Новгородцы сожгли свои посады и стали готовиться к длительной осаде. Но архиепископ Фиофил настоял на мирных переговорах с Москвой. Перспектива длительной осады города и угроза войны с Литвой побудили Ивана III не медлить с заключением мира. На Новгород была положена контрибуция в 16 тысяч рублей. В тексте договора новгородцы еще именовались «Великим Новгородом, мужами и вольными», но как «отчина» великого князя Новгород обязался не отставать от Москвы и не «отдаться за короля». Бояре привели новгородцев к присяге на верность Ивану III. Московские власти не решились упразнить в Новгороде вечевой строй. Последующие события обнаружили несовместимость республиканских и монархических порядков.
Осенью 1475 г. Иван III явился в Новгород «миром», но его сопровождала внушительная военная сила. По традиции новгородских должностных лиц могли судить лишь Совет господ и вече Новгорода. Великий князь пренебрег традицией. Поводов для вмешательства во внутренние дела Новгорода было более чем достаточно.
В обычных условиях вечевой строй «республики» обеспечивал участие населения в управлении государством при сохранении правопорядка. В обстановке острого кризиса вече, унаследовавшее от древнего народоправства архаические черты, неизменно обнаруживало теневую сторону. Когда жители разных «концов» города не могли прийти к согласованному решению, они пускали в ход силу. Одержавшие верх на вече подвергали прямому грабежу своих противников. Население Новгорода не могло простить сторонникам Москвы Шелонского побоища. Бояре Неревского «конца», ориентировавшиеся на союз с королем, использовали народные настроения для расправы с жителями Славенского «конца», тяготеющего к Москве. Они напали на Славкову улицу и подвергли ее жителей грабежу. В жалобе на имя Ивана III пострадавшие перечислили имена 25 лиц, повинных в грабеже. По прибытиии в Новгород государь велел арестовать четырех бояр. Наказания избежали некоторые из главных инициаторов разбоя, зато под стражу угодил известный противник Москвы, имя которого не фигурировало ни в каких жалобах.
Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.
Появление второй власти в Новгороде имело важные последствия. Жители, потерпевшие неудачу в суде «республики» немедленно обращались со своими исками к Ивану III. К весне 1477 г. в Москве собралась целая толпа Новгородских жалобщиков, принадлежавших к различным слоям общества. Среди других во дворец явились двое мелких чиновников — подвойский Назар и дьяк новгородского веча Захарий. Кто снарядил их в Москву невозможно установить. Домогаясь милости, эти люди употребили в своем обращении к Ивану III титул «государь». Официальные послы Новгорода неизменно именовали великого князя «господином». «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином Великим князем». Такое обращение символизировало равенство сторон. Московские власти поспешили использовать обмолвку, чтобы предъявить «республике» новые требования. Бояре Ф. Д. Хромой-Челяднин и И. Б. Тучко-Морозов прибыли в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.
Новгородское вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства. Боярин В. Никифоров, который втайне от Новгорода поступил на службу к Ивану III и принес ему присягу был убит на вече. В страхе перед разбушевавшейся толпой прочие бояре разбежались.
9 октября 1477 г. Иван III с войскам выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Новгородские укрепления включали Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители успешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода или сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставив в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.
Новгород имел возможность выдержать осаду. Но его мощь подтачивали распри. Боярское правительство разделилось. Сторонники Москвы, помня о недавних казнях на вече, спешили покинуть город, чтобы предупредить государя, что «новгородцы не хотят сдати Новгород».
Самые решительные защитники новгородских вольностей были казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и вече не сумели организовать оборону города. «Людям, — записал новгородский летописец, — мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, и иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имела позиция архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода. Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хоти быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем московские бояре продиктовали послам волю государя: «Вечу колоколу в отчине нашей в Новгороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многие брани». «Всташа чернь на бояр и бояре на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».
