Молитвы папы могли очень пригодиться Генриху. Как раз в это время, объединившись с графом Голландским, возмутился герцог Нижней Лотарингии Готфрид. Граф Фландрский принял их сторону. Фризы все как один взялись за оружие, восстали против немцев и изгнали их из своих земель.

Несмотря на эти и многие другие трудности политического характера, император продолжал поддерживать реформаторскую деятельность папы. Климент II уже в январе 1047 г. созвал первый Собор, направленный против симонии; здесь же он канонизировал благородную монахиню Вибораду, которой приписывали пророчество о нашествии венгров. Благодаря предсказанию удалось спасти от разорения библиотеку монастыря Святого Галла. Но во время нашествия дикие мадьяры зарубили Вибораду топором. Тело мученицы было торжественно похоронено 8 мая 926 г. в ее собственной келье.

Затем Климент II отправился вместе с императором Генрихом в Южную Италию, а уже летом 1047 г. с пастырским визитом двинулся на север Италии. Однако в сентябре он тяжело заболел малярией и скончался в монастыре Святого Фомы недалеко от г. Пезаро.

Климент II остался в памяти Церкви как честный человек и справедливый правитель. Несмотря на весьма преклонный возраст, он прославился своей эрудицией и умом, но короткий срок понтификата не позволил ему в полной мере использовать их во благо Римской церкви.

Проведенное в наши дни исследование останков Климента показало наличие в них соединений свинца, что отчасти подтверждает средневековое предание об отравлении папы свинцовым сахаром. Впрочем, в те времена это вещество использовалось в качестве лечебного средства. Тело папы привезли из Италии в его старую епархию Бамберг — он стал единственным папой, похороненным в Германии.

Получив известие о кончине Климента II, сторонники Тускулумского дома снова провозгласили в Риме папой Бенедикта IX (8.11.1047–17.7.1048), вступившего на Св. Престол уже в третий раз. О ненавистном Бенедикте поговаривали, что он отравил Климента II, но это не помешало ему вновь возглавить Церковь. Кардинал Бароний писал о временах Бенедикта IX: «В то время католический мир так слушался Римской Церкви, что не отказывал в почитании и чести любому, кто сидел на Престоле Петра, потому что смотрел не на того, кто занимал его, а, прежде всего, на того, кого он замещал».

Через несколько месяцев после смерти Климента II, в июле 1048 г., в Рим прибыл новый ставленник императора Поппо фон Бриксен, который принял имя Дамас II (17.7.1048–9.8.1048). Папа был назначен императором в Ульме, и Генрих III как сюзерен попросил могущественного маркграфа Бонифация Тосканского сопроводить нового понтифика в Рим. Тем не менее, когда Дамас II приехал в Тоскану, маркграф отказал ему в помощи, поскольку, как выяснилось, поддерживал притязания Бенедикта IX. Без военной поддержки новый папа не смог вступить в Вечный город, жители которого яростно сопротивлялись навязанному им немецкому папе. Удрученный Дамас был вынужден вернуться в Германию. Генрих III повторил приказ Бонифацию, причём уже в такой форме, что ослушаться было невозможно.

Фон Бриксен был старым соратником императора Генриха II и находился в родстве со знатным южнонемецким семейством Бабенбергов. Его имя постоянно встречается при описании деяний Генриха Святого, которого он сопровождал во время похода в Италию в 1046–1047 гт.

Но едва успев показаться римлянам, новый германский папа покинул город. Дамас чувствовал себя более счастливым на епископской кафедре небольшого местечка в Тироле, чем в сане наместника св. Петра в Риме. Возведенный с таким трудом на папский престол, новый глава Церкви сумел продержаться на нем только 23 дня. 9 августа 1048 г. он скончался недалеко от Рима, в городке Палестри-на, где укрывался от царящей в те дни невыносимой жары. То ли действительно жара оказалась для него слишком сильной, то ли искусство Бенедикта достигло небывалых высот, но кафедра св. Петра опять оказалась вакантной.

После смерти Дамаса для большинства церковных иерархов папский престол стал вовсе не той целью, к которой стоило стремиться.

Бруно, сын графа Гуго Эгисхейм-Дагсбурга из Эльзаса и его супруги Хейлевиды, родственник Генриха III, тоже не испытывал горячего желания занять опасный престол св. Петра. Однако по желанию императора он был назначен папой в Вормсе и в папском сане принял имя Лев IX (21.6.1002–12.2.1049–19.4.1054).

Это была своеобразная личность: аскет, происходящий из образованной и благочестивой семьи, человек святой жизни. Он был богато одарен в самых разнообразных науках и искусствах — музыке, словесности, теологии — и особенно интересовался каноническим правом. Восемнадцати лет он получил должность каноника собора Св. Стефана, а в двадцать два — диакона. Когда после смерти Генриха II на германский престол взошёл Конрад II, приходившийся Бруно двоюродным братом, он назначил кузена придворным каноником, а после смерти в 1026 г. епископа Туля Гериманна возвел его на кафедру.

Свое правление Лев начал с реорганизации папской курии, куда ввел много иностранцев. Бургундский монах Гумберт был назначен кардиналом-епископом Сильва Кандида и стал правой рукой папы. Для оказания помощи в управлении Церковью были также вызваны два лотарингца: Гуго Кандид и брат герцога Готфрида Лотарингского архидиакон Фридрих. Умонастроения выбранных помощников говорили о многом. По-видимому покорный светской власти, папа в глубине души лелеял мечту о независимости Церкви.

Великий аббат Клюнийский Одилон рекомендовал ему в качестве секретаря и советника Гильдебранда. Но маленький монах считал своего патрона не «наместником апостолов, а отступником, так как тот пытался захватить римское епископство по приказу императора». Гильдебранд сумел так настроить папу Льва, что тот отказался от результатов выборов и босой, в одеянии простого паломника отправился пешком в Рим, захватив с собой секретаря. Гордый немецкий аристократ не захотел быть навязанным итальянцам силой и предложил им открыто высказаться: если они не хотят его видеть в Риме, он удалится обратно в Туль. Но римляне добровольно приняли его.

При реорганизации Папской курии Лев доверил Гильдебранду имущественные и хозяйственные вопросы и даровал титул кардинала-субдиакона.

Став верховным первосвященником, Лев немедленно столкнулся с вооружённым сопротивлением Тускулумского дома. Но он действовал решительно и опустошил все территории, подконтрольные этому роду, а папу Бенедикта IX и всех его сторонников отлучил от Церкви.

В рамках своей реформаторской деятельности папа много ездил по Европе. Всего за время понтификата он провёл двенадцать поместных Соборов в разных городах. Действуя решительно и последовательно, он вывел монастыри из подчинения светской власти, передав их под защиту Св. Престола. Стремясь к укреплению мира в Европе, он употреблял свои дипломатические способности и авторитет Церкви, чтобы предупреждать или останавливать кровопролитие.

В мае 1049 г. он встретился в Германии с Генрихом III. Императору трудно давалась борьба с герцогом Готфридом Бородатым, воевавшим с родным братом за право единолично править Лотарингией. Победить мятежника ему удалось только после двух военных походов и с помощью папы, который отлучил от Церкви Готфрида и тем самым способствовал прекращению междоусобной войны.

Несмотря на недовольство императора, Лев затем поехал во Францию и в Реймсе созвал синод франкских и английских епископов и аббатов, где были подготовлены и изданы ряд реформаторских декретов. Одним из его постановлений был повторный запрет на брак нормандского герцога Вильгельма, впоследствии завоевавшего Англию, и Матильды Фландрской. На обратном пути в Рим Лев еще раз посетил Германию. Повсюду на своем пути папа активно призывал к борьбе с двумя главными пороками Церкви — симонией и развратом.