Пересылкой вещей Бутаковых в Петербург занимался отец Амалии, врач Арсений Рожественский.
Амалия в том году родила сына и жила в Остаповке, где за ней ухаживали мать и сестра Григория Ивановича. Амалия Арсеньевна, сообщая мужу последние сплетни, не преминула отметить, что и его собственная сестра Надежда не очень хорошо к ней относится. Надежда Ивановна, сестра Бутакова, вышла замуж за его адъютанта, лейтенанта Николая Дмитриевича Скарятина. Своему зятю Григорий Иванович сначала выхлопотал командировку в Англию и Францию, а затем тот полтора года командовал шхуной и пароходом. В 1861 году, опять-таки с его помощью, Скарятина отправили на три года изучать металлическое судостроение в Англии и Франции. Николай Дмитриевич судостроение изучил и… попросился в отставку, он хотел перейти на службу в РОПиТ. Возмущению Краббе не было предела, которое он потом высказал Бутакову. Но это мы немного отошли в сторону. Григория Ивановича назначили начальником практической эскадры винтовых кораблей и младшим флагманом Балтийского флота. И хотя это было для него понижение по службе, Бутаков снова почувствовал себя в своей тарелке.
Теперь он занимался привычным для себя делом, к тому же с плеч свалилась масса обязанностей, к которым у него не лежала душа. Да и в деньгах, а этот вопрос для Григория Ивановича был немаловажным, впрочем, как и для большинства людей, он тоже выиграл. Как младшему флагману, ему платили, помимо жалованья, морские столовые деньги. В практическую эскадру входили пять винтовых кораблей, один фрегат, два корвета и колёсный пароходо-фрегат. Состав эскадры иногда менялся. Конечно, ему ещё не доводилось командовать таким большим количеством боевых судов (о качестве их мы пока не говорим), поэтому предстояло самому научиться очень многому. Но в своё время у него были неплохие учителя на Чёрном море. Прежде всего, требовалось освоить район плавания, исследовать шхерные фарватеры. В этом деле он первооткрывателем не был, но неточностей на картах оставалось ещё много, исследования требовалось продолжать дальше, чем Бутаков и занялся, благо, опыт он получил большой в лейтенантские годы.
В боевой подготовке Григорий Иванович использовал принцип состязательности, который наблюдал у своих знаменитых учителей. Он распространил его на артиллерийские стрельбы, маневрирование судов, физическую подготовку матросов и офицеров. Без сомнения, как человек, интересовавшийся всем новым, особенно в морском деле, он прекрасно понимал, что суда, которыми командовал, безнадёжно устарели. Но в случае войны пришлось бы воевать тем, что имелось, а не тем, что хотелось, поэтому он делал всё, что, с его точки зрения, готовило моряков к будущим военным действиям. Чтобы более эффективно использовать артиллерию, он обучал командиров судов выполнять маневры в составе эскадры.
Все корабли по своим морским качествам и техническим характеристикам отличались друг от друга. Наверно, дрессировщику в цирке было легче, чем адмиралу, научить командиров действовать синхронно. Неизвестно, как бы всё это происходило в реальном бою, но на показных учениях маневры выглядели очень эффектно. Осенью за успехи в обучении команд практической эскадры Бутакова наградили орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами. Боевыми орденами в мирное время награждали тех, кто когда-то отличился во время войны. Вообще, как в царское, так и в советское время достаточно было занять определённую должность, чтобы родина не забывала исправно награждать своих высокопоставленных сынов. «Внеплановые» награды получали, если человек действительно совершал что-то из ряда вон выходящее. Радости получения награды сопутствовало некоторое огорчение: с пожалованных орденами офицеров полагался единовременный денежный взнос на богоугодные дела, например за орден Св. Станислава 1-й степени требовалось внести 120 рублей серебром. Григорий Иванович не только учил своих подчинённых действиям в мирное время и во время войны, он занимался также и патриотическим воспитанием.
Хотя год был не юбилейным, но тем не менее по его инициативе торжественно отметили годовщину Гангутского сражения. Он лично организовал экскурсию кадетов, проходивших практику на эскадре, к месту сражения. Тем временем генерал-адмирал продолжал проводить свои реформы на флоте. Встал вопрос об отмене телесных наказаний нижних чинов, прежде всего имевших отличия за беспорочную службу. Великий князь дал поручения многим адмиралам сообщить ему своё мнение на этот счёт. Получил такое задание и Бутаков. В своей записке, направленной генерал-адмиралу, Григорий Иванович вполне разумно говорит о том, что в российском военном законодательстве нет нормы, как, например, у англичан, наказывать не раньше чем через сутки после совершения проступка. Между прочим, бывшие царские офицеры, которые учили моего отца и его однокашников, не раз говорили им об этом. Смысл заключается в том, что никогда не следует наказывать подчинённого под горячую руку.
Во-первых, необходимо разобраться в причинах проступка, а во-вторых, более обдуманно назначить наказание. Бутаков, с одной стороны, соглашался, что следует искоренить унизительные телесные наказания, но, с другой, был не против, чтобы за серьёзные проступки матросов заковывали в кандалы. Приводил он в пример и американцев, где, по его сведениям, провинившихся запирали в тесные шкафы, совали в рот кляп, ставили на ванты, или, связав, укладывали на ядра Григорий Иванович считал, что «неразвитых людей» нужно воспитывать страхом физической боли вместе со стыдом. Так что большим либералом его не назовёшь. Осенью 1860 года Бутакова назначили в комиссию по расследованию гибели клипера «Пластун», возвращавшегося с Дальнего Востока в Кронштадт. «Пластун» входил в состав эскадры контр-адмирала Андрея Александровича Попова.
В этой комиссии оба контр-адмирала крепко схватились. В юности они дружили, но потом между ними пробежала какая-то кошка. Взаимную неприязнь оба тщательно скрывали, но рано или поздно, она должна была прорваться. К тому же, как оказалось, Амалия Арсеньевна была великим мастером по части умения вставить шпильку где надо и где не надо. Служебными делами мужа она интересовалась, как своими собственными. Узнав от Григория Ивановича о его стычке с Поповым, она задумала чисто женский план мести. Ей по какому-то случаю Попов подарил вязаный платок. Амалия Арсеньевна решила разыграть перед Поповым настоящий маленький спектакль. Будто бы, разбирая свои вещи, она нашла платок и вдруг вспомнила, что его ей вручил Андрей Александрович, и спросит контр-адмирала, сколько она ему должна Тем самым Бутакова намекала, что считает платок взяткой. Понятно, что Попов прекрасно помнил о своём подарке, и почувствовал бы себя уязвлённым. Опасные штучки, эти женщины, нет предела женскому коварству! Но без одобрения мужа она не решилась на такую выходку, и правильно сделала. Вряд ли бы Григорий Иванович стал до такого опускаться. Неизвестно, что он ей сказал по поводу такой изящной женской мести. Думается, что ничего хорошего.
Поскольку осенью навигация заканчивалась, Бутакова определили в комиссию, занимавшуюся изучением перспективы развития корабельной артиллерии. Ею руководил старый начальник Григория Ивановича, вице-адмирал Александр Иванович Панфилов. Однако поработать в ней не пришлось, потому что 27 сентября 1860 года по указанию великого князя Константина Бутакова срочно откомандировали в Англию и Францию «для изучения науки флотоводства», сведений по морскому делу, приобретения необходимых печатных изданий, с представлением счетов по всем произведенным расходам. Дополнительно великий князь приказал ему обо всём интересном для морских офицеров сообщать в редакцию «Морского Сборника» для дальнейших публикаций. Во флотах крупнейших держав в ту пору происходили революционные преобразования, и Константин не хотел, чтобы Россия, несмотря на её катастрофическую отсталость от индустриальных стран мира, оказалась на обочине дорог. Но до отъезда за границу пришлось срочно поработать: великий князь приказал ему представить свои замечания по поводу проекта преобразования морских учебных заведений, составленного Ефимом Васильевичем Путятиным, в частности положения об офицерском классе. Правда, позже продлил срок этого задания до начала следующего года. Перед отъездом Краббе предупредил Бутакова о его будущем назначении начальником эволюционной эскадры из сорока канонерских лодок, для плавания в Финском заливе, и необходимости вернуться в Петербург к Святой неделе.