Осенние манёвры 1900 г. возглавил флагманский корабль «учебного» флота и, одновременно, 1-й эскадры «Кайзер Вильгельм II». Манёвры начались 15 августа в Вильгельмсхафене и окончились 15 сентября в Свинемюнде.

Первым этапом учений являлись тактические манёвры в Германской бухте Северного моря. На втором этапе в приближённой к боевой обстановке корабли совершили переход вокруг мыса Скаген в Данцигскую бухту Балтийского моря. Последующим походом в среднюю часть Балтийского моря опять в приближённых к боевым условиях начался третий этап учений, в котором содержался основной смысл стратегии манёвров. Все три этапа учений прошли организованно и без каких-либо происшествий. 15 сентября в районе Свинемюнде весь состав учебного флота 1900 г. распустили. После манёвров последовали различные организационные изменения как в отношении командного, так и корабельного состава.

Командующий практической эскадрой вице-адмирал Гофман 15 сентября впервые взошёл на борт нового линкора «Кайзер Фридрих III», но уже 29 сентября перешёл с него на вернувшийся 21 сентября в строй «Кайзер Вильгельм II». Одновременно приказом от 23 сентября сменили временно поднявшего свой флаг на броненосце 3-го класса «Вюрттемберг» контр-адмирала Бюкселя. 30 сентября на борту линкора «Кайзер Фридрих III» его сменил и поднял свой флаг новый младший флагман контр-адмирал Фишель, да и то всего на несклько дней, поскольку этот корабль в конце года ушёл на ремонт на верфь. Вместо него временно флагманским кораблём нового младшего флагмана стал устаревший броненосец «Баден».

Указанную в приказе от 23 сентября смену командования 1-й эскадры произвели 29 сентября в Киле, после чего её новый командующий вице- адмирал принц Генрих Прусский поднял свой флаг на борту линкора «Кайзер Вильгельм II».

Дальнейшие организационные изменения произошли 1 ноября, когда новый командующий практической эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский покинул свой прежний флагманский линкор «Кайзер Вильгельм II», сделав своим постоянным флагманским кораблём «Кайзер Фридрих III».

Хотя и с перерывами, то из адмиральского помещения, то с капитанского мостика, принц Генрих руководил несением практической службы 1-й эскадры, самой современной для того времени части германского флота, до осени 1903 г., пока во время больших осенних манёвров командующий учебного флота адмирал фон Кёстер не принял на себя общее командование флотом, сменив его на этом посту, и не перешёл на «Кайзер Вильгельм II».

В то время как корабли рассредоточились по своим базам, «Кайзер Вильгельм II» получил особое задание, так что командующему эскадрой пришлось перейти на линкор «Кайзер Фридрих III», а его младшему флагману в свою очередь с него на устаревший броненосец «Вюрттемберг». Но это длилось всего лишь несколько дней, с 15 по 21 сентября 1900 г.

Непосредственно после осенней смены мест базирования замена младшего флагмана (контр- адмирала Бюкселя сменил контр-адмирал Фишель) была регулярной, но неожиданная смена нынешнего командующего флотом и, соответственно, 1-й эскадрой вице-адмирала Гофмана носила прямо-таки вызывающий характер и была произведена в необычайно резкой форме.

Вопреки широко распространённому в то время официальному мнению что внезапная отставка заслуженного адмирала произошла исключительно из-за того, что к началу года его предполагали назначить на пост командующего крейсерской эскадрой, чтобы повысить находящегося в настоящее время в распоряжении кайзера вице-адмирала принца Генриха Прусского, который был значительно младшим по продолжительности прохождения службы, оказалось, что этому способствовали принципиальные расхождения во мнениях в высшем германском военно-морском руководстве. Вероятно, к этому времени также играли роль некоторые постоянно возникающие спорные вопросы о формах постановки задач морским генеральным штабом.

Вице-адмирал Гофман отстаивал своё мнение перед кайзером, принцем Генрихом Прусским и начальником морского кабинета вице-адмиралом фон Сенден-Бибраном, настойчиво предлагая существенное усиление роли морского генерального штаба. Но, по их мнению, решающую роль должно было играть непременно командование флотом, и поэтому уже в ноябре стало известно о предстоящим назначении в следующем году командующим флотом адмирала фон Кёстера.

В противоположность прежнему командующему эскадрой вице-адмиралу Томсену, который полагал главным приоритетом совершенствование тактики с целью достижения наиболее эффективного действия артиллерии в бою на дальних дистанциях, вице-адмирал Гофман отдавал большее предпочтение стратегии и в этом направлении предполагал проводить обучение флота.

Его взгляды, на основании которых он предлагал внести изменения в действующий с 1895 г. строевой устав, встретили в высшем германском военно-морском руководстве такое противодействие, что тотчас же после окончания манёвров вышло распоряжение об его смене с поста командующего флотом, за которой последовала немедленная отставка.

Обладая немалым опытом штурмана, вице-адмирал Гофман первым осмелился провести проливом Малый Бельт в густом тумане подчинённые ему линкоры, чем заслужил быть отмеченным в истории германского военно-морского флота.

Когда вице-адмирал принц Генрих Прусский вступил в командование 1-й эскадрой, она имела следующий состав: линкоры «Кайзер Фридрих III» (флагманский корабль командующего эскадрой), «Кайзер Вильгельм II», устаревшие броненосцы «Баден» (флагманский корабль младшего флагмана), «Саксен», «Вюрттемберг», авизо «Яагд», и скорее формально принадлежащий к ней броненосный крейсер «Фрейя», находящийся ещё в стадии проведения испытаний.

Затем в составе 1-й эскадры произвели очередные организационные изменения, в результате чего устаревшие броненосцы «Саксен» и «Вюрттемберг» вывели из состава эскадры и передали в резервную дивизию Северного моря. Вместе с вновь вошедшим в строй 2 октября их модернизированным систершипом «Баден» они только временно были в составе 1-й эскадры.

Эти три бывших броненосных корвета, затем устаревшие броненосцы 3-го класса, а теперь по новой классификации модернизированные линкоры, фактически принадлежавшие резервной дивизии Северного моря, во время нахождения линкоров типа «Бранденбург» на Дальнем Востоке временно ввели в состав 1-й эскадры.

Штаб 1-й эскадры имел следующий состав: командующий 1-й эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский, начальник штаба корветтен- капитан Рииве, флаг-лейтенант офицер морского генерального штаба обер-лейтенант Рихтер, младший флагман контр-адмирал Фишель, флаг- лейтенант обер-лейтенант фон Хиппель.

Однако флагманские корабли менялись довольно часто. Уже 14 октября младший флагман контр-адмирал Фишель спустил свой флаг на борту линкора «Кайзер Фридрих III» и перенёс его на устаревший броненосец «Баден», затем 11 ноября снова на «Кайзер Фридрих III».

Сначала линкоры 1- й эскадры проводили обучение по программе одиночного корабля. Затем с 4 по 15 декабря вся эскадра начала зимний учебный поход, во время которого с 10 по 12 декабря корабли посетили Ларвик (Норвегия). Флагманский линкор эскадры «Кайзер Вильгельм II» входил в состав 1-й эскадры только тактически и вместе с ней принимал участие в этом походе. В соответствии с «Высочайшим распоряжением» от 11 декабря 1900 г. крупные боевые корабли поменяли основные (зимние) места базирования, а именно линкоры типа «Кайзер» стали базироваться в Киле, а устаревшие броненосцы типа «Саксен» в Вильгельмсхафене.

“Кайзер Вильгельм дер Гроссе” во время шторма (С открытки того времени)

В январе 1901 г. «Кайзер Вильгельм II» ввели в док для текущего ремонта. При этом не было принято во внимание запланированное направление линкора на траурную церимонию в Англию по случаю кончины королевы Виктории.