Бывая за границей в последние годы перед мировой войной, П.Я. обратил внимание на необычайно быстро возрастающее влияние на европейскую жизнь банковского и биржевого капитала, сосредоточенного в руках жидов, на тесную связь этого капитала с социализмом и на подготовку им мировой войны. Он познакомился с немецкой и французской антисемитической литературой, которая раскрывала многие тайные пружины европейской политики, недоступные непосвященному взору. П.Я. почувствовал, что Россию ждет великое бедствие. Поэтому когда в Киеве по инициативе профессора Д.И. Пихна основался клуб русских националистов, чтобы отстаивать русскую идею на юго-западе России от жидовских и украинских козней и натисков, П.Я. охотно примкнул к нему и был избран товарищем его председателя.

Между тем разразилось дело Бейлиса, обвиняемого в ритуальном убийстве мальчика Ющинского. Жидовство всего мира бурно всколыхнулось и показало свою необыкновенную солидарность и мощь. Ко всеобщему изумлению национально настроенных русских киевлян, В.В. Шульгин, преемник Д.И. Пихна на посту главного редактора правого "Киевлянина", выступил с бестактной статьей в защиту Бейлиса. Под тяжелым впечатлением "измены" В.В. Шульгина (по существу это была задорная бестактность, вызванная плохой осведомленностью о тайнах жидовства) маленькая группа твердых русских националистов решила основать в Киеве вторую правую газету, которая более определенно и смело боролась бы с жидовским засилием. В организации газеты живое участие принял П.Я... Назвали ее – "Киев". Основанная на скудные средства, бедная сотрудническими силами, начавшая свое существование в неблагоприятную пору – накануне мировой войны и наступления агонии русской государственности – газета не успела (да и не могла успеть) завоевать себе широкий круг подписчиков и от острого безденежья постоянно качалась между жизнью и смертью. Заботы о газете доставляли П.Я. немало огорчений, и после трехлетней с лишком борьбы с неустранимыми препятствиями издание пришлось приостановить. Тем не менее "Киев" останется памятником тех усилий, какие напрягали немногие прозорливые люди в Киеве, чтобы раскрыть глаза власти и обществу на подготовлявшийся жидами политический переворот и спасти от разрушения здание русской государственности. Усилия эти оказались тщетными. Крушение русской монархии наступило через несколько месяцев после прекращения "Киева".

С кончиной Д.И. Пихна и с выступлением на политическое поприще сотрудника газеты "Киевлянин" А.И. Савенка, который в 1913 году был избран членом IV Государственной Думы, клуб русских националистов утратил свой прежний характер. Он сделался орудием в достижении А.И. Савенком его личных целей. Когда в Государственной Думе образовался столь пагубный для России прогрессивный блок, киевский клуб русских националистов под давлением А.И. Савенка переименовался в клуб прогрессивных русских националистов. Этим А.И. Савенко, сделавшийся после смерти профессора В.Г. Чернова председателем клуба, хотел подчеркнуть связь клуба с прогрессивным блоком Государственной Думы. Клуб подчинился дикататорской власти своего председателя и перестал быть кафедрой, с которой раздавались свободные голоса людей, объединенных идеей русского национализма, но различно смотревших на текущие вопросы русской политической жизни. Клуб должен был смотреть на все глазами А.И. Савенка, видеть в нем оракула, изрекавшего непогрешимые истины, и служить пьедесталом для его восходящего величия. Не сочувствуя замашкам А.И. Савенка, П.Я. в мотивированном письме сложил с себя звание члена клуба и перестал принимать какое-либо участие в его деятельности.

Объявление мировой войны застало П.Я. и его супругу за границей, в Карлсбаде. С большими трудностями пробрались они через Швецию и Финляндию домой. Перипетии войны П.Я. переживал с необычайным напряжением, постоянно скорбя, зачем великие христианские нации бросились взаимно истреблять друг друга к великой радости жидов, видевших в войне источник своего обогащения. Он как бы предчувствовал, что напишет жид Исаак Маркуссон в "Times" от 3 марта 1917 года: "Война – это колоссальное деловое предприятие; самое изящно-прекрасное в ней это организация дела". Особенно печалил П.Я. разрыв России с Германией, наука которой была духовной кормилицей длинного ряда поколений русских ученых. Для многих и многих из них имена Берлин, Мюнхен, Лейпциг, Геттинген, Иена, Галле, Гейдельберг, Бонн – напоминали лучшие, незабвенные дни молодого увлечения наукой и творческой работы мысли.

Супруга П.Я., Мария Владимировна, урожденная графиня Капнист, по первому мужу Врублевская, правнучка известного писателя екатерининского времени В.В. Капниста, автора "Ябеды", по влечению своего доброго сердца, в сотрудничестве с несколькими другими дамами, собирая доброхотные частные пожертвования, деятельно занималась заготовкой белья, фуфаек, рукавиц и прочих носильных вещей для снабжения ими сражавшихся на фронте солдат. П.Я., не жалея сил, приходил на помощь дамам там, где необходимо было его участие. Кто мог думать, что солдаты, бывшие предметом постоянных забот русской интеллигенции, скоро обратятся в свирепых красноармейцев и, по наущению жидов, жестоко расправятся с теми, кто болел за них душой и всячески старался облегчить им военные тягости и невзгоды.

Падение Российской империи произвело на П.Я. удручающее впечатление. Особенно возмутила его знаменитая телеграмма, разосланная по железным дорогам от имени какого-то ничтожного думца Бубликова, о том, что-де "власть перешла к Родзянку". "Как осмелился глупый Родзянко принять власть!" – горячился П.Я. – "Да ведь он не соображает, очевидно, что он творит". П.Я., насквозь знавший сухую, бессердечную, меркантильную Западную Европу, любил благостный русский царский режим и считал монархический образ правления необходимым для целости и сохранности России. Он всей душой ненавидел П.Н. Милюкова и людей его типа, легкомысленно мечтавших, по наукам жидов, о республиканской России. П.Я. был слишком умен и практичен, слишком близко изучил Россию во время своих, часто пешеходных, геологических экскурсий, чтобы не понимать, что республика в России – это значит упразднение самой России, как великого государства, осуществлявшего крупные культурно-исторические задачи.

С наступлением революции П.Я. совершенно удалился от общественной деятельности и замкнулся в своем кабинете, желая оставаться только сторонним наблюдателем того сумбура, который принесли так называемые "свободы". Он обрабатывал курс любимой кристаллографии, перечитывал классиков естествознания, углублялся в Святое Евангелие и предавался религиозным размышлениям о мудрости мироздания и о тщете человеческих усилий создать общежитие, противное основным свойствам и требованиям человеческой души. Религиозное настроение П.Я. подогревала и укрепляла жена его Мария Владимировна, пережившая в юности момент высочайшего подъема религиозного чувства. В юные годы она страдала какой-то загадочной болезнью ног, лишавшей ее свободы передвижения. Лучшие парижские врачи не могли добиться никакого улучшения. Однажды М.В. горячо молилась пред домашней иконой Пресвятой Богородицы и почувствовала себя исцеленной. Это чудо сделало ее навсегда глубоко верующей христианкой и направило ее в жизни на путь безропотной покорности воле Божией. Исцелившая М.В. чудотворная икона Богоматери сделалась потом общенародным достоянием и является главной святыней основавшегося в бывшем имении родителей М.В. (Кобелякского уезда Полтавской губернии) Козельщанского женского монастыря.

За два года уединенной жизни П.Я. (с марта 1917 по апрель 1919 года) шесть раз сменились политические декорации в Киеве: 1) Украинская Центральная Рада; 2) советский режим Муравьева и Ремнева; 3) опять Украинская Центральная Рада при германской оккупации; 4) гетманство П.П. Скоропадского; 5) Директория В.К. Винниченка и К°; 6) советский режим Раковского. Германская оккупация сначала казалась П.Я. лучом света, пронизывающим мрак революции, но вскоре он убедился, что германская государственность сама находится уже в периоде разложения и что с ней нельзя связывать никаких надежд. Густая беспросветная мгла спустилась над Киевом 25 января ст. ст. 1919 года, когда большевики овладели городом и открылся красный террор. П.Я. казалось, что раз он замкнулся дома и нигде не показывается, то палачи революции о нем не вспомнят и оставят его в покое. Но он забывал о жидовской мстительности. Даже своему богу, который является непосредственным отображением их души, жиды приписывают такую мстительность, что беззаконие отцов он наказывает в детях до третьего и четвертого рода (Числ. 14, 18). Лейба Бронштейн, посетив Киев в конце апреля ст. ст. 1919 года, нашел, что киевская чрезвычайка слабо работает, и поручил ей расстрелять киевских русских националистов. П.Я. был арестован в ночь на 29 апреля ст.ст. и расстрелян в первых числах мая после утонченных мучений и издевательств. Осиротевшая семья не могла добиться разрешения "власти" на получение его тела для христианского погребения. Нет ни на одном из киевских кладбищ ни могилы его, ни могильного над ней памятника, у которого почитатель П.Я. мог бы помолиться за душу усопшего мученика. Так погиб благороднейший человек, заслуженный деятель науки, учитель длинного ряда поколений киевских естественников, полезнейший гражданин города Киева, которому киевляне обязаны артезианским водоснабжением, славный сын Малороссии, горячо любивший свою ближайшую родину, но чувствовавший себя русским и мысливший Малороссию не иначе, как в виде неразрывной составной части Российской империи; погиб от руки негодяев, не умевших даже правильно написать его фамилию. Гнусный "протокол" гласит: "Слушали: о бывшем профессоре университета Армашове, – обвиняется в контрреволюции. Постановили: подвергнуть высшей мере наказания" (С.П. Мельгунов. Красный террор в России. Берлин, 1924, стр. 110).