В расположенной южнее Илийского края Кашгарии успехи католической миссии в XIX веке были настолько скромны, что после нескольких лет работы европейские миссионеры почти прекратили там свою деятельность [458]. Местное население в подавляющем большинстве состояло из мусульман, далеко не склонных к крещению. Что касается китайцев, то, как писал русский дипломат, это были «…искатели наживы, никакой религией, кроме денег, не интересующиеся»  [459]. В Кашгарии, в отличие от Джунгарии, заметнее была работа протестантских миссионеров. Активнее всего работала Шведская протестантская миссия. В 1890 г. там проповедовал датский миссионер о. Хандрикс. Поскольку местное население в основной своей массе было настроено против христианства, которое олицетворяло в их глазах и европейскую и китайскую экспансию, то нередки были и антимиссионерские выступления. В 1898 г. в Кашгаре произошло нападение на шведских миссионеров, был избит миссионер Л. Е. Хегберг, а жены шведских миссионеров укрылись в русском консульстве. В дальнейшем иностранные миссионеры основали свои постоянные миссии и построили соборы в Урумчи, Чанцзи, Мицюане, Хами, Аксу, Кашгаре, Тачэне (Чугучаке) и Или [460].

Православие проникло в Синьцзян, возможно, еще в XVIII веке вместе албазинцами и беженцами из России, в основной своей массе старообрядцами [461]. Однако к середине XIX века в регионе не сохранилось устойчивых православных или русских общин. В 1851 г. православие было «легализовано» на международно–правовом уровне, в статье 14 Кульджинского торгового трактата говорилось: «Китайское правительство ни в каком случае не вмешивается в то, что русские подданные в своей фактории отправляют богослужение по обрядам своей веры».

В период временной оккупации Илийского края в 1870–х годах русское население было выделено в отдельный приход, входящий в Томскую епархию. Первая временная церковь размещалась в одном из китайских зданий, в январе 1872 г. ее освятили во имя пророка Илии; владыка Платон прислал в Кульджу иеромонаха. Летом 1875 г. был заложен, а в марте 1877 г. освящен местным протоиереем М. Путинцевым новый храм (Св. Александра Невского); Кульджинский приход перешел в состав Туркестанской епархии. После подписания Санкт–Петербургского договора 1881 г. о возвращении Китаю Илийского края из тех мест началась эвакуация русских, а в регионе произошли многочисленные русско–китайские конфликты [462]. Губернатор А. Фриде приказал к 5 марта 1883 г. вывезти в Россию семьи русских, работавших в Кульджинском крае. Из православного храма в Кульдже была вывезена в Усек церковная утварь, окна и двери заложены кирпичом. Современники отмечали, что «присланные из Пекина фанатически настроенные войска нашли нужным смести даже следы русской культуры в крае». Через несколько лет на месте русского города уже была китайская пашня, от церкви не осталось даже следа. Каких‑либо данных о миссионерской деятельности в Кульдже или о принятии в православие представителей населения данной части Китая нет. Отсутствие миссионерской деятельности в Синьцзяне отчасти было связано с тем, что и в прилегающих районах России православное население было в меньшинстве [463].

Развитие русской колонизации Синьцзяна делало насущной проблему открытия православных учреждений в тех городах, где жили выходцы из России. В 1899 г. последовало обращение Степного генерал–губернатора [464] к председателю Миссионерского общества митрополиту Московскому с просьбой о выделении денег на постройку церкви в Кульдже и командировании туда иеромонаха. Предложение осталось без удовлетворения, так как устав не позволял Миссионерскому обществу «перешагнуть» государственную границу. Тем не менее, в начале ХХ века в некоторых городах Синьцзяна, включая административный центр этой провинции Урумчи, появились православные церкви. Правда, строительство шло медленно, и церковная жизнь не отличалась активностью [465]. Причина заключалась в крайней малочисленности собственно русских православных в составе российско–подданных жителей Синьцзяна [466]. Несколько активизировалась православная религиозная жизнь лишь после того, как в 1910–х годах русские земледельцы стали осваивать приграничные районы Илийского края [467]. В начале ХХ века в Кульдже имелся православный храм, в котором служил иеромонах Серафим. В Чугучаке службы проводили приезжавшие из России священники.

Центром православия во Внешней Монголии, как и вообще русского присутствия в этой части Цинской империи, была Урга [468]. Там в середине XIX века к зданию русского консульства пристроили небольшую деревянную домовую церковь, рядом был домик священника. В 1892 г. в консульскую церковь в Урге был назначен постоянный штат в составе Забайкальской епархии, позднее церковь передали в ведение Духовной миссии в Пекине.

В 1892 г. началось строительство церкви в Калгане (Чжанцзякоу), находившемся на южной границе Внутренней Монголии. Екатеринбургский купец М. Д. Батуев [469] купил у местных китайцев на крутом косогоре в предместье Яньбошань 6 му земли (около 0,36 га) за 700 лан серебра (около 1750 руб. серебром). Церковь на 80 человек была построена из кирпича. Иконостас был исполнен в Санкт–Петербурге известным мастером А. А. Сиговым и привезен морским путем [470]. Рядом с церковью было отведено место под кладбище, а также пристроено два флигеля для сторожа и священника. Купец Батуев передал построенную им церковь в ведение Миссии в Пекине, приложив 2 тыс. лан (около 4  тыс. рублей), на проценты от которых должен был содержаться сторож и производиться ремонт. Православная церковь в Калгане была разрушена во время восстания ихэтуаней в 1900 г. и так и не восстановлена [471].

Тува административно представляла собой Урянхайский край в составе Внешней Монголии Цинской империи. Христианство пришло в край вместе с русской колонизацией Засаянского края. Первыми пришли русские старообрядцы и православные хакасы. Вскоре среди представителей российской общины Усинско–Урянхайского края появились баптисты, католики и лютеране. Православная церковь не спешила заниматься миссионерской деятельностью среди тувинцев, так как они были китайскими подданными, и работа с ними была в ведении внешнеполитического ведомства. Начало активной православной миссионерской деятельности связано с частной инициативой. Приехавший из Европейской России предприниматель московский мещанин Н. А. Путилов стал пропагандировать идею христианизации Засаянского края. Он писал: «…когда этот край заселится православными, а сойоты примут христианство, то эта страна процветет и будет иметь влияние на всю Енисейскую губернию» [472]. Миссия в Засаянском крае, недалеко от Урянхая, была учреждена в 1876 году [473]. Однако миссионерская работа среди тувинцев так и не была налажена, более того, первая православная церковь на территории Тувы появилась в русском поселке Туран лишь в 1911 году, когда этот край фактически вышел из состава китайского государства. О появлении там прихожан–тувинцев сведений не сохранилось [474].