После столь значительных политических изменений в расстановке политических сил высшая власть, словно прозрев, обрушилась на еретиков со всей возможной силой и жестокостью. Теперь инициатором их преследования выступал сам великий князь Иван. По его настойчивому желанию в 1504 году был созван «собор на жидовствующих», но сам князь от участия в его работе уклонился, препоручив ведущую роль объявленному наследником великому князю Василию Ивановичу.
Постановлением собора, как уличенные в лютой ереси, были приговорены к сожжению в срубах дьяк Иван-Волк Курицын, Иван Максимов и Дмитрий Пустоселов. Еще одного еретика — Некраса Рукавова — по урезании языка отправили в Новгород и уже там сожгли вместе с юрьевским архимандритом Кассианом, его братом Иваном Самочерновым, Никитой Рукавовым и некоторыми другими. Часть новгородских «жидовствующих» успела скрыться в Литве, где в 1503 году, готовясь к очередной войне с Московским княжеством, сильно нуждавшийся в деньгах Александр Яггелон отменил свой указ об изгнании евреев, изданный за семь лет до этого. Евреям разрешили вернуться и жить во владениях князя, где пожелают, открывать синагоги, иметь свои кладбища. За эти милости иудеи должны были платить большой налог и, кроме того, содержать на свой счет отряд из тысячи всадников. Бежавшие в Литву «жидовствующие», формально приняв иудаизм, стали членами литовской общины, утратив в словосочетании «русские евреи» прилагательное «русские», став просто евреями, или, как их называли теперь, «литваками».
Годом позже после казней «жидовствующих» в Москве и Новгороде в своей темнице от тяжкой болезни скончалась покровительствовавшая еретикам великая княгиня Елена Стефановна Волшанка. Ее сын Дмитрий Иванович, которого постоянно держали под контролем, после смерти деда, князя Ивана, наследовавший княжеский венец Василий Иванович приказал заточить в темницу, где и держал его до самой смерти, последовавшей 14 февраля 1509 года.
Борьба с ересью «жидовствующих» кардинально изменила отношение православных к евреям. Если прежние правители никогда не были антисемитами, то наследовавший престол внук великого князя Ивана, первый русский царь Иван Васильевич по прозвищу Грозный, проявил себя как отчаянный юдофоб. Он запретил евреям въезд в свои владения и строго следил за исполнением этого правила. Когда в 1550 году польский король Сигизмунд-Август попытался вступиться за диаспору, прося разрешения евреям привозить товары и вести коммерческие дела в русских городах, напомнив о том, что отец и дед Грозного разрешали купцам-иудеям вести дела, так же как и мусульманам и христианам, московский царь ответил ему резко. Он тоже привел пример из недавней истории: «Жиды людей от христианства отводили (намек на проповедь “жидовствующих”) и отравныя зелья в наше государство привозили (память о неудаче “мистро Леона” при лечении великого князя Ивана Молодого). И ты бы, брат наш, вперед о жидах нам не писал!»
Имея перед глазами образец Московского Кремля, возведенного отцом, великий князь Василий III пожелал возвести цепь аналогичных твердынь на границах Московского княжества. Этот тип крепостей характерен для Ломбардии, столицей которой является славный град Милан, откуда на службу русским князьям приехало немало мастеров и разного рода умельцев. В 1508 году были начаты работы в Нижнем Новгороде, где под руководством архитектора Пьетро Франческо к 1515 году была возведена мощная крепость с тринадцатью боевыми башнями. В 1521 году было закончено строительство кремля в Туле, а четырьмя годами позже начались работы в Коломне. Как предполагают, строительством коломенской крепости распоряжалась команда итальянских мастеров, которыми руководил опытный зодчий Алевиз Фрязин, которого звали Алевиз Новый, так как до его приезда в Москве работал миланский архитектор Алевиз де Каризано, прибывший сюда еще в 1494 году.
Алевиз Новый отправился в Московию десятью годами позже своего миланского тезки и коллеги в составе очередной группы итальянских мастеров, которая сопутствовала русским послам, возвращающимся из Италии. Они добрались морским путем до Крыма, где их некоторое время удерживал хан Менгли-Гирей, предложивший поработать на строительстве Бахчисарайского дворца. В июне 1503 года хан писал Ивану III: «Нонеча слава Богу, на свои руки взял есми Дмитрия Ларева да Митрофана Федорова Карачарова; и мастеры твои иуня месяца к нам приехав и челом ударили. Мастеры фрясские и с женами и с детьми и с девками к нам пришли». Помянутые в ханском послании «Ларев» и «Карачаров» — это послы князя Ивана III, Дмитрий Рал ев и Митрофан Федорович Карачаров, посланные в 1499 году в Венецию «о княжьих потребах». Там они навербовали «серебряных, пушечных и сенных дел мастеров», в числе которых был и архитектор Алевиз. Посол при ханском дворе боярин и воевода Алексей Григорьевич Заболоцкий в своем донесении уточнял дату прибытия посольского каравана с итальянскими мастерами — до ханской столицы они добрались «за две недели до Петрова Заговенья», то есть не позже первых дней июня. В Бахчисарае посольство задержалось до сентября 1504 года, и за этот в принципе короткий срок — всего за год — архитектор Алевиз успел выстроить для хана прекрасный Бахчисарайский дворец. Отпустив после настоятельных просьб ожидавшихся в Москве мастеров, хан, на тот момент московский союзник, премного довольный работой Алевиза, так писал о нем «брату своему князю Ивану»: «Меня брата твоего ярлык взяв, пошел Алевиз мастер, вельми доброй мастер, не как иные мастеры, вельми великий мастер... То как меня почтишь и мое брата своего слово почтишь, того фрязина Алевиза пожалуешь, ты ведаешь». Архитектор вполне оправдал столь лестную аттестацию.
Сразу по приезде в Москву он взялся за дело, что называется, «засучив рукава». Всего за четыре строительных сезона — с 1505 по 1508 год — он возвел Архангельский собор, второй по величине в Московском Кремле. Одновременно в 1508 году Алевиз окончил строительство церкви Рождества Иоанна Предтечи у Боровицких ворот. В том же году он устраивает пруды в Кремле и сооружает ров шириной 34 метра, глубиной 10 метров, выложенный белым камнем, который проходил вдоль кремлевской стены по Красной площади, замыкая водяное кольцо вокруг столичной цитадели. С 1514 по 1519 год Алевиз построил в Москве одиннадцать церквей, в числе которых собор митрополита Петра в Высоко-Петровском монастыре, а еще несколько храмов в Александровской слободе.
Окончательно «взяв за себя» рязанские земли, великий князь Василий получил и новую заботу — непосредственную границу со Степью, от которой прежде Москву прикрывала Рязанщина, теперь сама ставшая частью Московии. Необходимо стало укреплять свое новое владение и заново обустраивать пограничье, которому постоянно грозил набег из Крыма и Степи, а потому под руководством Алевиза Нового одновременно строились крепости в Коломне и Зарайске.
Коломенская крепость прикрывала перекресток дорог — там сходились пути от Рязани к Москве и от Каширы на Владимир. Кроме того, Коломна являлась опорным пунктом обороны окских бродов и речного торгового пути по Москвереке, недалеко от города впадавшей в Оку, по которой можно было идти к Волге и дальше до Каспия, выходя к главным путям торговли с восточными странами.
Материалы для этих построек заготавливали прямо на месте. В Коломне известь выжигали в ямах, используя известняк, добываемый на осыпях крутого берега Оки, возле села Протопопова. Там же ломали камень, из которого тесали строительные блоки. Коломна славилась исстари «скудельниками» — горшечниками, которые знали, что делать с глиной, а потому без особых проблем удалось наладить выпуск очень качественного кирпича.
Сохранились описания этапов строительства крепостей, весьма похожих на коломенскую, которые обычно строили на месте прежних деревянных укреплений — «острогов», «детинцев», «кременцов». По мере разборки деревянных стен на освободившемся месте рыли глубокие рвы-котлованы, в дно которых плотно забивали дубовые сваи, а пространство между ними заполняли утрамбованной землей; в эту землю забивали новые сваи, а поверх них укладывали толстые продольные и поперечные врубленные друг в друга бревна. Клетки между бревнами заполняли землей и щебнем. В местах, где грунт был твердый, булыжник укладывали прямо на дно траншеи, скрепляя его известковым раствором. Закладывали фундамент из тесаного белого камня, на котором возводили стены.
