Однако развить немедленно свой успех Петр не мог. Он сам признавался, что победа далась ему нелегко («зело жесток сей орех был»), а потому надо было прежде всего привести в порядок материальную часть армии (во время осады и штурма Нотебурга было выпущено около 15 тысяч снарядов и истрачено более 4 тысяч пудов пороха). Для снабжения армии боевыми и другими припасами следовало ждать вскрытия Невы. Кроме того, Петр поджидал прибытия новых подкреплений. Все эти обстоятельства заставили его отложить поход вниз по Неве до весны 1703 г. Но вместе с тем затягивать развитие наступления было опасно: морские силы шведов могли войти в устье Невы, а шведские войска, опираясь на крепость Ниеншанц, находившуюся почти у самого устья (при впадении Охты в Неву), имели возможность предпринять контрнаступление. Допустить это — значило бы аннулировать только что одержанный успех. Вот почему Петр ранней весной 1703 г. возобновил наступление. Главной задачей его теперь было овладение Ниеншанцем и защита Невы от проникновения в нее шведов с моря.

23 апреля 1703 г. Б. П. Шереметев во главе корпуса пехоты численностью в 16 тысяч человек направился к Ниеншанцу. На следующий день, не дойдя 15 верст до крепости, он выслал вперед двухтысячный отряд с разведывательными целями. Отряд подошел к самой крепости и после короткой стычки с неприятельской заставой занял место у внешнего вала. 26 апреля к Ниеншанцу подошел Шереметев и расположился около него лагерем. Немедленно же начались осадные работы. Шведы вели по осаждающим непрерывный орудийный огонь, но особенного вреда не наносили. В тот же день из Шлиссельбурга прибыл Петр с караваном барок, на которых находилось 16 трехпудовых мортир, 48 пушек крупного калибра, бомбы, фашины, шанцевый инструмент и т. п.

28 апреля Петр с семью ротами Преображенского и Семеновского полков на 60 лодках отправился вниз по Неве «для осматривания невского устья и для занятия оного от прихода неприятельского с моря». В эту разведку Петр впервые имел возможность познакомиться с местом основания новой крепости и города. Оставив на острове Витусаари (позднее Гутуевский) заставу из трех рот, он 29 апреля вернулся в лагерь под Ниеншанцем. Ко времени возвращения Петра осадные работы были закончены и батареи возведены. 30 апреля Шереметев послал к коменданту Ниеншанца парламентеров с предложением сдаться. После отказа шведов, с вечера 30 апреля началась артиллерийская стрельба, продолжавшаяся до рассвета 1 мая. На рассвете шведы заявили о согласии сдаться. Начались переговоры о сдаче. К полудню они были закончены. По условиям сдачи в руки русских переходили вся артиллерия и военное имущество крепости. Гарнизон и жители города отпускались в Выборг. 2 мая после благодарственного молебна «за оную полученную над неприятелем победу о взятии крепости, а наипаче, что желаемая морская пристань получена», русские войска вошли в крепость и город, а шведский гарнизон и городские жители были выведены из Ниеншанца и поставлены у Невы, откуда 9 мая они были отпущены в Выборг.

Таким образом, вся ниеншанцская операция, начиная с выступления корпуса Шереметева и кончая капитуляцией крепости, заняла всего 8 дней.

Подавляющее превосходство русских сил определило столь быстрый успех. Но легкость, с какой досталась в руки Петра крепость, ни в какой мере не означала, что Нева уже прочно закреплена за русскими. Шведская угроза со стороны моря продолжала висеть над тем сухопутным войском, какое появилось близ устья Невы. Петр это превосходно понимал, что он и доказал своей разведкой взморья, произведенной накануне взятия Ниеншанца. Его опасения подтвердились. Вечером 2 мая к Петру прибыл посланный от начальника заставы на Витусаари с извещением, что на взморье появилась шведская эскадра, состоявшая, как выяснилось впоследствии, из 9 судов под командованием Нумерса. Шведский адмирал двумя пушечными выстрелами дал знать о своем прибытии гарнизону Ниеншанца, о судьбе которого он, конечно, не подозревал.

С целью обмануть шведов Шереметев приказал ответить двумя же выстрелами из русского лагеря и повторять этот сигнал ежедневно утром и вечером. Шведы поддались обману и спокойно оставались на взморье. 6 мая от шведской эскадры отделились бот «Гедан» и шнява «Астрель», направились к Неве и стали в ней недалеко от устья.

Шведы неоднократно посылали матросов за лоцманами. Но всех посыльных ловили русские гвардейцы, специально для этого поставленные.

5 мая прибыл гонец, доложивший, что два корабля из шведской эскадры, подошли к самой Неве и стали на якорях. Было решено плыть на лодках на разведку. Снарядили 30 лодок. На передней лодке плыл сам царь Петр. Вместе с ним был старый рыбак. Старик сообщил, что к взморью есть два пути: по небольшой речке (Фонтанке) и прямо по Неве, мимо Лосьего (Васильевского) острова. Решили разделиться. 17 лодок во главе с Меншиковым пошли по Фонтанке, а остальные 13 во главе с Петром поплыли напрямик, прячась у лесистых берегов Лосьего острова.

Приблизившись к шведским кораблям, «лодочная флотилия» затаилась: стали ждать темноты... Наконец набежала небольшая тучка, закропил дождик. Петр махнул рукой и атака началась.

Часовые на восьмипушечном «Астреле» и десятипушечном адмиральском боте «Гедан» мирно дремали. Стук весел сливался со звуком дождя, поэтому лодкам удалось подойти очень близко, когда их все-таки заметили.

С «Астреля» послышался ружейный залп. Еще один. Но в суматохе шведы не могли как следует прицелиться. Прямо на палубе взрывались гранаты.

Одним из первых на «Астрель» влез «бомбардир-капитан» огромного роста, с топором и гранатой в руках. За ним лезли преображенцы... Жестокая, быстрая схватка и «Астрель» в руках Петра I. А в это время Меншиков захватил «Гедан».

Меншиков Александр Данилович (1673  1729) — ближайший сподвижник Петра I, талантливый полководец и гос. деятель, генералиссимус русской армии. С 1703 г. — первый губернатор и руководитель строительства Петербурга и крепости Кронштадт. В 1706 г. под его руководством была разгромлена 27-тысячная шведско-польская армия у Калиша. В Полтавской битве 1709 г. блестяще осуществил замысел Петра по охвату и разгрому левого крыла шведов. Настойчивым преследованием принудил остатки шведской армии к капитуляции у Переволочны. При Петре II попал в опалу и в 1727 г. был сослан в Березов (Зап. Сибирь), где и умер.

Победителей встречали и салют и награда. Фельдмаршал Шереметев и адмирал Головин, старейшие кавалеры ордена св. Андрея Первозванного, возложили его на Петра Алексеевича, Александра Меншикова и Гаврилу Головкина.

На медали было выгравировано «Небывалое бывает»...

Офицеры и солдаты были награждены золотыми медалями. Вид сражения и изображение обоих шведских кораблей были по распоряжению Петра выгравированы художником-голландцем Адрианом Шхонебеком.

Московский резидент Отто Плейер своему государю в Вену

10 мая 1703 г.

Вместе с первым министром уехал к его царскому величеству в Нотебург, теперь назывемый Шлиссельбургом, польский посол г. фон Кенигсек. Недалеко оттуда строятся корабли… После прибытия его царского величества и других господ был спущен на воду один из тех кораблей — быстроходное судно, после чего до поздней ночи пили и кричали «виват!», и наконец каждый в темноте вернулся на свою квартиру. При этом, однако, с господином польским послом произошло несчастье: его штурман напился пьян, посол также был не слишком трезв, и они наехали ночью на лежащий на воде якорный канат другого судна, опрокинулись, и посол, а вместе с ним и еще несколько человек утонули, и тела их пока не найдены».

Царь Петр из Шлиссельбурга Федору Апраксину

Здесь все изрядно, милостию Божиею; толко зело нещасливый случай учинился за грехи мои: перво доктор Клем, а потом Кенигсек, который уже принял службу нашу, и Петелин утонули внезапно. И так, вместо радости, плач…