Командиром крейсера назначили опытного моряка, начинавшего свою службу еще на царском флоте матросом крейсера «Россия», капитана 2 ранга С. Сергеева. Сергей Михайлович воевал в Испании, был начальником штаба дивизиона миноносцев республиканского флота. За умелое руководство боевыми действиями кораблей дивизиона и личное мужество он был награжден двумя орденами Красного Знамени. После возвращения на Родину капитан 2 ранга С. Сергеев работал в группе специалистов по приемке боевых кораблей от промышленности.

Приняв под командование вспомогательный крейсер, Сергеев сумел быстро ввести его в состав действующих кораблей. Многие из вчерашних гражданских моряков стали отличными военными специалистами. «А. Микоян» принимал участие в боевых действиях в период обороны Одессы, огнем своих пушек отразил десятки налетов вражеской авиации, подавлял огневые точки, отражал атаки вражеских танков и пехоты. В боях сплотился его экипаж, в полной мере проявился боевой талант командира.

После того, как Одесса была оставлена нашими войсками, пришел неожиданный приказ разоружить крейсер. Только один командир знал, для чего это делается. В те дни недоумевающие матросы и командиры, помогая рабочим завода демонтировать оружие и приборы, даже не догадывались о том, какая судьба уготована их кораблю. Крейсер вновь стал ледоколом.

Темной штормовой ночью 25 ноября 1941 года ледокол вышел из порта и взял курс вдоль турецких берегов. Из экипажа крейсера на нем осталось сто шестьдесят пять человек, а из бывшего вооружения — девять пистолетов у командного состава. Только здесь в море экипажу объявили задачу: предстояло пройти двадцать восемь тысяч миль через три океана и десятки морей на Дальний Восток. В то время даже командир не знал, что в последующем ледоколу предстоит провести льдами Северного морского пути группу эскадренных миноносцев с Тихоокеанского флота на Северный и таким образом замкнуть кольцо кругосветного плавания.

Полным ходом, который у угольного ледокола не превышал десяти узлов, «А. Микоян» шел Черным морем, сторонясь вероятных путей движения вражеских кораблей и судов. Сначала его маршрут имитировал переход в Севастополь, и только через сутки, когда темнота укрыла море от наблюдения с воздуха, он взял курс на Босфор. В пролив вошли в предутренних сумерках, бросили якорь на рейде в Стамбуле.

По договоренности Советского правительства с правительством Великобритании от пролива Дарданеллы до английской военно-морской базы на острове Кипр ледокол должны были сопровождать английские корабли. Но когда Сергеев прибыл в английское посольство в Стамбуле, помощник военного атташе заявил, что английский флот в Средиземном море не сможет выделить ему эскорт и ледоколу надлежит идти самостоятельно.

Это было равноценно предательству: Стамбул кишел шпионами, а итальянский флот представлял собой в то время немалую силу. Да и корабли фашистской Германии были тогда уже на Средиземном море. Но особую опасность представляла фашистская авиация, господствовавшая над Эгейским морем. Какими бы мотивами ни руководствовались англичане, но в результате их отказа перед экипажем встала сложная задача самостоятельно прорываться через вражеские заслоны.

Вернувшись на судно, Сергеев, вместе со своим первым помощником принял решение уходить с рейда как можно скорее и незаметнее, без разрешения властей.

В 01.40 без объявления аврала матросы заняли места по съемке с якоря. На баке темнела фигура боцмана Т. Мороза, приготовившегося начать по приказанию с мостика выборку якоря. Потихоньку заработал брашпиль, медленно пошла якорь-цепь. Ледокол понемногу начал двигаться вперед. Как только якорь оторвался от грунта, Сергеев приказал дать самый малый ход. В сумраке ночи ледокол безмолвной тенью заскользил в сторону от берега. Только тихие всплески воды за бортом говорили о том, что он движется. Выйдя на фарватер, дали полный ход. В темноте валивший из труб чёрный дым был не особенно заметен, тем более что кочегары старались изо всех сил, чтобы ни одна искорка не вылетела из трубы. Чтобы не наскочить на скользившие без огней многочисленные лодки или на какой-либо плавающий предмет, командир приказал выставить на носу и по бортам дополнительных наблюдателей.

Через полчаса огни Стамбула остались позади. Без каких-либо происшествий корабль вышел в Мраморное море. На счастье, начался моросящий дождь, за серой пеленой которого скрылись проплывавшие за бортом берега.

Под покровом ночи и дождя прошли пролив Дарданеллы и в предрассветных сумерках вышли в Эгейское море. Весь день и всю следующую ночь, уклонившись в сторону от международных путей движения, ледокол полным ходом шел на юг. К утру дождь прекратился, видимость увеличилась, и Сергеев на период светлого времени решил затаиться у небольшого островка, подойдя к берегу настолько, насколько позволяла глубина. Весь день прошел в напряженном ожидании. Но никто в течение дня вблизи ледокола не появился. Только на горизонте несколько раз мелькнули силуэты каких-то кораблей. Перед сумерками «А. Микоян» снялся с якоря.

Предстояло пройти самый опасный участок. Впереди по курсу — остров Родос, на котором находилась база врага. Прошла ночь. Островов, у которых можно было бы отстояться, в этом районе не было. Ложиться в дрейф вблизи военно-морской базы противника, чтобы дождаться вечера, было опасно: тушить топки нельзя, а в условиях ясного дня в открытом море дым из труб далеко виден. Посоветовавшись с Новиковым, Сергеев решил идти вперед.

На судне готовились к встрече с противником. В том, что эта встреча произойдет, никто не сомневался. Аварийные партии проверили пожарную магистраль, разнесли по палубе шланги, огнетушители, ящики с песком. Около вентилей открытия кингстонов выставили специальный пост. Наблюдатели внимательно осматривали каждый квадрат моря, каждый сектор воздуха. Радист Н. Коваль прослушивал эфир. Несколько раз он обнаруживал работу радиостанций, ведущих переговоры на немецком и итальянском языках. И вот впереди по курсу появились две точки. Вскоре уже можно было различить быстро несущиеся торпедные катера. Они приблизились к ледоколу. На ломаном русском языке с одного из них в мегафон запросили, чей корабль и куда он следует, хотя задавать этот вопрос и не было смысла. Красный флаг с золотым серпом и молотом красноречиво говорил врагу о принадлежности судна.

На ледоколе царило молчание. Сергеев, остановившись у обвеса мостика, внимательно наблюдал за действиями врага. На него навели пулеметы. Первые трассы пуль пронеслись над головами советских моряков.

— Следовать за нами! Курс на Родос! — раздался приказ с катера. На фалах катеров затрепетали флаги международного свода сигналов с этим приказанием.

Этот курс какое-то время будет совпадать с тем, которым должен был следовать ледокол, направлявшийся в Фамагусту. Поэтому Сергеев приказал рулевому следовать указанным с катера курсом. Один из вражеских катеров занял место впереди ледокола, другой — сзади. Можно было понять торжество фашистов: они ведут на базу захваченный без боя советский корабль!

Ледокол шел на малой скорости, стараясь растянуть время и подойти к Родосу как можно позднее, ближе к вечеру. Несколько раз с головного катера кричали, чтобы увеличили ход, на что сигнальщик неизменно сообщал о неисправности машины. Прошло несколько часов. Впереди показались горы Родоса. Там база врага… И тогда по ледоколу был передан сигнал: «Приготовить корабль к затоплению»!

Командир резко изменил курс и приказал выжать из машин все, что могли дать. На какое-то время фашисты опешили и их катера отстали. Но затем они вновь приблизились к ледоколу. Один из катеров оказался совсем рядом. Пользуясь этим, матрос, стоявший около пожарного гидропульта, быстро включил его и направил сильную струю воды на катер — фашист с мегафоном в руке был сбит с ног, а наш матрос уже поливал других членов экипажа катера, не давая им подняться и добраться до пулеметов и пушек. В это время со второго катера открыли огонь непосредственно по мостику и оказавшимся на палубе морякам. Пули и малокалиберные снаряды попадали в бронированный борт ледокола и не пробивали его, отскакивая в сторону.