Известия об энергичном наступлении Асикага вызвали беспокойство среди сторонников лоялистов в Киото, поскольку Нитта Ёсисада вынужден был отступить под его натиском. Император Го-Дайго послал за Кусуноки Масасигэ и велел ему оказать поддержку Нитта. Кусуноки, как человек военный, возражал против такого образа действий, памятуя о смуте Хогэн, но его возражения были отвергнуты. Кусуноки считал, что вступать с противником в открытое сражение слишком рискованно. Он посоветовал Го – Дайго укрыться на горе Хиэй – тогда Такаудзи не устоит перед искушением войти в столицу. Там его можно будет атаковать объединенными силами монахов и самураев, а Нитта отрезал бы ему пути к отступлению. Но к мудрому совету самурая не прислушались, и Кусуноки поневоле вынужден был согласиться с решением императора. Следуя идеалам самурайской верности, он решил умереть в бою и отправился в путь убежденным, что назад уже не вернется. Уходя, он сказал своему сыну Масацура, что отдаст жизнь за императора и что делает это охотно, зная, что когда-нибудь Масацура, которому тогда было десять лет, продолжит его дело.

Лоялисты, которым угрожала атака и с суши и с моря, вышли на позиции. Нитта Ёсисада, главнокомандующий, прикрывал берег моря между реками Минато и Икута. Кусуноки стоял против армии Асикага Тадаёси, спиной к реке Минато. Тадаёси разделил войско на три части. Сам он стоял в центре, в то время как Сони двигался вдоль берега, поддерживая связь с флотом, а Сиба поднялся на возвышенность, угрожая правому флангу Кусуноки.

Первая стычка произошла, когда войско Хосокава попыталось высадиться. Лоялисты оказали отчаянное сопротивление, самураи Хосокава были отброшены назад к лодкам, и им пришлось плыть вдоль берега дальше на восток. Нитта тем временем был атакован Сони и, поскольку Хосокава вскоре сумел высадить свое войско в устье реки Икута, стал отходить, чтобы отразить удар с его стороны. Кусуноки, таким образом, остался один на противоположном берегу Минато. Он еще мог держаться против Тадаёси и Сиба, но высадка армии Такаудзи поставила его в сложное положение. Хосокава между тем заставил Нитта отступить, и в знойный полдень 5 июля 1336 г. Кусуноки был атакован со всех сторон. В конце концов, весь израненный, Кусуноки Масасигэ совершил харакири, и дело лоялистов было проиграно.

Так Кусуноки Масасигэ вошел в пантеон японских героев, присоединившись к принцу Ямато и Ёсицунэ как воплощение самурайской доблести. И в жизни, и в смерти он оставался одинокой фигурой, идеальной для исполнения роли, которую ему уготовала судьба. Его верность императору была непоколебимой, из всех сторонников Го-Дайго именно он принес наибольшие жертвы. Пять веков спустя, во время реставрации Мэйдзи, образ Кусуноки Масасигэ вдохновлял тех самураев, которые стали создавать новый культ верности императору. В истории XIV века Кусуноки остался непревзойденным образцом личной преданности монарху, а не просто институту монархии.

Сражение при Минатогава было решающим, но война на этом не закончилась. Войско Асикага с триумфом вошло в Киото 8 июля, а Го-Дайго бежал на гору Хиэй. Такаудзи посадил на трон другого принца под именем императора Комо, и 12 ноября Го-Дайго передал императорские регалии этому новому государю. Как оказалось впоследствии, то были не подлинные регалии, а копии, изготовленные для такого случая. Го-Дайго перебрался с горы Хиэй в Ёсино, в горы к югу от Нара, и стал править оттуда как законный император. С 1337 по 1392 гг. в Японии было два императора: законная линия, известная как Южный Двор, правила в Ёсино, а ставленники Асикага, или Северный Двор, – в Киото.

Враждебные действия между дворами продолжались на протяжении всего периода раскола. В 1338 г. Асикага Такаудзи был официально провозглашен первым сёгуном Асикага. В том же году был убит Нитта Ёсисада, в 1339 г. скончался император Го-Дайго, как говорят, сжимая эфес меча в правой руке и «Сутру Лотоса» в левой. Чтя заветы отца, Кусуноки Масацура поддерживал пламя сопротивления лоялистов. В 1347 г. он стал главнокомандующим армии Южного Двора при преемнике Го-Дайго, двенадцатилетнем Го-Мураками. В 1343 г. его атаковали войска Асикага под командованием Ко Моронао и Ко Мороясу. Он быстро отступил к Ёсино, где его принял юный император, который сказал, что клану Кусуноки доверяет больше, чем собственным локтям и бедрам. Это очень тронуло Масацура. Он и его люди помолились у гробницы Го-Дайго, на которой мечами вырезали свои имена. Перед уходом Масацура оставил прощальные стихи на двери храма, нацарапав их наконечником стрелы:

Дверь со стихами по сей день хранится в храме Нёйриндзи. Масацура выступил из Ёсино с небольшим войском и встретил врага при Синдзо Наватэ, где 4 февраля 1348 г. клан Кусуноки дал свое последнее сражение. Масацура был убит вместе со своим братом Масатоки и двоюродным братом Вада Такахидэ.

С гибелью семьи Кусуноки соперничество между двумя императорскими дворами опустилось до уровня свары из-за земельных владений, когда претензии враждебных династий отошли на второй план, а ход борьбы определялся личными счетами и политическими амбициями отдельных кланов. Действия некоторых из них во время этой войны содержат элемент фарса, ибо они переходили с одной стороны на другую с непостижимой скоростью. Возникали самые нелепые ситуации, когда семьи, не желавшие ничего, кроме мирного нейтралитета, бывали вынуждены объявить себя сторонниками той или иной партии. Оказаться на стороне проигравших означало бы для них финансовый крах. Чтобы предохранить себя от подобных случайностей, некоторые семьи устраивали так, что отдельные их ветви поддерживали разные стороны: чья бы земля ни была конфискована, она все равно оставалась во владении того же клана. В подобной ситуации создавалась видимость военной активности; как писал в «Истории Японии» сэр Джеймс Мурдох, «одна партия строила форт или частокол в стратегически важном месте и завозила припасы для гарнизона, другая же воздвигала нечто подобное в непосредственной близости. Жертвы во время стычек между двумя гарнизонами были крайне редким явлением, причем чаще всего это были случайные раны от стрел. Та партия, у которой раньше кончался провиант, отступала. Когда появлялся агент по рекрутскому набору, у лидеров «враждующих» сторон всегда находился для него веский аргумент: поскольку враг уже стоит у самых ворот, они никак не могут выделить людей для дальних экспедиций».