявление о переходе в кальвинизм было демонстрацией протеста против испанского режима. Так поступил принц Вильгельм Оранский, вождь дворянской оппозиции королевскому абсолютизму, который из католика стал лютеранином, а в 1573 г. — кальвинистом. Пытаясь запугать нидерландских аристократов, герцог Альба казнил в 1568 г. мятежников — графа Ламораля Эгмонта и графа Филиппа Монморанси Горна. После неоднократных покушений по заданию испанской короны был убит принц Вильгельм Оранский (1587), основатель протестантской королевской династии в Голландии.

Постепенно основной боевой силой сопротивления испанцам стали религиозные гёзы, которые под руководством консисторий направляли ненависть народа против «римского идолопоклонства». Тысячи вооруженных людей устраивали демонстрации против власти, становясь в боевом порядке под открытым небом, чтобы слушать осужденных инквизицией проповедников и петь псалмы. Разрушения соборов и осквернения капелл демонстрировали, что протестанты — не грабители, имущество католической церкви ими никогда не присваивалось, оно яростно и варварски уничтожалось. Справедливым возмездием инквизиторам за погубленных мучеников считались жестокие расправы с католическим духовенством.

Образец коллективного самопожертвования во имя веры дали жители г. Лейдена, которые погибали, осажденные испанцами в течение четырех месяцев в 1574 г. Не согласившись на предложенную амнистию, они открыли шлюзы, и город был затоплен волнами моря, но победа не досталась папистам.

После Варфоломеевской ночи в Нидерланды хлынули французские гугеноты, и при дворе Вильгельма Оранского радостно были приняты теоретики тираноборчества. Здесь они работали над созданием протестантского государства, которое не смогли основать во Франции. Благодаря их вмешательству борьба между Голландией и Испанией приняла характер соперничества двух политико-религиозных концепций. Принципу государственной религии в абсолютной монархии был противопоставлен принцип свободного выбора вероисповедания. Принц Оранский отмечал в 1577 г., что в ряде провинций люди не слишком фанатично преданы протестантизму и признают, что каждый может выбирать себе религию и служить своему Богу по велению голоса своей совести. Делегаты Генеральных штатов заявляли в 1579 г. представителю короля Филиппа II, что только Бог повелевает совестью людей. Если государь упорно желает поработить своих подданных, народ имеет право низложить его и призвать на помощь соседних государей. При этом магистраты в отвоеванных у испанцев городах запрещали католические богослужения, опасаясь восстановления католической религии.

Нидерланды распались на две политико-религиозные партии — католически-лояльную и кальвинистско-республиканскую. На севере сложилось новое государство, которое возглавлял штатгальтер принц Оранский. Оно было узаконено по перемирию от 9 апреля 1609 г., согласно которому король Филипп III признал Соединенные провинции Голландии (семь торгово-промышленных провинций) свободными штатами без каких бы то ни было претензий со стороны испанской короны. Бельгия по Вестфальскому мирному договору 1648 г. осталась в составе испанских владений и сохранила католицизм.

Освободившись от власти испанской монархии, кальвинистская Голландия, в которой реформатская церковь получила статус государственной, в XVII в. пережила «золотой век» в истории страны. Она держала первенство в мировой экономике, развитии науки и общественной мысли, поражая европейцев успехами художественной культуры. Отсюда исходили импульсы для дальнейших обновлений деятельности реформатских церквей и преобразований в кальвинистском богословии.

Кальвинизмом называют не только богословское учение Жана Кальвина, но и направление протестантской теологии, которое разрабатывалось в реформатских церквах в XVI–XVII вв. Далеко не все положения ортодоксального кальвинизма, или реформатской ортодоксии, вытекали из учения самого Кальвина. Как религиозный философ, Кальвин решал задачу защиты христианской веры от ее истолкования гуманистами. Он утверждал, что в религии, в отличие от философии, обязаны содержаться не подлежащие ничьей критике и ревизии догматы. Предположения о доминанте одного догмата над другим реформаторы первой половины XVI в. тщательно избегали, видя в этом уступку философии и лазейку для обоснования концепций внецерковного христианства.

В то время как Кальвин был озабочен извлечением всего богатства содержания из Писания, его ближайший ученик и преемник Теодор де Без попытался перестроить кальвинистскую теологию вокруг одного догмата. Он выдвинул идею, что критерием чистоты доктрины должен стать догмат двойного предопределения: избранников — к спасению, отверженных — к гибели. У Кальвина это положение иллюстрировало действие благодати и подчеркивало значение избранничества, оставляя осуждение на втором плане. Более того, Кальвин в переписке с Меланхтоном высказал убеждение, что с простыми верующими вообще не нужно обсуждать тему предопределения, которая доступна для понимания лишь профессиональному богослову. Однако толкование Теодора де Беза было поддержано богословами Женевы, которая считалась оплотом ортодоксальной реформатской церкви в Европе. Выпускники женевской Академии, которую возглавлял Теодор де Без, стали распространять его толкование с кафедр университетов в Нидерландах. Там развернулась пылкая богословская дискуссия, тесно связанная с событиями революции в Нидерландах.

Спор между Якобом Арминием (1560–1609), бывшим учеником Теодора де Беза, и амстердамским гуманистом Дирком Корнхертом возник в 1589 г. Арминий выразил сомнение в догмате двойного предопределения и вслед за Меланхтоном предположил, что Божья благодать относится ко всем людям, которые принимают или отвергают ее благодаря свободе воли. Когда Арминий стал профессором Лейденского университета, его подверг критике Франс Гомар (1563–1641), разделивший людей на две группы, что Арминий назвал манихейством. После смерти Арминия дискуссия приобрела политическую окраску. Партию арминиан поддержали нидерландские буржуазные олигархи (государственный деятель Ян Олденбарневельт, правовед Гуго Гроций), защищавшие суверенность каждой нидерландской провинции. Принц Мориц Нассау-Оранский, стремившийся управлять всеми провинциями, опирался на ортодоксальную партию. В «Ремонстрации» арминиан (1610) утверждалось, что Бог еще до сотворения мира решил спасти тех, кто благодаря Святому Духу уверуют в Его Сына и будут тверды в вере до конца мира. Тех, кто отвергнет Христа по неверию, Бог решил не спасать.

Арминиане покидали ортодоксальные позиции, хотя внешне это было почти незаметно. Они отказывались рассматривать божественную благодать как нечто неотъемлемое от доктрины предопределения. Они учили, что Христос умер за всех людей, а не только за избранных, хотя и считали, что спасутся лишь верующие. Когда ортодоксы противопоставили им «Контрремонстрацию» и дискуссия ожесточилась, республиканские власти во избежание гражданской смуты запретили богословам спорить. Запрету не подчинились ортодоксы-оранжисты, которые после признания религиозной автономии провинций потребовали созыва синода.