Для обеспечения и обслуживания группировки ВВС были передислоцированы 4 батальона базы авиационно-технического обеспечения (2 батальона — в Баграм, один — в Кабул, один — в Кандагар) и батальон материально-технического обеспечения (обмто). Для строительства и усовершенствования аэродромной системы были введены, на аэродромы Кабул и Шинданд, 2 отдельных инженерно-аэродромных батальона (оиаб).

Для создания военной инфрастуктуры требовались строительные части, поэтому было сформировано 342-е управление инженерных работ (уир) в составе 12-ти батальонов — 9 военно-строительных, 2 электро-технических и один сантехнический).

В районе Кундуза, вместо 186-го мсп, ушедшего в Кабул, встала 201-я мед, взявшая под контроль провинции северного Афганистана (два мсп дивизии дислоцировались отдельно — под Пули-Хумри и Ташкурганом).

В основном дивизия пополнялась кадровым составом из частей групп советских войск за границей (ГДР, Венгрия и Чехословакия). Таким образом было укомплектованы большинство частей, введенных в начале 1980 года.

Позднее таким же путем была произведена замена всего приписного состава соединений и частей 40-й ОА. Полная замена запасников на кадровый состав была завершена к марту 1980 года (офицеры — к ноябрю). Одновременно были заменены на армейские образцы все автомобили и другая техника из народного хозяйства.

В течение января-февраля 1980 года были выведены в Союз «мусульманский батальон», 2-я зрбр, техника и личный состав дивизионов тактических ракет двух мед (боеголовки к ракетам на территорию Афганистана не ввозились). Летом домой вернулись 353-я абр армейского подчинения и 234-й танковый полк 201-й мед.

К марту-апрелю 40-я армия была полностью сформирована: в ее состав входило 4 дивизии — 3 мед и вдд, 5 отдельных бригад — дшбр (3-х батальонного состава), 2 омсбр, идсбр, брмо и 6 отдельных полков — опдп, 2 омсп, исп, опс, реап. В авиации насчитывалось 7 полков — смешанный авиаполк, 3 вертолетных полка, 2 авиаполка истребителей-бомбардировщиков, истребительный авиаполк и 3 овэ, приданные мед.

Для работы среди местного населения при политотделе армии был создан 190-й боевой агитационно-пропагандистский отряд (бапо).

Общая численность советских войск в Афганистане в начальный период составляла 81,1 тысячи военнослужащих, в том числе 61,8 тысячи в боевых частях. На вооружении находилось около 2,4 тыс. единиц бронетехники (около 600 танков, 1500 БМП, 290 БТР), 900 орудий различных калибров, 500 вертолетов и самолетов.

Первые же боевые операции весной 1980 года показали неподготовленность советских войск в ведении антипартизанской войны. Структура 40-й ОА была ориентирована, как и всей Советской армии, на ведение крупномасштабной ядерной войны, что в условиях Афганистана было неприемлемо.

В 1981 году, с учетом опыта первого года войны, были проведены изменения и переформирования в составе 40-й ОА.

По директиве ГШ № Д-0314/3/00655 в каждой мотострелковой бригаде и полку на базе штатных мсб были созданы т. н. горно-стрелковые батальоны, в которых личный состав проходил непродолжительную горную подготовку и получал соответствующее горное обмундирование и снаряжение (в действительности эти батальонами горными так и не стали из-за слабой подготовки военнослужащих).

На базе двух инженерных горно-дорожных рот был сформирован 2088-й отдельный инженерный батальон (оиб), занимавшийся строительством дорог в северных провинциях Афганистана В 1985 году батальон был передислоцирован из Кундуза в Чарикар и включен в 45-й исп как батальон разграждения.

Чтобы освободить мотострелковые и десантные подразделения от охранных функций, в конце года в Афганистан было введено 7 специально сформированных отдельных батальонов охраны (обо). Эти батальоны заменили части, охранявшие военные аэродромы, на которых базировалась советская авиация. Всего для охраны аэродромов было создано 140 сторожевых застав, кроме того, 224 заставы выполняли двойную задачу: стояли на дорогах вокруг аэродромов и входили как в систему охраны дорог, так и систему охраны аэродромов.

Для вывоза подбитой бронетехники в состав 40-й армии был введен 501-й эвакуационный батальон (оэб).

В помощь армейскому бапо, для ведения спецпропаганды, с июля 1981 года в дивизиях создавались нештатные бапо (ставшие штатными с 1983 года).

Тогда же окончательно утвердился состав ВВС армии, в который стало входить 6 полков — сап, 2 овп, обвп (заменил овп в Джелалабаде летом 1981 года), иап, апиб и 3 овэ в составе мед. Замена авиаполков (кроме осап и сформированного в 1984 году ошап), осуществлялась в полном составе через год пребывания в Афганистане; в вертолетных частях менялись только личный состав и техника. Для обслуживания частей авиации дополнительно было введено 2 обато — в Джелалабад (июнь 1981 г.) и Кундуз (февраль 1982 г.)

В октябре 1981 года в состав армии вошло 2 отдельных отряда специального назначения (ооСпН). Первоначально отряды дислоцировались в северных провинциях, около советской границы (летом 1982 года, после ввода на север Афганистана подразделений советских погранвойск, спецназ был переброшен в центральные провинции).

Летом 1982 года 159-я идсбр была переформирована в 58-ю автомобильную бригаду (автбр), что было несложно, так как из 7 батальонов бригады 4 были автомобильными (три остальных — два батальона механизации, которые заменили автобатальонами, и рембат).

Эти мероприятия привели к увеличению численности 40-й ОА, которая составила около 100 тысяч человек.

В мае 1983 года, для обеспечения бесперебойного движения транспортных колонн через перевал Саланг, была сформирована 278-я дорожно-комендантская бригада (дкбр), в нее вошел армейский 692-й отдельный дорожнокомендантский батальон (в Афганистане с 1980 года) и два бывших батальона охраны. Батальоны бригады были дислоцированы: Хайратон (позднее — Ташкурган), Хиджан на перевале Саланг и Джабаль-Уссарадже. В Чаугани (под Доши) было дислоцировано управление бригады.

Последнее усиление группировки советских войск было проведено в 1984–1985 годах.

В начале 1984 года 285-й тп 108-й мед был переформирован в 682-й мсп и передислоцирован из Баграма в Руху (долина реки Панджшер). Кроме этого, было вдвое увеличено число ооСпН, — их стало 4: три отряда были дислоцированы вдоль афгано-пакистанской границы по линии Джелалабад — Газни — Кандагар (один стоял под Баграмом, в начале 1985 года передислоцирован под Баракибарак).

Действующий в Афганистане с 1980 года армейский батальон радио- и радиотехнической разведки (РиРТР) был переформирован в 264-й полк ОсН (6 радиопеленгаторных пунктов). В состав 45-го исп, в добавление к инженерным — саперному и дорожному батальонам, был сформирован батальон спецминирования.

В октябре 1984 г. в мотострелковых и десантных батальонах были сформированы штатные разведывательные взводы, что позволило улучшить эффективность боевых действий.

Наиболее крупные мероприятия были проведены в 1985 году. Тогда численность 40-й ОА достигла максимума и составила 108,8 тысячи человек (106 тысяч военнослужащих), в т. ч. в боевых войсках — 73 тыс. человек.

В марте в состав армии были введены управления 2 отдельных бригад СпН (обрСпН), в состав которых вошли 4 ооСпН, уже дислоцированных на афганской территории, и 4 новых отряда (один из них был сформирован непосредственно в Афганистане из личного состава частей 40-й армии). В состав 5-й гв. мед вошел введенный под Герат из Союза 12-й гв. мсп.

Кроме этого, 28-й армейский реап (на вооружении которого находились системы залпового огня «Град» и «Ураган») был переформирован в артиллерийский полк самоходных орудий, и 45-й исп был усилен батальоном разграждения (бывшим оидб из Кундуза).

Произошло усиление 70-й гв. омсбр: в нее был введен из Союза 4-й мотострелковый батальон и был окончательно передан в состав бригады дшб 56-й гв. дшбр, вместо которого, в составе последней, был сформирован новый 4-й батальон (в 1980–1985 гг. 56-я гв. дшбр была, фактически, «полком» 3-батальонного состава).