Объединение земель превратило Московию в могущественную военную державу. В давнем конфликте с Литвой из-за пограничных русских земель перевес все больше склонялся на сторону России. Под натиском католицизма православное население Литвы все чаще обращало взоры в сторону единоверной Москвы. Отъезд православных князей (Воротынских и др.) на службу к Ивану III имел результатом присоединение к России значительной территории в верховьях Оки. По договору 1494 г. Литва признала утрату Вязьмы, важнейшей крепости на подступах к Москве. Брак литовского князя Александра с дочерью московского великого князя имел целью положить конец войне на границе. Но эта цель не была достигнута. В 1500 г. русские полки заняли Брянск и вышли на Днепр. В бою на речке Ведрошь воевода Д. Щеня-Патрикеев наголову разгромил литовскую армию, позднее произвел глубокое вторжение в пределы Ливонского ордена. Русские предполагали закончить войну, заняв Смоленск. Но это им не удалось. Согласно миру, заключенному в Москве в 1503 г., к России отошли украинские город Чернигов, Новгород-Северский, Брянск и другие города.
Внешнеполитические успехи России были впечатляющими. Ее дипломатические связи расширились. Глава Священной Римской империи германской нации направил в Москву посла и предложил Ивану III принять королевский титул. Европейские страны стремились заручиться союзом с Русским государством для отпора турецкому вторжению на Балканы. Москва отклонила предложение Вены. Воспитанные в византийских традициях, московские государи неоднократно употребляли титул «царь» или «кесарь», но исключительно в дипломатической переписке с Ливонским орденом и мелкими германскими княжествами. «Великий» князь Московии не желал ронять свое достоинство сношениями с «великим» магистром ордена или «великими» немецкими князьями.
Усиление власти московских государей неизбежно должно было сказаться на их взаимоотношениях с церковью. Однако московские митрополиты не сразу смирились с новыми историческими условиями. Это вело к столкновениям между светской и духовной властями. Поводом для первого серьезного конфликта послужил обряд крестного хода.
При освящении главой святыни России — Успенского собора Иван III позволил себе резкое замечание митрополиту Геронтию, который, по его мнению, сделал ошибку и повел крестный ход против солнца. Когда митрополит отказался подчиниться, государь запретил ему освящать вновь построенные церкви столицы. В начавшемся богословском диспуте Ивана III поддерживал ростовский архиепископ Вассиан Рыло и архимандрит кремлевского Чудова монастыря Геннадий Гонзов. Эти иерархи не могли привести никаких письменных свидетельств в пользу своей правоты («свидетельство никоего не приношаху») и ссылались лишь на обычай. Митрополит опирался на греческий образец. Его правоту подтвердил игумен, только что совершивший паломничество на Афон в Грецию. «В Святой горе, — сказал он, — видел, что так освящали церковь, а со кресты против солнца ходили». Возмущенный вмешательством государя в сугубо церковные дела, Геронтий удалился в монастырь. Конфликт приобрел широкую огласку, и Иван III принужден был уступить. Он отправился в монастырь на поклон к Геронтию, а относительно хождения с крестами обещал положиться на волю митрополита.
Среди иерархов, выступавших на стороне Ивана III, выделялся архимандрит Геннадий. Митрополит подверг его наказанию, посадив в ледник. Но монарх вызволил его из заточения, а некоторое время спустя назначил архиепископом Великого Новгорода.
Флорентийская уния имела приверженцев в России. В юности Софья Палеолог пользовалась покровительством папского престола. Ее воспитателем был грек Виссарион, рьяный поборник унии. Самыми влиятельными лицами при дворе Софьи в Москве были униаты братья Юрий и Дмитрий Траханиоты. Софья и ее греческое окружение настойчиво искали опору среди епископов ортодоксального направления. Геннадий Гонзов стал одним из таких епископов.
На протяжении веков московские иерархи при всяком затруднении обращались к главе вселенской церкви — царьградскому патриарху. Заключение унии и падение Византии поставили их в трудное положение.
В конце XV в. христианский мир жил в ожидании «конца света». Геннадию пришлось вести долгий богословский спор с новгородскими еретиками, скептически относившимися к идее «второго пришествия», которое ортодоксы ждали конкретно в 1492 г. (7000 г.) После расправы с еретиками в 1490 г. Геннадий обратился за разъяснениями к грекам Траханиотам и вскоре же получил от Дмитрия «Послание о летах седьмой тысящи». Ученый грек не разделял «заблуждений» еретиков, но все же тактично предупреждал архиепископа: «Никто не весть числа веку»… Представления о конце света были туманными и неопределенными. Многие полагали, что сначала на земле воцарится Антихрист, умножатся беззакония и настанет «тьма в человецех», и лишь после этого надо ждать второго пришествия Христа. Существовали различные системы летоисчисления, а поэтому называли различные даты конца света. Наибольшие страхи вызывал 7000 г. от сотворения мира. Пасхальные таблицы, которыми пользовались на Руси были доведены лишь до 1492 (7000) года.
Когда до ожидаемого конца света оставались считанные годы, массу верующих охватила экзальтация: «ино о том молва была в людех не токмо простых, но и непростых многых сумнение бысть».
В 1489-1491 гг. на Русь был приглашен ученый медик из Любека Никола Булев. Булев должен был помочь московитам в составлении новых Пасхалий. Иван III оценил его познания и сделал придворным врачом. Правоверный католик Булев отстаивал идею церковной унии и выступал рьяным противником ереси. Находясь на службе у Геннадия, доктор перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудаизма.
Благодаря посредничеству Ю. Траханиота Геннадий вступил в контакт с имперским послом, прибывшим на Русь в 1490 г., и получил у него подробную информацию о преследовании тайных иудеев в Испании. Опыт только что организованной святейшей инквизиции привел владыку в восторг. Геннадий горячо хвалил католического «шпанского короля», который очистил свою землю от «ересей жидовских», и «хвала того шпанского короля пошла по многих земля по латинской вере».
