Hs 129В из состава II./Sch.G.l были переброшены на южный участок советско – германского фронта в начале мая 1942 года. Группа распределена по разным секторам: 4-й и 5-й штаффель был отправлен в Крым, а 6-й и 7-й – на побережье Азовского моря. На май месяц в группе числилось 43 HS-129B. Штурмовики активно использовались для атак советских войск в прифронтовой зоне. Естественно, что основные потери самолеты понесли от огня зенитной артиллерии.

В середине мая 1942 года штурмовики были переброшены для поддержки наступления в районе Харькова. В этих боях чаще всего летчики использовали бортовое вооружение, предпочитая его бомбам. С июня большинство самолетов было перевооружено пушками Мк.101.

Вместе с наступающими частями Вермахта вглубь СССР продвигались и Il./Sch. 1. Группа продолжала действовать в районе Харькова до начала августа, причем радиус действия позволял летать вплоть до Воронежа. В этот период «Хеншели» небольшими группами были разбросаны по различным аэродромам в прифронтовой зоне – прежде всего это Волчанск, Шаталовка, Орел и Курск. В августе группу перебросили на аэродром в станице Тацинскую. 5-я штаффель летала с аэродрома Орел, в то время как 8-я эскадрилья – с Морозовской. Тогда же в группу добавилось еще одно подразделение, вооруженное Hs-129:13.(Pz.)/JG 51. Эта эскадрилья с восемью самолетами воевала в районе в юго-востоку от Харькова, после чего в середине августа была переброшена в район Ржева.

Зимой 1942 года штурмовики поддерживали германское наступление в районе Сталинграда, причем летно-техническому составу пришлось действовать в тяжелейших условиях русской зимы. В разгоревшихся боях потери были настолько велики, что командованию даже пришлось вернуть самолеты из под Ржева. В ноябре все наличные «Хеншели» были сосредоточены в районе Миллерово (к северу от Ростова). Однако после удачного советского контрнаступления штурмовики экстренно отвели в тыл – на аэродром Ворошиловград (ныне Луганск). В конце 1942 года 5-й штаффель вернули в Германию, где подразделение получило новое обозначение 8./Sch.G 2 и отправлено в Северную Африку. В начале декабря 8-й штаффель вернули на отдых в район Деблина (оккупированная Польша).

Коренной перелом, наметившийся на Восточном фронте, потребовал от германского командования резкого увеличения «самолетов поля боя». Для этого из Северной Африки на восток были переброшены все доступные Hs 129. Весной 1943 года большинство штурмовиков базировалось на крымских аэродромах, откуда они поддерживали германские части, ведущие бон на Кубани. Налег летчиков в те дни по германским меркам был просто сумасшедший – от пяти до двенадцати в день!

Весной командование Вермахта начало планирование операции в районе Курска, которая началась 5 июля. А уже через два дня здесь появились «Хеншели». Летчики и тут проявили себя с лучшей стороны, уничтожив большое количество советских танков и бронетехники.

В конце 1943 года из-за огромных потерь все оставшиеся «убийцы танков» на Восточном фронте были сведены в одну Противотанковую группу, обозначенную как IV.(Pz)/SG 9. Уже в составе нового подразделения штурмовики активно участвовали в попытке отражения советского наступления в начале 1944 года. Hs 129 из 10.(PZ)/SG 9 участвовали в прикрытии эвакуации из Крыма.

Отмечены штурмовики и в операциях германской армии в Белоруссии в июне 1944 года. На этом участке фронта противнику удалось собрать 67 самолетов, из которых к концу операции 22 были сбиты, а еще 21 потеряны в авариях. Потерн были столь катастрофические. что воевавшие в Румынии три подразделения «Хеншелей» были переброшены сюда.

Поэтому когда 20 августа 1944 года советские войска начали наступление в Румынии тут им могли противостоять только румынские «Хеншели». А после капитуляции Румынии в ходе боев в Словакии германские экипажи Hs 129 смогли лицом к лицу встретиться со своими румынскими коллегами.

На 1 января 1945 года в Люфтваффе числилось всего 39 Hs 129В в трех подразделениях (остальные части в конце 1944 – начале 1945 годов были перевооружены на Fw 190F). Оставшиеся «Хеншели» воевали в западной Польше и западной Венгрии. В ходе боев их количество стремительно уменьшалось как из-за отсутствия запчастей, так и из-за боевых потерь. Последней крупной операцией для германских «Хеншелей» стало сражения января 1945 года в районе озера Балатон. После разгрома немецких частей остатки 10.(Pz)/SG 9 и 14.(Pz)/SG 9 были сведены в сводную группу, которая ограниченно участвовала в боях в районе Вены.