В апреле 1918 года Петровка была захвачена австро-венгерскими войсками, а Зубков посажен под арест. Возможно, Федора ждала виселица, но один из местных вартовых пожалел односельчан и помог бежать всему Петровскому ревкому.

Летом 1918 года Зубков начал создавать повстанческий отряд, поначалу состоявший из трех его племянников и родного брата Григория. К августу у него уже было около 50 бойцов, а в сентябре Зубков встретился с Нестором Махно и стал анархистом-коммунистом (возможно, членом Гуляйпольской группы анархистов). С этого момента он утверждал: «Я анархист и против всякой власти!» Атаман часто повторял свое кредо: «Мой девиз — рубай направо, рубай налево!»

Во многом благодаря авторитету и поддержке Махно Федор Зубков стал региональным атаманом, собрав вокруг себя более мелкие местные отряды. Соединения Зубкова громили мелкие отряды варты и реквизиционные подразделения, разоряли хутора местных богачей и помещичьи усадьбы.

20 ноября 1918 года бойцы Зубкова заняли родное село атамана, который пытался здесь провести реквизицию лошадей у зажиточных крестьян и добровольную мобилизацию в свой отряд. Но не успел. Из-за опасности разгрома отряд выступил в рейд на север Таврии — на Павловку–Семеновку–Ивановку–Корнеевку. Кроме формального подчинения структурам Махно Зубков перенял у батьки форму военного управления и тактики. Основной отряд Зубкова, как и махновские части, был мобильным: вся пехота перемещалась на тачанках и возах. В декабре в отряде появилось орудие и два пулемета, а количество бойцов достигло 200 человек.

Федору Зубкову противостояли отряды варты и сторонников гетмана, самооборона немецких колонистов, белогвардейцы сводно-гвардейского отряда генерала Тилло, входившего в Крымско-Азовскую Добровольческую армию. После разгрома отряда Зубкова в селе Корнеевка оставшиеся в живых повстанцы перебрались дальше на север до Днепра, в село Нижние Серагозы. Здесь на постое отряд быстро восстановил силы и снова превратился в крупное соединение численностью в 250 бойцов.

В начале января 1919 года Зубков был избран делегатом войскового махновского съезда, проходившего на станции Пологи (недалеко от Гуляйполя). На съезде 40 делегатов от разрозненных повстанческих отрядов Екатеринославской губернии и Северной Таврии сформировали новую «черную армию» из пяти полков и оперативный штаб. Зубков был назначен командиром 5-го полка и 4-го Александровского боевого участка фронта, хотя ему пришлось оставить командование своим собственным отрядом. 5-й повстанческий полк имени батьки Махно состоял из отрядов Жеребецкого (300 штыков бывшего атамана — батьки Правда), Зубкова (250 бойцов), Комышевахского (200 штыков).

Части Зубкова были направлены на штурм Александровска, который обороняли 700 петлюровцев. С 27 декабря 1918 года махновцы и войска Петлюры воевали между собой, отбросив прежние союзнические отношения. Осада города началась 8 января 1919 года и длилась более двух недель. 23 января город был взят махновцами. Но здесь уже были свои «хозяева» — местные большевики. Махновцы вступили в острый конфликт с большевистским советом, провозгласившим себя единственной властью в городе. В Александровск прибыл Махно и на митинге заявил, что не успокоится до тех пор, пока не станет «хозяином в городе».

В итоге махновцы разогнали совет и вместо него создали повстанческий ревком, а большевики пожаловались в ЦК РКП(б), что махновцы занимаются в городе убийствами и грабежами. Вскоре в Александровске состоялся созванный на скорую руку крестьянский съезд, избравший новый исполком городского Совета рабочих и солдатских депутатов, в который вошли левые эсэры, составившие большинство, анархисты и шесть коммунистов.

26 января на станции Синельниково между Махно и большевиками было подписано соглашение о вхождении частей махновцев в 1-ю Заднепровскую дивизию Красной армии на правах отдельной бригады с автономным устройством. Махновская бригада должна была выступить на юго-восток против белогвардейцев, а «зубковский» участок передать для наступления другим частям Красной армии. Но атаман Зубков не хотел идти в Красную армию и стал организатором махновского движения на западной Мелитопольщине. Отряд Зубкова вернулся в родные села на отдых и переформирование.

Но отдыхать долго не пришлось... В Северной Таврии, от низовья Днепра до Мелитополя, вели наступление части экспедиционного корпуса генерала Тилло Крымско-Азовской Добровольческой армии. Белогвардейцы проводили в селах насильственную мобилизацию, реквизицию продуктов и лошадей, карательные акции против большевиков и повстанцев.

Против белых выступило крупное партизанское объединение «За власть Советов!», преобразованное в 5-й Заднепровский полк РККА 2-й бригады 1-й Заднепровской дивизии. Это соединение претендовало на контроль района, где дислоцировались повстанцы Зубкова. Между красными и «черными» повстанцами начался системный конфликт из-за раздела сфер влияния и трофеев. В феврале 1919 года Ивановский, Шатовский, Агайманский и Зубковский отряды объединились (900 бойцов, три пулемета, одно орудие) для отпора крупной части белых, состоявшей в большинстве из офицеров (700 штыков и сабель, 12 пулеметов). В селе Благодатное повстанцы разгромили белогвардейцев, но после этой победы партизанская «армия» распалась.

После этого Федор Зубков решает наступать на юг, параллельно с красными повстанцами — частями 2-й Заднепровской бригады, и первым занять свои «базовые села» — Петровку и Павловку. Атаману удалось захватить родной район и перевести повстанческий отряд на положение подразделения крестьянской самообороны. Зубков, только формально подчинявшийся штабу 3-й Заднепровской (махновской) бригады, фактически становился полноправным диктатором двух крупных сел, в которых сформировалась «зубковская республика» — самый западный анклав «Махновии».

В Петровке атаманские повстанцы показательно рубили саблями «богатеев» и сторонников белогвардейцев, провинившихся односельчан прилюдно пороли шомполами и налагали контрибуцию, брали заложников из среды зажиточных крестьян. Зубков заявил, что его отряды в Красную армию не вольются, в поход против белых не выступят, оружия не сложат и будут оборонять свободу «своего района».

Современники так описывали Федора Зубкова: «Лет двадцати шести, среднего роста, крепкий, красивый, с косматой головой и большими волосатыми кулаками». Особую симпатию атаман, как бывший артиллерист, выказывал к технике. Он часто передвигался в люльке мотоцикла, мечтал о создании собственной артиллерии.

После определенных успехов Зубков явно переоценил свои возможности, нарушив неписаные правила игры. В марте 1919 года он повел свой отряд в карательную экспедицию против соседнего села Черное, чтобы отомстить его жителям за прошлогоднее нападение. Часть жителей Черного была убита, часть разбежалась, скот был захвачен и забит на мясо.

Деятельность крестьянских отрядов самообороны в украинских селах не устраивала большевистскую власть, мешала проводить продразверстку, коллективизацию, разоружение и установить прямую диктатуру. Опасность крестьянских восстаний в тылу Красной армии усилилась после начала восстания атамана Зеленого. Неожиданно конфликт перерос в силовую форму. Зубков стал враждовать с соседним пробольшевистским отрядом самообороны села Михайловка, причем одно село выступило против другого. Отряд михайловцев развернулся в цепь и стал наступать на зубковцев. До боя, однако, дело не дошло. В. Чоп пишет, что еще накануне «зубковцы договорились между собой, что в случае подобного развития событий они не станут принимать боя в родном селе, а просто уйдут, на некоторое время перебравшись в другие районы Херсонщины... Зубковцы, не посвященные в планы повстанческого актива, никакого сопротивления михайловцам не оказали. Последние оценили такое поведение и забирали лишь найденное оружие, не проводя в селе репрессий».

Основной отряд Зубкова в конце мая 1919 года ушел в Херсонскую губернию, выдавая себя за кочевую артель хлеборобов. Через месяц атаман вернулся в родное село. К этому времени большевики огласили Махно вне закона, переформировали его части, а белогвардейские войска, воспользовавшись неразберихой, захватили Донбасс и Приазовье.