Воеводы, избегая разделить бесчестие, заперлись с архиепископом и высшим клиром в древней Софийской церкви. Оттуда их силою приволокли к Баторию, униженных, угрюмо смиренных. Россияне чувствовали добро короля, не походил он на державных извергов. Стать, взгляд, обращение выдавали благородного противника. Весь облик его взывал к чести. Пред ним умолкало желание низкой лестью или предательством добиться презренного прощения. Плененные воеводы не сломились великодушием, требовали себе смерти, в противном случае, ожидали ее от Иоанна, не входило в число тех, коих он прощал бесконечно. Стефан никого не казнил, долго не отпускал из шатров, медля возвратить врагу верных доблестных воинов. Те на улицах сталкивались с перебежчиками, плевали им в лицо. Меж домов и палаток завязывались драки, кончавшиеся кровопролитием.
Повелев очистить крепость, наполненную разлагающимися трупами, король торжественно въехал в город, объявив Полоцк столицей возвращенного литовского воеводства. Заложил первый камень возведенной позднее великолепной церкви католического вероисповедания. Софийскую церковь он оставил греческой вере, но, низринув архиепископа Киприана, поставил во главе ее послушного витебского святителя. В отдельной грамоте Баторий провозгласил свободу вер, желая терпимостью привлечь к себе сердца будущих подданных, которых собирался он искать в новых покоренных, по его же словам – освобождаемых от тирана русских городах. Своим любимцам иезуитам Стефан роздал богатые местности в Белоруссии, наказав строить школы при римских приходах, образовывать, улучшать туземные нравы. Полоцк, удел потомства Владимира и Рогнеды, был утерян до царства Екатерины Великой.
Неутомимый Стефан слал войско к Соколу, стремился выбить робких, ослабленных уходом донских казаков противников. 19 сентября коалиционное войско осадило Сокол, 25-го были зажжены башни и под звуки труб поляки, венгры, литовцы пошли на приступ. Россияне поспешно заливали огонь водою, таскаемой из прудов, но враз запылали многие бревенчатые здания. Пламя не оставляло безопасного места для пяти-шести тысяч московитов. Была сделана отчаянная вылазка. Наши долго бились и уступили превосходящей силе, попятились в крепость. Немцы на плечах защитников ворвались в кремль. В тесноте началась резня невообразимая. Россиянам удалось затворить ворота, опустить решетку за мостом, не оставив ни себе, ни врагам выхода. Рубились в дыму и пламени, задыхались, горели, пока литовцы и поляки извне не разбили тараном ворота и не вломились в кремль для дальнейшего русских истребления. Пало четыре тысячи воинов. Спасся умелый на то Шереметьев с некоторым числом боярских отроков. Был среди них и Василий Шуйский с двумя братьями, кроме Пуговки.
В остервенении злобы за павших товарищей иноземные наемники били мертвых, отрезали уши, носы, кожу с лица воеводы Шеина и других храбрецов. Стефан же, не выпуская удачи, гнал полки, спешно беря Красный, Козьян, Ситну, Туровль, Нещерду. Была опустошена и очищена от московских гарнизонов Северская земля до Стародуба, выжжено две тысячи селений в Смоленской области.
Царь продолжал неподвижно стоять в Пскове с сорока тысячным войском, получая каждый день все более устрашающие новости. Стефан шел к нему. Иоанн с веселой миной при плохой игре угощал там на пирах польского посла Лопатинского, будто никакой войны не было, король с войском не приближался, и Речь была дружественным государством. Бесконечно толковалось о вечном мире, о родстве и дружбе искренней с Баторием. Лопатинскому вручили примирительное письмо и отпустили к королю с Богом.
Получив грамоту, Стефан остановил свой ход, временно довольствовался прежними успехами. Иоанн казнил в Пскове пойманного Шенкенберга, дождался рапорта об отражении шведов от Нарвы, нашего единственного балтийского порта, и в связи с прекращением военных действий уехал в Москву.
В январе 1580 года Иоанн созвал знатнейшее духовенство в столицу, объявил всем на соборе, что отечество в опасности: литовский, турецкий, крымский, шведский государи, ногаи, поляки, угры, лифляндские немцы хотят истребить Православие, в казне же недостаток средств на войну. Войско скудеет и нуждается, монастыри богатеют. Множество сел, земельных угодий находятся у епископий, служат только для пьянственного и непотребного жития худшей части духовенства. Иные церковные земли в запустении, но по закону не могут использоваться как награда отличившимся военным. Царь потребовал жертвы от святителей. Собор не смел противоречить и приговорил грамотою, земли и села княжеские, когда-либо отказанные митрополитам, епископам, монастырям и церквям, или купленные ими, оттоле пусть будут государевыми, или государственными, что одно. Все другие навеки становятся церковным достоянием. Впредь священники не должны присваивать себе имений недвижимых ни добровольною уступкою, ни куплею. Заложенные ими земли по мирским долгам тоже отдаются в казну. Постановление сопровождалось церковной инвентаризацией. Царь, впрочем, как и всегда, не отличился последовательностью. Скоро он раздавал монастырям и епископиям новые вотчины то на помин им же убиенных, то по молитвам за спасение отечества.
Иоанн умножал войско. Особые чиновники ездили по городам и весям, принудительно пополняя полки. Выискивали тех детей боярских, кои бегали службы, наказывали их телесно и за порукою родителей отсылали в Псков и Новгород. Отроки рубили себе большие пальцы, показывая назначенным лекарям, что не способны по увечью держать мечи. Москвичам, рязанцам, ярославцам и суздальцам казались далекими от дворов северные земли, была им непонятна война расширения границ. «Царь блажит, царь чудит», - были то самые мягкие шептания в углах боярских теремов, где матери, лишаемые сыновей, ревели в голос, отцы хмурились.
Осень и зима остановили блестящие успехи Батория. Наемники требовали денег, свои – отдохновения. Расположив войско в привольных местах близ границы, король спешил на сеймы в Вильно и Варшаву просить у панов новых налогов и людей. В Вильно переменчивая шляхта встретили его громогласными благословениями, в Варшаве – мрачными лицами и ропотом неудовольствия. Ливония была ближе Литве и менее занимала Польшу. На Батория клеветали, будто он стремится пополнить войсковую казну для возвращения в Трансильванию. Подобно Генриху Анжуйскому, провинциальный беспокойный трон ему не дорог. Выступая на сеймах, Стефан отстаивал необходимость войны, убеждая, что русский медведь, подобно прусскому, должен быть не ранен, но добит в логове: в Пскове и Новгороде.
Смущенный потерями людей и городов, Иоанн, напротив, искал мира, диктуя для Батория: «В прежних московских перемирных грамотах содержались разные слова, внесенные в них с ведома твоих послов. Ты мог отвергнуть сей договор, но для чего укоряешь нас обманом? Для чего без дела и столь грубо выслал наших послов из Кракова? Писал к нам в выражениях язвительных? Забудем слова гневные, вражду и злобу. Не в Литве и не в Польше, а в Москве издревле заключались договоры между нашими державами. Не требуй иного. Здесь мои бояре с твоими уполномоченными решат все затруднения к обоюдному удовольствию наших стран». Московский гонец, привезший грамоту Баторию, имел от царя тайную инструкцию добавить на словах, что, вопреки написанному, московиты готовы смирить гордость и отправить делегацию бояр в Вильно или Варшаву, куда король укажет, для заключения твердого мира. Умеренность бесполезная: Баторий давал царю пять недель, чтобы передать Польше Новгород, Псков, Великие Луки, Витебский и Полоцкий уезды и всю Ливонию.
Иоанновы послы думный дворянин Пивов, дьяк Петелин, главный – стольник князь Иван Сицкий летели в Вильно медленно, как велено. И Баторий, не дождавшись, снова вторгся в Россию. Вторжение воспринималось Иоанном верхом вероломства. Он не ждал войны в конце лета, когда военные кампании обыкновенно заканчивались. Иоанн вынужденно советовался с Думой и слал гонца Шевригина к императору Рудольфу и папе, прося вступиться. В грамоте к Рудольфу Иоанн убеждал, что Стефан воюет, мстя за дружбу с его покойным отцом, что поляки такие же враги немцам, как и русским. Папе царь жаловался на связь Батория с турками, уверял, что желает совместно с европейскими государями выставить войско на султана и быть на то в беспрестанных дружественных отношениях с Римом. Не зная, где ударит Баторий, Иоанн рассредоточивал войска от Новгорода и Пскова до Смоленска и окского берега.